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所谓细菌转化,是指一种细菌菌株由于捕获了来自另一种细菌菌株的DNA,而导致遗传特性发生改变的过程。
这种提供转化DNA的菌株叫做供体菌株,而接受转化DNA的菌株则叫做受体菌株。
大肠杆菌是使用最广泛的实验菌株。
8、反义核酸:
指与靶DNA或RNA碱基互补,并能与之结合的一段DNA或RNA。
9、RNAinterference:
是一种进化上保守的抵御转基因或外来病毒侵犯的防御机制。
将与靶基因的转录产物mRNA存在同源互补序列的双链RNA导入细胞后,能特异性地降解该mRNA,从而产生相应的功能表型缺失,这一过程属于转录后基因沉默机制范畴。
10、Spi:
λ噬菌体体重组克隆的一种筛选方法,其筛选方法是Spi+:
λ不能感染E.coli(p2);
Spi-:
λ(red-gam-)能感染E.coli(p2),形成小噬斑/hostrecA+/chi。
λ包装时若gam-,需recA产物的作用才可形成噬斑(但为小噬斑),所以对宿主菌有要求(recA+)但recA+可引起其它重组:
载体改为red-/gam+可在recA-受体中增殖。
11、DNA文库:
将某种生物的基因组DNA切割成一定大小的片段,并与合适的载体重组后导入宿主细胞,进行克隆。
这些存在于所有重组体内的基因组DNA片段的集合,即基因组文库,它包含了该生物的所有基因。
12、cDNA:
cDNA是指以mRNA为模板,在逆转录酶的作用下形成的互补DNA。
13、cDNA文库:
以细胞的全部mRNA逆转录合成的cDNA组成的重组克隆群体称为cDNA文库。
14、DNA探针:
是带有标记的一段已知序列DNA,用以检测未知序列、筛选目的基因等方面广泛应用。
15、转导(作用):
借助于病毒载体,遗传信息从一个细胞转移到另一个细胞。
16、染色体步移:
通过相互重叠的基因组克隆之间进行一连串杂交从而实现染色体上基因的定位。
17、斑点杂交:
将被检标本点到膜上,烘烤固定后与探针进行杂交。
这种方法耗时短,可做半定量分析,一张膜上可同时检测多个样品。
18、α-complementation:
质粒载体重组克隆的筛选方法,LacZ基因上缺失近操纵基因区段的突变体与带有完整的近操纵基因区段的β-半乳糖苷酶阴性的突变体之间实现互补。
LacZ△M15:
放在F质粒上,随宿主传代;
LacZ’:
放在载体上,作为筛选标记。
19、菌落原位杂交:
将细胞从培养平板转移到硝酸纤维素滤膜上,然后将滤膜上的菌落裂解以释放出DNA。
将DNA烘干固定于膜上与32P标记的探针杂交,放射自显影检测菌落杂交信号,并与平板上的菌落对位。
20、核酸原位杂交:
标记探针与细胞或组织切片中的核酸进行杂交的方法。
21、限制性内切酶:
识别DNA的特异序列,并在识别点或其周围切割双链DNA的一类核酸内切酶。
22、酶切位点:
DNA上一段碱基的特定序列,限制性内切酶能够识别出这个序列并在此将DNA酶切成两段。
23、DNA连接酶:
催化DNA中相邻的5/磷酸基与3/羟基间形成磷酸二酯键,使DNA切囗封合,连接DNA片段。
24、持家基因:
是指对所有类型组织细胞在任何时候都需要其表达的基因,通常都是维持细胞基本生存所必须的基因,其表达常保持在固定的水平。
又称为组成性表达基因。
25、奢侈基因:
只在某特定的细胞类型中表达或者说只在发育阶段的某些时期表达的基因叫做奢侈基因。
26、Tm值:
是反映DNA的热稳定性的一个参数,称为DNA的熔解温度,系指一半的双链DNA解离成为单链时的温度。
27、分子标记:
广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。
蛋白质标记包括种子贮藏蛋白和同工酶(指由一个以上基因位点编码的酶的不同分子形式)及等位酶(指由同一基因位点的不同等位基因编码的酶的不同分子形式)。
狭义的分子标记是指能够用来作为指纹鉴定或区分个体特点的DNA片段。
28、基因工程:
指在体外将核酸分子插入病毒、质粒或其他载体分子中,构成遗传物质的重新组合,使之进入原先没有这类分子的寄主细胞内并进行持续稳定的繁殖和表达的过程。
29、载体:
是携带外源DNA进入宿主细胞进行扩增和表达的DNA,它们一般是通过改造质粒、噬菌体或病毒等构建的。
30、卫星DNA:
又称短串联重复,2~6个核苷酸组成的重复单位串联重复(10~60次),两侧为特异的单拷贝序列,人类基因组中每10kbDNA序列至少有一个STR序列。
31、多克隆位点:
DNA中含有两个以上密集的、能被多种限制性内切酶识别和切割的位点区。
32、定位克隆:
也称为图位克隆,是在获取基因在染色体上的位置信息后,采用各种实验方法对基因进行克隆和定位。
定位克隆包括定位和克隆两个过程,定位是通过连锁分析找出与目的基因紧密连锁的遗传标记在染色体上的位置,克隆是从定位的染色体区段内分离克隆所要的基因,并进一步研究其功能。
也可以回答为“通过遗传标记”先获得某一表型基因在染色体上的定位,再在候选区域内选择已知基因,进行突变的筛选,并获得cDNA及全基因的过程。
33、基因芯片:
基因芯片又称为DNA微阵列,以基因序列为分析对象的微阵列,是通过缩微技术,根据分子间特异性地相互作用的原理,将生命科学领域中不连续的分析过程集成于硅芯片或玻璃芯片表面的微型生物化学分析系统,以实现对细胞、蛋白质、基因及其他生物组分的准确、快速、大信息量的检测。
34、RT-PCR:
是以RNA为起始材料经逆转录反应产生cDNA,再以cDNA为模板进行PCR扩增,从而获取目的基因或检测基因表达。
主要用于分析基因的转录产物,克隆cDNA及合成cDNA探针,改造cDNA序列等。
35、锚定PCR:
用于在体外扩增未知序列的DNA片段的方法,一般的PCR必须预先知道欲扩增DNA片段两侧的序列,但人们经常需要分析一端序列未知的基因片段,可利用锚定PCR。
该法的基本原理是在基因未知序列端添加同聚物尾,人为赋予未知基因末端序列信息,再用人工合成的与多聚尾互补的引物作为锚定引物,在与基因另一侧配对的特异引物参与下,扩增带有同聚物尾的序列。
锚定引物PCR对分析未知序列基因有特殊用途。
36、反向PCR:
常规PCR可扩增位于两个引物之间的DNA片段,但不能扩增引物外侧的DNA序列,反向PCR则可扩增引物外侧的DNA片段,对已知DNA片段两侧的未知序列进行扩增和研究。
其原理为:
先用一种在目标DNA区段上没有识别位点的限制性内切酶从距离目标DNA一定距离的两侧位置切割DNA分子,然后将这些片断进行分子内连接形成环,根据已知的目标DNA序列按照向外延伸的要求设计一对向外引物,保证被扩增的是目标DNA区段两侧的未知序列。
37、多重PCR:
在同一反应中采用多对引物同时扩增几个不同DNA片段,如果基因某一区段缺失,则相应的电泳图谱上此区段PCR扩增产物消失,从而发现基因异常。
多重PCR具有灵敏、快速的特点,特别适用于检测单拷贝基因缺失、重排、插入等异常改变,其结果与southernblotting一样可靠。
38、质粒:
是染色体外能够进行自主复制的遗传单位,包括真核生物的细胞器和细菌细胞中染色体以外的脱氧核糖核酸(DNA)分子。
现在习惯上用来专指细菌、酵母菌和放线菌等生物中染色体以外的DNA分子。
在基因工程中质粒常被用做载体。
39、粘粒载体:
也叫柯斯质粒,是一类人工构建的含有λDNA的cos序列和复制子的特殊特殊类型的质粒载体。
40、穿梭质粒载体:
是人工构建的一类具有两种不同复制起点和选择记号,因而可以在两种不同寄主细胞中存活和复制的质粒载体。
41、基因突变:
基因突变是指由于DNA碱基对的置换、增添或缺失而引起的基因结构的变化,亦称点突变。
42、逆转录酶:
在体内、外均能转录病毒性RNA成为DNA,称为依赖RNA多聚酶,,即为逆转录酶。
分布在病毒的类核内。
逆转录酶与三种功能有关:
①使RNA一DNA杂合双链形成;
②切除杂合双链中的RNA链;
③进而再生成DNA一DNA的双链。
43、扣除杂交:
就是用一般细胞的mRNA与特殊细胞的cDNA杂交,先扣除一般共有的cDNA,再将剩下的特异的cDNA进行克隆,用此方法已成功克隆出控制动物胚胎发育和组织分化的基因。
44、测序酶为修饰的T7DNApolymerase,99%3’-5’外切活性被除去(Version1.0);
完全除去(V2.0);
用于测序反应(测序酶)。
45、YAC载体酵母人工染色体载体;
含酵母染色体复制起点ori,自主复制序列ARS;
着丝粒(CEN);
两个端粒(TEL)。
用于克隆50kb以上甚至-Mb(200-500kb)。
原生质体电转化,URA3-trp-ade2-1赭石突变酵母菌,红色菌落插入失活。
46、同尾酶一类产生相同粘性末端的限制性内切酶。
47、cI筛选法CⅠ基因发生突变时不能溶源化,CⅠ-:
在hflA(高频溶源化)中形成噬斑。
CⅠ+在hflA中形成溶源,产生混浊噬斑。
48、Sanger测序即酶法测序,用双脱氧核苷酸作为链终止试剂,通过聚合酶的引物延伸产生一系列大小不同的分子后再进行分离的方法。
49、同裂酶:
DNA经限制性内切酶切割后,产生相同粘性末端,这类限制性内切酶称为同裂酶。
50、复制起点:
DNA复制的起始位点,DNA复制在起始位点处形成复制叉进行双向复制,通常DNA复制的起始DNA序列存在重复倒位序列。
51、启动子:
启动子是DNA分子可以与RNA聚合酶特异结合的部位,也就是使转录开始的部位。
在RNA合成开始位点的上游大约10bp和35bp处有两个共同的顺序,称为-10和-35序列。
这两个序列的共同顺序如下,-35区“AATGTGTGGAAT”,-10区“TTGACATATATT”。
大多数启动子均有共同顺序(consensussequence),只有少数几个核苷酸的差别。
52、起始密码子:
AUG不仅是Met或者fMet(在原核细胞)的密码子,也是肽链合成的起始信号,故称AUG为起始密码子。
53、起始因子:
在蛋白质生物合成的起始阶段与核糖体亚基结合,起始蛋白质的合成。
在E.coli中已分离出三种IF。
IF1、IF2和IF3。
其中,IF3具有形成三元复合物和解离因子活性,使70S核糖体颗粒解离为30S和50S亚基;
IF2形成30S前起始复合物;
IF1无特异功能,但具有加强IF2和IF3的活性作用。
54、复制终点DNA复制的终止位点,DNA复制在起始位点处形成复制叉进行双向复制,在终止位点处终止DNA复制,通常DNA复制的终点DNA序列存在重复倒位序列。
55、终止子:
细菌DNA中有转录终止信号,称为终止子。
作用是在DNA模板的特异位点处终止RNA的合成。
在终止子处,RNA聚合酶停止其聚合作用,将新生RNA链释出,并离开模板DNA。
56、终止密码子:
UAA、UAG和UGA为终止密码子,不代表任何氨基酸,也称为无意义密码子。
57、终止因子:
蛋白质肽链合成的终止因子,在E.coli中已分离出三种释放因子。
RF1,RF2和RF3。
其中,只有RF3与GTP(或GDP)能结合。
它们均具有识别mRNA链上终止密码子的作用,使肽链释放,核糖体解聚。
二、选择题
参考答案1、B2、B3、C4、C5、B6、C7、B8、C9、B10、C11、C12、C13、D14、B15、C16、D17、B18、C19、B20、D21、D
三、填空题
参考答案
1、外显子,内含子,断裂基因;
2、必须基因,非必须基因;
3、转化,供体菌株,受体菌株;
4、变性、退火、延伸;
5、碱性磷酸酶,5’磷酸;
6、质粒载体、λ噬菌体载体、人工染色体载体。
7、200-500kb,10-215kb,平均100kb;
8、琼脂糖凝胶、聚丙烯酰胺凝胶,聚丙烯酰胺凝胶;
9、切口平移法、随机引物法;
10G↓AATTC,G↓GATCC,↓GATC;
11、RNA酶,RNA;
12、小于10kb,9-23kb;
13、最快,最慢,居中。
14、复制区,IG区。
四、判断题
参考答案:
1、错误2、错误3、错误4、错误
五、说明题(下列各项在基因工程中的主要作用或功能)
1、电泳介质,用于分离大小相差1bp的DNA,或用于分离蛋白质。
2、用于制备单链DNA,因载体有单链丝状噬菌体的IG区,在帮助单链噬菌体的帮助下在宿主细胞中制备单链DNA。
3、补齐DNA5’端缺失的磷酸
4、用于植物基因工程的转化载体,内含T-DNA区。
5、DNA合成底物。
6、电泳介质,用于分离大DNA或RNA
7、作为分子杂交用,用于筛选与探针同源的基因
8、除去DNA5’端的磷酸基,防止DNA重组时载体的自连
9、安慰诱导物,结构与别乳糖相似,用于诱导乳糖操纵元的表达
10、生色剂,β-半乳糖苷酶分解X-gal形成蓝色产物,用于α互补或蓝白斑筛选。
六、问答题
1、分子标记是能够用来作为指纹鉴定或区分个体特点的DNA片段。
这种标记在遗传学研究和生物技术应用方面具有非常重要的作用。
分子标记的基础是个体间存在的自然遗传变异,进而造成许多遗传序列的多态性,即这些序列在不同的个体表现不同。
分子标记就是通过查找和应用这种变异对个体、性状和基因在遗传差异的基础上进行鉴别。
(1)限制性片段长度多态性
这是发展最早的分子标记技术。
其原理是检测DNA在限制性内切酶酶切后形成的特定DNA片段的大小。
因此凡是可以引起酶切位点发生变异的突变都可导致RFLP的产生。
此技术包括以下基本步骤:
①DNA的提取和纯化;
②DNA的限制性内切酶酶切;
③用凝胶电泳将DNA片段分开;
④把DNA片段转移到滤膜上;
⑤利用放射性标记的探针与滤膜上的DNA片段进行杂交以显示特定的DNA片段,然后分析结果。
(2)随机扩增多态性DNA
该技术用随机引物非定点地扩增DNA片段,然后用聚丙烯酰胺凝胶电泳分开扩增片段。
其特点包括:
①不需DNA探针,设计引物也不需要预先知道序列信息;
②用一个引物就可扩增出许多片段,总的来说RAPD在检测多态性时是一种相当快速的方法;
③技术简单,RAPD分析不涉及分子杂交、放射自显影或其他技术;
④RAPD分析所需DNA样品量少;
⑤RPD分析中存在的最大问题是重复性不太高,因为在PCR反应中条件的变化会引起一些扩增产物的改变。
(3)扩增片段长度多态性
其特点是把RFLP和PCR结合了起来。
其基本步骤是:
把DNA进行限制性内切酶酶切,然后选择特定的片段进行PCR扩增(在所有的限制性片段两端加上带有特定序列的“接头”),用接头互补的但3/端有几个随机选择的核苷酸的引物进行特异PCR扩增,只有那些与3/一端严格配对的片段才能得到扩增,再在有高分辨率的测序胶上分开这些扩增产物,用放射性法、荧光法或银染色法均可检测之。
(4)单核苷酸多态性技术
同一位点的不同等位基因之间常常只有一个或几个核苷酸的差异,因此在分子水平上对单个核苷酸的差异进行检测是很有意义的。
目前SNP作为一种新的分子标记,已有2000多个标记定位于人类染色体上,在植物上也在进行开发研究。
2、Ⅰ类限制性核酸内切酶、Ⅱ类限制性核酸内切酶和Ⅲ类限制性核酸内切酶三类。
Ⅱ类限制性核酶最适合基因工程,因为Ⅱ类限制性核酶内切酶只由一条肽链构成,仅需MG2+,切割DNA特异性最强,且就在识别位点范围内切断DNA。
Ⅰ类和Ⅲ类限制性核酸内切酶由于切割序列是随机的,与识别序列不统一,因此在基因工程中没有什么价值。
3、细菌通过对自身DNA上的识别序列进行甲基化来保护自己的DNA不被限制性内切酶破坏。
4、对于平末端DNA,右先连上工设计合成的EcoRI切割产生的脱氧寡核苷酸双链接头,然后再插入到EcoRI限制位点中去;
也可以将EcoRI的限制位点进行改造,将粘性末端变成平末端后,用T4DNA连接酶进行连接。
5、
6、重组DNA的主要步骤主要包括以下四个基本步骤:
(1)目的基因的获得;
(2)目的基因与载体分子在体外进行连接反应,形成重组体;
(3)将人工重组的DNA分子导入能进行正常复制的寄主细胞,从而得到复制;
(4)重组体分子的转化子克隆的选择和筛选。
7、重组DNA的主要步骤主要包括以下四个基本步骤:
8、差异克隆:
利用来源不同DNA之间的表现度差异来分离差异表达基因的功能克隆方法。
在任何组织中都表达的基因是管家基因,在大多数cDNA文库中都出现。
用一个来源的cDNA去除第二个来源中共同的RNA,留下独特的RNA用于文库构建。
9、基因工程是指在体外将核酸分子插入病毒、质粒或其他载体分子中,构成遗传物质的重新组合,使之进入原先没有这类分子的寄主细胞内并进行持续稳定的繁殖和表达的过程。
基因工程是基因分子水平上的遗传工程,是一门能定向改造生物遗传性状的育种新技术。
基因工程能使带有各种遗传信息的DNA片段越过不同生物间特异的细胞界限而组入到完全不同的生物体内。
定向地控制、修饰和改变生物体的遗传和变异,从而创造出自然界没有或具有新的遗传性状的生物新品种。
10、
(1)具有多克隆位点;
(2)能自我复制;
(3)具有筛选标记;
(4)在细胞内的稳定性。
11、
(1)具有多克隆位点;
12、
(1)cDDNA是指以mRNA为模板,在逆转录酶的作用下形成的互补DNA。
基因组文库指的是将某种生物的基因组DNA切割成一定大小的片段,并与合适的载体重组后导入宿主细胞,进行克隆得到的所有重组体内的基因组DNA片段的集合,它包含了该生物的所有基因。
(2)基因组文库与cDNA文库的差别:
①基因组文库中包含了甩有的基因,而cDNA文库只包含表达的基因,缺乏内元和调节序列,因此在研究基因结构时没有多大用处。
②cDNA文库代表了mRNA的来源,其中一些特定的转录本丰富而另一些很少,所以存在丰度的差别;
而基因组文库在理论上均等地代表了所有基因序列。
③从不同细胞类型制备的cDNA文库包含一些共同序列和独特序列,可用于分离差别表达的基因;
基因组文库中不能。
④基因组文库由于含有不表达序列,因此比cDNA文库大。
⑤mRNA在不同的组织之间存在丰度的差异,因此cDNA文库的在构建时对于mRNA含量较少的就比较困难,而基因组文库不存在这样的问题。
13、
(1)抗生素抗性基因插入失活法;
(2)β一半乳糖苷酶基因失活插入法;
(3)放射性标记核酸探针杂交法。
14、构建cDNA文库的主要步骤:
①mRNA分离;
②cDNA第一链合成;
③cDNA第二链合成
④载体与cDNA的连接;
⑤噬菌体的包装及转染;
⑥cDNA文库的扩增和保存。
15、聚合酶链反应,是一种在体外快速扩增特定基因或DNA序列的的方法,因此也称为基因的体外扩增法。
是20世纪80年代中期发展起来的体外核酸扩增技术。
它具有特异、敏感、产率高、快速、简便、重复性好、易自动化等突出优点。
其应用主要是以下几个方面:
(1)科学研究:
基因克隆;
DNA测序;
分析突变;
基因重组与融合;
检测基因的修饰;
鉴定与调控蛋白质结构的DNA序列;
转座子插入位点的绘图;
合成基因的构建;
构建克隆或表达载体;
检测某基因的内切酶多态性等。
(2)临床诊断:
细菌、病毒、螺旋体、支原体、衣原体、立克次氏体、分枝杆菌等病原体的鉴定;
人类遗传病的鉴定;
诊断遗传疾患;
临测临床标本中病原体的核酸序列;
对法医学标本做遗传学鉴定;
分析激活癌基因中的突变情况;
生成克隆化双链DNA中的特异序列作为探针。
16、
(1)相同点:
①反应的底物都是dNTP(dATP、dCTP、dTTP、dGTP);
②都需要DNA聚合酶的催化,而且链的延伸都只能是5/→3/方向;
③都需要模板,都按半保留复制机理进行;
④都需要引物;
⑤都需要MG2+催化。
(2)不同点:
①细胞内DNA复制是半不连续复制,而PCR中,DNA是连续复制;
②细胞内DNA的复制时,不需要将双链完全解开形成单链,按半不连续方式进行DNA的复制,而PCR反应中,DNA双链必须完全解链,复制过程都是连续进行的;
③细胞内DNA的复制时,DNA的解链通过解链酶催化,而PCR反应中是通过高温使双链解离;
④细胞内DNA的复制时,引物是通过RNA聚合酶和成的RNA链,而PCR反应中所需的引物是人工合成的寡聚核苷酸;
⑤细胞内DNA的复制时,温度保持一致,而PCR反应中,温度在解链温度、退火、延伸3个温度之间变化。
17、PCR反应五要素:
参加PCR反应的物质主要有六种,即引物、耐热DNA聚合酶、dNTPs(包括dATP,dCTP,dGTP,dTTP,是PCR反应中靶DNA序列扩增的原料)、模板DNA和缓冲液(通常含有MGCl2、Tris一HCl、KCl等)、MG2+(DNA聚合酶的激活剂)。
18、很多载体都携带一段细菌的lacZ基因,它编码β一半乳糖苷酶N一端的146个氨基酸,称为α一肽,载体转化的宿主细胞为lacZ△15基因型,它表达β一半乳糖苷酶的C一端肽链。
当载体与宿主细胞同时表达两个片段时,宿主细胞才有β一半乳
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