晶体结构解析进程Word格式.docx
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晶体结构解析进程Word格式.docx
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直接法(TREF)仍是帕特深法(PATT)?
若是晶体中含有重原子如金属原子,那就要用PATT法;
若是晶体中没有原子量不同特别大的原子,就用TREF法。
默许的方式是直接法。
用xs程序解析粗结构
取得res文件:
包括了ins文件的内容和所有的Q峰信息。
用xp程序与xl程序完成原子的指认,付利叶加氢或理论加氢,画图等。
达到比较好的结果标准:
A化学上合理(键长、键角、价态)
BR1<
(),wR2<
(),goof=S=1+
CR(int)<
R(singma)<
DMaximum=
5.5.1原子的指认
打开xp
输入fmol
出现一系列的Q峰信息。
每次打开xp后都要先输入此命令。
输入pick
进入Q峰之间连接的结构体系中。
按照化学经验(键长,键角和连接方式)和自己晶体的预测的结构,对Q峰进行取舍。
取舍完毕后,进行原子的命名。
当闪点在某个原子上时,从键盘上输入要命名的原子的符号,然后回车;
闪点就会跳到下一个要命名的Q峰上。
当闪点在某个Q峰上时,若是直接回车,会删掉此原子,用backspace能够恢复;
若是直接敲空格键,闪点会跳到下一个Q峰上。
敲“/”键,保留命名结果,退出;
敲“esc”键,不保留结果,退出。
输入pers
能够看棍球图,若是有错误的原子命名,能够继续用pick命令进行修改。
输入proj
能够看到结构图,并能够旋转观看
输入grow
能够长出对称的单元。
若是没有对称的单元,则此命令无效。
输入fuse
删除grow出来的原子和其他操作长出的原子,这些原子不能带入精修的进程中。
输入sort/n
对原子进行排序,依照原子名称的序号;
若是输入sort$C$N则依照原子种类进行排序。
输入file
保留所作的命名信息。
会有提示询问是不是从中拷贝信息,直接回车。
注意:
name指用xs解析时命名的作业名,不能更改。
输入quit
退出程序,敲esc退出程序
5.5.2用xl进行精修
点击xl
出现精修进程,看是不是符合中的标准(能够关闭xl后,通过增加ins中的ls的次数或copyto命令进行反复精修,切记每次xl精修后生成的是res文件,因此要将res拷贝成ins再次进行精修才有效)。
若是其他的条件不符合,则要修改ins文件:
加入
anis(对所有指令后的非氢原子进行各向异性精修,anisn对指令后的前n个原子进行各向异性精修,anisC对指令后的指定原子进行各向异性精修)
omit(忽略指定的衍射点,一般都要用到omit052)
afix(将指定的原子坐标强制性的固定在指定的位置上,或在指定的位置上产生原子)
afix3表示固定H原子的坐标
afix13表示固定垂直于某个平面的H原子的坐标
afix23表示固定亚甲基上的H原子的坐标
afix137表示固定甲基上的H原子的坐标(恍如是afix33)
afix43表示固定类似于苯环上的H原子的坐标
dfix(限定两个指定原子间的距离)
hfix(限制氢原子在固定的位置上,如hfix43N6)
在原子的数字信息部份查找是不是有H原子的产生(即付利叶计算出来的H原子),若是有则要把它固定起来(afix2表示固定温度因子,精修坐标;
afix3表示固定坐标,精修温度因子),以防在精修时其处处飘动,引发漂移值不稳固等。
保留后退出。
继续用xl精修,看是不是符合标准(也能够省略此步,因为H原子尚未加完)
5.5.3用xp程序进行理论加氢
打开xp
输入kill$q
去掉所有的q峰
输入hadd
理论加氢(constr)
输入pers或proj
查看H原子加的是不是正确,若是不正确则要用“kill原子名”干掉。
回车
5.5.4继续用xl精修
几轮精修以后,看标准是不是达到,若是没有达到,还要继续查找原因,修改ins文件。
产生数据信息的ins文件中的命令,能够将这些命令加在unit和wght之间:
Bond$h(产生包括h原子在内的键长键角)
Conf(产生扭角)
Acta(产生cif文件)
Htab(产生可能的氢键,在lst文件中找)
Eqiv(和htab一路利用,指定形成氢键的两个原子的名称,将产生分子间和分子内有键合作用的原子的对称性代码,并将信息写在cif中)
Sizeabc(晶体三个方向的大小,依此计算透过率)
mplac1c2c3c4…
mplac7c8c9…
(计算由c1c2c3c4andc7c8c9产生的两个平面的夹角,在lst文件中)
输入这些命令后,精修一轮就可产生相应的信息。
一直精修抵达到标准,才能算是完成精修任务。
能够通过调整wght来修正S值。
5.5.5用xp画图
点击xp
A画椭球图
输入info
显示所有原子和q峰的坐标和位移参数信息等。
输入proj
调整好视角,以保证所有的原子都能看清楚且美观。
输入labl
0(模式)
500(大小)
a=0,表示没有任何标注
a=1,表示不标注H原子,原子序号不用括号
a=2,表示不标注H原子,原子序号用括号
a=3,表示标注H原子,原子序号不用括号
a=2,表示标注H原子,原子序号用括号
b,表示标注字体的大小,一般简单的椭球图用300左右
输入telpabcdcell
telpcell表示画出带晶胞框的棍球图
telp0-5020less$h
其中0表示:
立体角度
-50表示:
位移椭球图的概率百分比,负值表示是椭球图,一般选择-30或-50
表示:
键的半径,默许值是,一般用
20表示:
观察的距离
若是用less$q则表示:
不画所有的氢原子。
回车后,将出现椭球图,对原子进行标记(敲回车能够跳过原子,用backspace能够倒退,若是原子标记的字体大小不适合,要从labl命令从头开始)。
标记完毕后,自动退出,现在会让输入要保留的*.plt的文件名。
输入draw*
选a后回车
输入要输出的图像文件的名称
选回车保留成黑白图,选c保留成彩色图
等一分钟左右
现在就会有*.ps文件生成,该文件能够用photoshop打开。
B画晶胞堆积图
也能够用matr命令来调整视角。
输入pboxab
a表示在当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的宽度
b表示在当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的深度
当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的高度是宽度的倍
输入matrx
x=1表示从a轴的方向看;
x=2表示从b轴的方向看;
x=3表示从c轴的方向看
输入pack
表示堆积。
现在会出现堆积的图形,能够对堆积出的分子进行删减。
选择倒数第二项退出,表示保留了此pack图形。
调整方向
输入lablab
输入telpcell
若是要命名部份原子,就要一直按回车键直至退出。
若是没有命名原子,能够按esc键退出。
输入要保留的*.plt的文件名
输入draw命令,以下同画椭球图的命令。
提示:
画完椭球图后能够直接pbox和pack命令进行堆积图的处置;
堆积图处置后,用fuse命令删除原子后能够进行椭球图的处置。
5.5.6xp程序的其他有效的命令
输入enviC13
显示出距离C1原子为3埃的所有原子,用此法能够寻觅是不是有氢键的存在?
输入sgen2565
长出由2565对称操作长出来的原子
1555:
1表示对称操作的编号;
三个5依次表示轴a,b,c的方向。
若是向a轴正方向平移一个单位,则对称号码为:
1655;
若是向b轴正方向平移一个单位,则对称号码为:
1565;
若是向c轴正方向平移一个单位,则对称号码为:
1556;
1555=+x,+y,+z
2555=-x,-y,-z
3555=,+y,
4555=+x,,+z
输入sgenC1C2C3N4N5N7S83566
长出这些原子
输入joinbond-typekeywords
Bond-type=1表示实线(缺省值);
=2表示空心线;
=3表示虚线
Keywords表示要连接的两个原子的标志号码。
输入mplnkeywords
如输入mplnC1C2C3C4
mplnC7C8C9C10
将计算出由C1C2C3C4和C7C8C9C10肯定的两个最小二乘平面和两个平面简单夹角。
氢键的形成经验距离:
X-H…Y,X…Y=埃,H…Y<
3埃
一些正常键长数据
C-C=,,
C-N=
C-O(H)=,(羧酸根的)
C=O=,(羧酸根的)
C-Cl=
C-NO2=
C-S=
用platon程序检测
有些错误要返回到从头精修以解决
6、用platon程序检测cif文件,解决掉不可忽略的错误
XP应用指南
1.进入界面
直接点击的应用程序图标。
或从命令提示符进入。
2.如何打开一张RES图?
(1)第一肯定RES扩展名的文件的位置及其文件名。
然后将其拷到XP所在的文件夹中。
例如:
在我的文档中有一个08122m.res的文件
(2)在XP的界面中如下操作:
XP》read08122m
XP》fmol
按enter键后,会出现一系列数据标示。
按enter使屏幕转动,提示符从头出现。
XP》mpln/n(选择项)(分子沿对称轴方向定向)
屏幕出现x.y.z轴坐标。
XP》proj
即可进入08122m的XRD结构图,右上角有一系列命令
3.如何只显示部份图形?
方式一:
XP》pick
屏幕出现一张结构全图,并自动扫描各键。
肯定拟保留和除去的键及原子,然后当扫描到某个键时,按“空格键”保留该键,按“enter”键删除该键。
依次操作。
依次操作直至知足要求。
①当误删时,按“backspace”即可恢复上步操作。
②处置完毕,按“ESC”返回至XP》____状态。
但保留处置。
③处置完毕,按“?
/”键即可将处置后的图保留下来。
④当扫描到某个原子时,可键入元素符号和数字来改变原子的编号。
方式二:
XP》pick$C
则光标自动扫描所有C原子。
按“空格键”或“enter”键来决定是逐个保留仍是删除。
方式三:
XP》killP1
此法需要在已知拟删原子的坐标符合以后才能运用。
不然很容易误删。
上面的命令可删除结构图上的P1原子,然后给出“一个原子被删”的提示后直接回到XP》_____.
以上三个方式都可用通配符“?
”或“*”,C1toC6
4.如何进行晶胞堆积?
(1)按X,Y或Z轴方向堆积:
XP》matr1(按X方向堆积)
XP》matr屏幕会给出一系列参数
XP》pack屏幕会给出在必然长、宽范围沿X轴的晶胞堆积图,用红蓝两色给出。
若戴上一幅红蓝镜片的眼镜,则可看到立体图。
若是要贮存,在退出时选择右上方“SGEN/FMOL”命令,那么接下来用PROJ命令打开时,即为该图,而不是以前的单晶。
若想恢复到最初的单晶胞图,则用XP》fuse命令即可。
(2)按自定方向堆积
先用XP》proj命令打开一张图。
再用其中的rotate选项选择适合的方向,退出。
然后XP》pack可显示所选方向的晶胞堆积图。
5.有关旋转的两个快捷键:
①选中旋转命令,按enter键可均匀缓慢旋转,在按下可停止RV
②在缓慢RV时,若按下空格键可加速选转,再次按下可恢复慢速。
6.修改显示空间
XP》pbox屏幕显示图形区域的长、宽值(默许20A,80A)
XP》pbox3010将区域改成30A、10A
XP》pack即可看到更多晶胞堆积在必然区域内。
7.如何求二面角?
(以为例)
XP》reada
XP》fmolCu1P1P2N2N4C40C41C42(将两个面上的原子)
XP》mplnCu1P1P2(列出第一个面上的原子)
XP》mplnC40C41C42N3N4(列出第二个面上的原子)
给出第二个面与第一个面的二面角值。
8.如何显示部份图形?
XP》reada(读入文件)
XP》fmolC1C2C3?
?
(列出所要显示的原子)
XP》
即可显示部份图形。
9.除两个原子间的连接:
XP》undoP1P2
10.如何将晶体对称生长完全?
XP》grow
11.用diag命令可将图形放于屏幕的右上角,方便以后编辑(如kill、pick等)
12.如何给出与Cu1所连接各原子的键长和键角?
XP》bangCu1
13.如何退出XP?
XP》quit
14.一张已经修悔改的图,以便下次可直接进入该画面?
15.如何测量两个并非相连的原子的距离?
XP》envixn
X:
代表某个原子序号n:
为自然数
该命令能够求出距离x原子n倍正常键长范围内所有原子与该原子的距离,而且给出所有以x原子为中心的各连线之间的夹角。
16.如何测量两个平行平面间距?
XP》cent/x______(一个平面S1上原子)
将给出那个平面中心一点X1A
XP》mpln______(另一个平面S2的原子)
将给出X1A到S2的垂直距离。
如何平面S1和S2中心之间的距离?
能够用一样的方式求出平面S2的中心X1B,然后用envi命令求出X1A到X1B之间的
距离。
17.如何保留一张处置过的图形?
当用完pick或kill命令后,可用proj命令显示出处置的结果。
当把它调整到适当的角度后,退出,并用save命令可将其保留下来。
XP》save(键入一个文件名)
XP》telp0-30
出现一大堆数据。
当出现plotfile时,键入一个文件名,然后出现一张热椭球图形,可对其进行原子编号。
(可移动鼠标来肯定编号的位置,enter键:
跳过编号原子,space键:
肯定编号。
)当完成编号后,键入“b”、“空格”,此按键可将上述处置保留为一张plt的文件。
18.如何作出能粘贴到word中的图?
①取得*.plt后,在XP中draw____(键入文件名)
然后出现一堆参数要求选择:
h(可将其存为hgl文件)
a(可存为ps文件)
a4
即可取得*.hgl文件
在word中即可插入。
②把附件解压成;
把文件copy到C:
\programfiles\commomfile\Microsoftshared\graphflt
双击使其注册
19.如何回到以前已经保留过的一张*.sav的图形?
XP》read*.res
XP》mpln/n
XP》next_____键入想要调出的文件名(后缀为sav)
20.如何将不完整的分子结构图画完全?
能够将一个原子沿着它所连接的原子逐个生长出去。
XP》envi(键入一个原子,假设a)
显示与该原子相连的其他原子符号(假设b),和内部编号(****)
XP》sgenb****
可显示b原子,用此法可将一整个链画完整。
21.查看晶胞参数的命令?
XP》cell
22.查看是不是有空洞的命令?
将结构晶胞堆积图旋转到必然方向后XP》spix即可出现一张结构堆积图。
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