DNA鉴定操作手册文档格式.docx
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在GSSTRPOP4(1ml)G5module运行开始的时候会自动进行这一加热步骤,仪器可能需要长达30分钟以达到60℃。
设置温度的步骤是:
关闭310的前门,打开ABIPRISM310Collectionsoftware,从Window菜单中选择ManualControl,再从下拉菜单中选择TemperatureSet,将温度设为60℃,点击Execute。
3设置分析参数运行ABIPRISM310Collectionsoftware,从Window菜单中选择Preferences,再选择GeneScanSampleSheetDefaults,将sizestandard颜色设为orange(O)。
从Page下拉菜单选择GeneScanInjectionListDefaults,five-dyemodule选择GSSTRPOP4(1ml)G5;
选择缺省的matrix文件;
选择AutoanalyzewithGeneScanAnalysis。
点击OK保存设置。
4建立5-dye样品表SampleSheet和上样表InjectionList
运行ABIPRISM310Collectionsoftware,从File菜单中选择New,显示CreateNew窗口,点击所要选择的48管或96管GeneScanSamleSheet图标,在所显示的样品表窗口右上角的下拉菜单中选择5Dye,在所显示的5色样品表中填好样品名、samleinformation和comments,指定适当的内标颜色,保存。
从File菜单中选择New,显示CreateNew窗口;
点击GeneScanInjectionList图标,显示上样表窗口;
在SampleSheet下拉菜单中选择正确的样品表,此时可以适当修改电泳参数,然后保存上样表。
在上样表窗口中,点击Run按钮,开始电泳。
2.作Matrix
1310/370系统使用的MatrixStandardSetDS-33(FilterSetG5)包括6-FAM(Blue)、VIC(Green)、NED(Yellow)、PET(Red)、LIZ(Orange)。
2310Matrix标准品制备:
每一Matrix标准品分别按如下比例制备一管:
Hi-Di甲酰胺10µ
l
310Matrix标准品1µ
切勿在Matrix标准品中加入GeneScan-500LIZ分子量标记。
混合物于95℃变性3min,迅速置于冰中冷却3min。
3填样品表:
在InjectionList中,Module选GSSTRPOP4(1ml)G5,MatrixFile选None。
4电泳完成后,在GeneScanAnalysis软件中,从File菜单选New,点击Matrix图标,选择5Dyes,指定B(6-FAM)、G(VIC)、Y(NED)、R(PET)、O(LIZ)各自对应的Matrix标准品电泳文件,Start输入3300(可以根据实际电泳结果调整到引物峰之后),Points输入2500,点击OK,计算机完成matrix制作并显示matrix文件表,将matrix文件保存到System文件夹的ABI文件夹中。
3.样品电泳
①电泳样品的准备
去甲离子酰胺
10µ
l×
(样品数+1)
GS-500
0.5~1µ
l×
PCR产物
1µ
总量
11.5~12µ
将去甲离子酰胺、GS-500各自振荡混匀、短暂离心,然后按所需用量吸入同一离心管中,振荡混匀、离心,每个离心管分装10.5~11µ
l,再向每管中加入PCR产物1µ
l,振荡混匀、短暂离心→95℃热变性5min,迅速放入冰水中冷却5min,然后上310进行电泳。
②从File菜单中选择New,显示CreateNew窗口,点击所要选择的48管或96管GeneScanSampleSheet图标,在所显示的样品表窗口右上角的下拉菜单中选择5-Dye,填好样品名;
填好sampleinfo如Blue,Green,Yellow,Red,对于AllelicLadder,则填好“Ladder”。
这对Genotyper分析数据非常重要,或者也可以将SampleName栏的内容拷贝到SampleInfo栏中。
填好InjectionList,保存后,点击Run按钮开始运行。
三、数据处理
(一)、用GeneScan软件进行数据分析
●设置分析参数
启动GeneScanAnalysis软件,单击File主菜单下New命令项,单击New窗口上的AnalysisParameters图标按钮,弹出AnalysisParameters窗口(图1),在此可以新建一个AnalysisParameters文件,新建AnalysisParameters文件有两种方法:
第一种通过File→New→AnalysisParameters;
第二种在Project窗口中通过DefineNew。
AnalysisParameters窗口共有7个部分:
①AnalysisRange-分析范围,有FullRange和ThisRange两种方式,选择ThisRange,输入开始及结束分析的数据点,与尺寸必要范围保持一致,数据分析范围包含尺寸必要范围。
②SizeCallRange-尺寸必要范围,有FullRange和ThisRange两种方式,选择ThisRange,输入最小-75bp及最大-450bp必要尺寸。
③DataProcessing-数据处理,有无-None、轻-Light、重-Heavy三种方式,选择Light;
图1
④SizeCallingMethod-尺寸命令方法,一定要选择LocalSouthernMethod。
⑤PeakDetection-峰检测,PeakAmplitudeThresholds-峰振幅极限,输入具体的极限后,低于这些极限的峰经分析后不显示尺寸大小等数据分析结果;
Min.PeakHalfWidth-最小峰半径,默认值为2Pts;
PolynomialDegree-多项式次数,默认值为3;
PeakWindowSize-峰窗口大小,默认值为19Pts,但在分析AllelicLadder时,要将此值适当改小,否则绿色荧光染料标记的TH01基因型会少一种,造成Genotyper无法分析;
⑥Baselining-基线,BaselineWindowSize-基线窗口大小,默认值为251Pts;
⑦AutoAnalysisOnlySizeStandard-自动分析的标准尺寸,默认为None。
●设置尺寸标准
New窗口上的SizeStandard图标按钮,功能在于建立新的尺寸标准。
单击
SizeStandard图标按钮,弹出SelectSampleFile窗口(图2),在此窗口选择一个样品文件作为建立新尺寸标准的模板,然后按Open,弹出SelectDyeandAnalysisParameters窗口(图3),在此窗口选择用于产生新尺寸标准的染料标记颜色及分析参数,然后按Ok,弹出一个未命名的窗口(图4),在这个窗口
图2
图3
图4
图5
显示一组峰柱形图,根据峰的位置命名峰所对应的尺寸大小75、100、139、150、160、200、250、300、340、350、400、450bp,其中250bp对应的峰不标记(图5),单击窗口右上角的关闭按钮弹出Savethisdocumentas窗口,在此保存新的尺寸标准(图6)。
建立SizeStandard文件有两种方法:
第一种通过File→New→SizeStandard;
第二种在Project窗口中的样品文件的SizeStandard拉出选项中的DefineNew栏。
图6
●分析样品
1运行GeneScanAnalysisSoftwarev3.7;
2单击File主菜单下New命令项,在弹出的New窗口中单击Project图标按钮,弹出一个未命名的AnalysisControl窗口(图7),
(图7)
3在Project主菜单下单击AddSampleFile…选项,弹出AddSampleFile…窗口(图8),在Lookin栏中选择要分析的样品运行文件,在此时的AddSampleFile…窗口(图9)中加入具体的样品文件,然后单击Finish按钮,这时AnalysisControl窗口如图10所示,其中SizeStandard、Parameters栏处于
图8图9
图10
图11
CollectionSetting状态,双击样品文件(图中黑色阴影)弹出样品未分析的数据图窗口(图11),在窗口左下角有一排图标
,其中
为未分析或分析后的数据图(图11或图16);
为样品文件的信息(图12),可以对样品的原始信息进行修改;
为尺寸标准曲线图(图13,说明:
若样品没有分析此时没有尺寸标准图,只有在样品分析后才有此图);
为样品的原始电泳数据图(图14);
为样品的电泳时静电记录数据图(图15);
图12图13
图14图15
4回到图10所示的AnalysisControl窗口,首先检查内标标记
是否存在,若无按住“Ctrl”键,再单击内标,然后向每个样品加载Matrix文件以除去干扰,在SizeStandard栏中选择已定义的尺寸标准,在Parameters栏中选择分析参数,单击窗口上的Analyze按钮进行分析,分析完后,双击样品文件,弹出分析好的数据图(图16)。
数据图分为两部分,上半部为STR位点峰形图,下半部为所对应的位点尺寸大小、峰高、峰面积、出现此峰的时间、数据扫描点。
图16为所有检测的STR位点的数据图,可以单击中间一排的
颜色指示按钮,来查看各颜色标记的位点数据图,图17为
染料标记的STR位点数据图,适当调整
基线值除去杂峰;
(可以使用左上角的放大镜来放大数据图,如图18)
图16
图17
图18
图19
图19为
染料标记的STR位点数据图,调整
图20
图20为
染料标记的STR位点数据图,调整
图21
图21为
图22
图22为
染料标记的标准尺寸数据图,共12个标准尺寸点,其中250bp没有指定;
同上面一样再逐次对其它样品进行精分析,分析好的数据就可以通过Genotyper软件进行基因分型。
(二)、使用Genotyper软件进行自动基因分型
①双击桌面上的Genotyper图标,运行GenotyperSoftwarev3.7;
②将参数缺省值设置成输入rawdata,Blue,Green,Yellow,Red和Orange;
③从File菜单选择ImportGeneScanFile(s),选择文件并点击Import;
④从主页面左下角的宏命令列表中选择CheckGS500,从Marco菜单选择RunMarco;
⑤从主页面左下角的宏命令列表中选择Kazam,从Marco菜单选择RunMarco;
⑥查看数据、校正。
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