氨基酸与蛋白质5PPT推荐.ppt
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2.具有明显的折叠层次;
3.球蛋白分子是紧密近似球状的实体;
4.疏水侧链在分子内部,亲水侧链在分子表面;
5.分子表面有空穴,是结合底物,效应物等配体,行使生物学功能的活性部位,空穴通常是一个疏水的区域。
八、膜蛋白的结构1.具有单个跨膜肽段的膜蛋白2.具有7个跨膜肽段的膜蛋白3.桶型膜蛋白-膜孔蛋白
(二)脂锚定膜蛋白疱症性口疱症性口炎糖蛋白炎糖蛋白甲状腺甲状腺球蛋白球蛋白乙酰胆乙酰胆碱酯酶碱酯酶糖脂糖脂A*九、蛋白质折叠和结构预测
(一)蛋白质的变性1.变性蛋白质的特点:
空间结构破坏,一级结构完好;
活性丧失;
溶解度降低;
易分解。
2.引起变性的因素:
加热、辐射、高压等物理因素;
有机溶剂、酸、碱、尿素等化学因素。
3.变性的协同性:
变性发生在较窄的范围内。
4.复性:
一定条件下可以恢复活性。
Proteindenaturation.Resultsareshownforproteinsdenaturedbytwodifferentenvironmentalchanges.Ineachcase,thetransitionfromthefoldedtounfoldedstateisfairlyabrupt,suggestingcooperativityintheunfoldingprocess.(a)Thermaldenaturationofhorseapomyoglobin(myoglobinwithoutthehemeprostheticgroup)andribonucleaseA.Themidpointofthetemperaturerangeoverwhichdenaturationoccursiscalledthemeltingtemperature,orTm.Thedenaturationofapomyoglobinwasmonitoredbycirculardichroism,atechniquethatmeasurestheamountofhelicalstructureinamacromolecule.DenaturationofribonucleaseAwastrackedbymonitoringchangesintheintrinsicfluorescenceoftheprotein,whichisaffectedbychangesintheenvironmentofTrpresidues.(b)Denaturationofdisulfide-intactribonucleaseAbyguanidinehydrochloride(GdnHCl),monitoredbycirculardichroism.7553311种可种可能连接方式中的能连接方式中的11种种核糖核酸酶的复性
(二)氨基酸序列规定蛋白质的三维结构(三)蛋白质折叠的热力学(四)蛋白质折叠的动力学1.折叠不是随机搜索的过程。
2.折叠时先形成局部二级结构,再形成结构域,熔球态,最后形成完整的三级结构。
3.折叠时二硫键异构酶和肽基脯氨酸异构酶起重要作用。
4.分子伴侣在折叠时有重要作用,主要是防止肽链的错误折叠.。
Amodelforthestepsinvolvedinthefoldingofglobularproteins.Chaperoneproteinsmayassistintheinitiationofthefoldingprocess.(五)蛋白质结构的预测1.二级结构的预测参照表5-6,按Pi=Ai(被计算的氨基酸残基处于某一二级结构的份数)/Ti(肽链中的各种氨基酸残基处于某一二级结构的份数)的计算值预测,Pi大于1表示该氨基酸残基倾向于形成所预测的二级结构,Pi小于1表示该氨基酸残基倾向于形成其他构象。
相邻6个残基至少4个倾向于形成螺旋,即为螺旋核,由此延伸到4个残基的p平均值小于1,螺旋内不可出现Pro。
相邻6个残基至少3个倾向于形成折叠片,即为折叠核,由此延伸到4个残基的P平均值小于1。
Theseresiduesareclassifiedasstronghelixformers(H),helixformers(h),weakhelixformers(I),indifferenthelixformers(i),helixbreakers(b),andstronghelixbreakers(B).SimilarclasseswereestablishedbyChouandFasmanfor-sheetformingability.Suchalgorithmsareonlymodestlysuccessfulinpredictingtheoccurrenceofhelicesandsheetsinproteins.Themolecularmotionsofthepeptideandtheeffectsofthewatermoleculesweretakenintoaccountinmappingthemostlikelypathstothefinalstructureamongthecountlessalternatives.Thesimulatedfoldingtookplaceinatheoreticaltimespanof1ms;
however,thecalculationrequiredhalfabillionintegrationstepsontwoCraysupercomputers,eachrunningfortwomonths.Asimulatedfoldingpathway.Thefoldingpathwayofa36-residuesegmentoftheproteinvillin(anactin-bindingproteinfoundprincipallyinthemicrovilliliningtheintestine)wassimulatedbycomputer.Theprocessstartedwiththerandomlycoiledpeptideand3,000surroundingwatermoleculesinavirtual“waterbox.”2.三级结构的预测和计算机模拟原理复杂,已由一些成功的例证。
Acomparisonofthestructuresoffourp
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- 氨基酸 蛋白质