核酸提取送检样品要求_精品文档PPT格式课件下载.pptx
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2)、抽提血浆检测突变类(检测ctDNA、融合基因、VEGFR2mRNA),一、样本要求-送检样本类型2,二、样本要求-送检样本量,三、样本要求-保存方法,新鲜组织(包括手术和活检组织)价值:
肿瘤新鲜冷冻材料可提取出最高品质的DNA、RNA。
在手术现场取样的情况也比较多,但需要在显微镜下确认肿瘤细胞含量。
周围炎症严重的肿瘤、黏液产生过高的肿瘤、病变中心广泛纤维化的肿瘤细胞不能采集,以免产生假阴性结果。
鉴定:
切割后取其中一半,并利用另一半切面制作组织标本,然后在显微镜下确认肿瘤细胞含量。
保存:
理想的保存方法是迅速置于液氮中,然后保存于液氮罐或-80冰箱,这一过程应在手术样本离体后30分钟内完成。
或者保存在组织保存液中;
也可保存在核酸提取液中。
三、样本要求-保存方法,石蜡包埋组织(formalin-fixedparaffin-embedded,FFPE)10%中性福尔马林固定手术切除样本,按病理学操作规范进行取材。
DNA容易受固定的影响,长时间(1周以上)浸泡在福尔马林中的样本的DNA会被片段化,不能检出突变。
活检材料的固定时间一般是24小时,对于穿刺等活检样本,固定时间控制在624小时为佳。
价值:
石蜡包埋组织易长期保存。
制作石蜡切片后,切取5片连续切片,其中1片进行HE染色,确认肿瘤细胞的含量。
在高灵敏度检测方法中,可考虑使用活检标本。
15摄氏度28摄氏度。
三、样本要求-保存方法,胸腹水等细胞学样本用胸腹水中的肿瘤细胞用于基因检测时,必须确认肿瘤细胞,穿刺获得胸腹水样本提交给细胞病理检查之后,剩余液体冷藏/冷冻保存,由于细胞学样本的肿瘤细胞含量较低,因此必须使用高灵敏度检测方法。
取样方便。
离心收集后冷冻保存;
也可在含有细胞成分的离心沉淀中加入含有蛋白质变性剂的缓冲液(AL缓冲液,Qiagen公司)等室温保存。
三、样本要求-保存方法,外周血样本价值:
用途:
ctDNA、CTC检测保存:
取样时应使用一次性密闭EDTA抗凝真空采血管,采集610ml全血,冷藏运输,6小时内分离血浆,提取游离DNA,保存到-80冰箱中,并避免反复冻融。
如外周血需长时间运输,建议用商品化的游离DNA样本保存管,在常温条件下,cfDNA在全血中可稳定保存7天。
血清或血浆离心收集后冷冻保存;
有核细胞检测CTC的冷藏保存,检测SNP的冷冻保存。
名词解释,实体瘤即有形瘤,可通过临床检查如x线摄片、CT扫描,B超、或触诊扪及到的有形肿块称实体瘤。
非实体瘤即X线、CT扫描、B超及触诊无法看到或扪及到(摸到、按到)的肿瘤,如血液病中的白血病就属于非实体瘤。
血液病是原发于造血系统的疾病,或影响造血系统伴发血液异常改变,以贫血、出血、发热为特征的疾病。
造血系统包括血液、骨髓单核一巨噬细胞系统和淋巴组织,凡涉及造血系统病理、生理,并以其为主要表现的疾病,都属于血液病范畴。
名词解释,循环游离DNA(circulatingfreeDNA,cfDNA)是存在于血浆中的游离DNA,它们有的来自于正常细胞,有的来自于异常细胞(如肿瘤细胞),肿瘤来源的DNA占血浆游离DNA的比例在不同肿瘤及病例中相差悬殊(0.0193%),从而限制了外周血在肿瘤分子检测时的应用。
目前已有多篇文献证实可利用从血浆游离DNA检出突变,但需要使用ARMS法等灵敏度非常高的检测方法。
名词解释,循环肿瘤细胞(circulatingtumorcell,CTC),是存在于外周血中的各类肿瘤细胞的统称。
循环肿瘤DNA(circulatingtumorDNA,ctDNA),是指肿瘤细胞体细胞DNA经脱落或者当细胞凋亡后释放进入循环系统的DNA片段,是一种特征性的肿瘤生物标记,通过ctDNA检测,能够检出血液中的肿瘤踪迹。
ctDNA检测很少出现假阳性,因为ctDNA来自肿瘤细胞基因组突变。
在几乎所有种类的癌症中,都检测到了ctDNA所带有的标志性突变,并且肿瘤越晚期,病情越严重,肿瘤的恶性程度越高,ctDNA特有突变的频率就越高。
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