生物信息学数据库或软件_精品文档.docx
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一、搜索生物信息学数据库或者软件
数据库是生物信息学的主要内容,各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。
核酸序列数据库有GenBank,EMBL,DDB等,核酸序列是了解生物体结构、功能、发育和进化的出发点。
国际上权威的核酸序列数据库有三个,分别是美国生物技术信息中心(NCBI)的GenBank,欧洲分子生物学实验室的EMBL-Bank(简称EMBL),日本遗传研究所的DDBJ
蛋白质序列数据库有SWISS-PROT,PIR,OWL,NRL3D,TrEMBL等,
蛋白质片段数据库有PROSITE,BLOCKS,PRINTS等,
三维结构数据库有PDB,NDB,BioMagResBank,CCSD等,
与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP,CATH,FSSP,3D-ALI,DSSP等,
与基因组有关的数据库还有ESTdb,OMIM,GDB,GSDB等,
文献数据库有Medline,Uncover等。
另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。
生物信息学数据库覆盖面广,分布分散且格式不统一,因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务,如EBI的SRS(SequenceRetrievalSystem)包含了核酸序列库、蛋白质序列库,三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具,用户可以进行多个数据库的多种查询。
二、搜索生物信息学软件
生物信息学软件的主要功能有:
分析和处理实验数据和公共数据,加快研究进度,缩短科研时间;
提示、指导、替代实验操作,利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验;寻找、预测新基因及预测其结构、功能;
蛋白高级结构预测。
如:
核酸序列分析软件BioEdit、DNAClub等;序列相似性搜索BLAST;多重系列比对软件Clustalx;系统进化树的构建软件Phylip、MEGA等;PCR引物设计软件Primerpremier6.0、oligo6.0等;蛋白质二级、三级结构预测及三维分子浏览工具等等。
NCBI的网址是:
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov。
Entrez的网址是:
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/。
BankIt的网址是:
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/BankIt。
Sequin的相关网址是:
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/。
数据库网址是:
http:
//www.ebi.ac.uk/embl/。
SRS的网址是:
http:
//srs.ebi.ac.uk/。
WEBIN的网址是:
http:
//www.ebi.ac.uk/embl/Submission/webin.html。
DDBJ的网址是:
http:
//www.ddbj.nig.ac.jp/。
用户可以搜索各种类型的对象,并以图形方式观看基因组图谱。
GDB的网址是:
http:
//www.gdb.org。
GDB的国内镜像是:
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