CrystalMaker使用说明Word格式.docx

CrystalMaker使用说明Word格式.docx

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结构在图片界面中显示。

选择Window〉ShowRuler可以添加标尺。

图片面板

结构主要在图片面板中显示，在这里可以对结构进行旋转和测量操作，或者使用快捷键对其进行操作.

工具栏

工具栏是对工具板的很好补充.对于常用的命令还设置了快捷键。

打开或关闭工具栏：

选择Winsow〉Show/HideToolbar

Sidebar包括SiteBrowser和Notespane

打开/隐藏Sidebar的两种方法:

（1）点击Toolbar上的Sidebar；

（2）选择Window>

Show/HideSidebar

隐藏Notespane的三种方法：

（1）点击Toolbar上的Notespane来显示/隐藏Notespane；

（2）双击Sidebrowser和Notespane之间的分隔栏;

（3）把Sidebrowser和Notespane之间的分隔栏拖动到最下面

隐藏SiteBrowser的方法：

（1）把Sidebrowser和Notespane之间的分隔栏拖动到最上面；

SiteBrowser

SiteBrowser提供关于结构中原子的信息。

可以按照元素、位置标注对列表进行重新排列、

同时在SiteBrowser中，可以对原子的颜色、可见度、标注以及半径进行编辑，并对单个位置或者同元素的原子簇进行编辑。

Notespane

在Notespane中，可以保存关于结构的文本信息

OverviewWindow

OverviewWindow提供关于复杂结构的动画和视频制作、文件浏览以及结构输出的具体细节等信息,由Views，History,file和Log四部分构成.

ViewPane

Viewpane有以下用处：

（1）记录从特定视角观察晶体的图片；

（2）在统一界面中同时操作几个晶体；

（3）制作动画和视频

创建操作结构的视图,方法有二：

（1）点击windowtoolbar中的Snapshot；

（2）选择File〉TakeSnapshot

一张结构图片就会出现在Viewpane中。

从已有文件中创建视图：

（1）把一个或多个文件拖动到Viewspane中。

每个文件就会加载到Graphicswindow中，缩略图会再在到Viewspane中;

（2）当Viewspane可视时,点击Add按钮，然后选择想要加载的文件。

加载一个视图：

点击viewspane中的视图，使用键盘上的箭头进行选择。

重新排列视图：

点击并拖动视图，对其进行重排

重命名视图:

点击视图文件,输入新的文件名,按Return或enter键完成设置

更新视图：

用户可以重新生成一个视图，以匹配与现在显示的结构:

右键单击要选择的视图，选择Replacewithcurrentview

同步视图

Crystalmaker强大之处在于它能快读的同步多个窗口.这样，如果一个视图和另一个相关，用户可以对它们的显示进行设置,诸如原子颜色、渲染样式、位向、尺寸等.

使用同步命令：

（1）确保主视图在Graphicswindow的最前面，这个结构的设置将应用到所有的其他结构中；

（2）选择Transform>

Synchronize命令;

（3）出现一个对话框，显示需要同步哪些视图；

（4）点击OK开始同步。

动画视图

OverviewActions菜单上的Play命令，可以反复播放视图，同时还可以全屏播放或者结构旋转。

用户可以控制播放的速度。

按escape退出动画播放.

从视图中生成视频

使用OverviewActions菜单上的Play命令，可以生成一个Quicktime视频。

这在展示结构行为和相转变时比较有用。

FilesPane

用户可以在这个面板上管理最近的文件,并在快速的在不同的结构间进行切换。

新近打开的文件会显示在FilesPane的左上角.用户也可以把未打开的结构加到FilesPane中，并会显示为缩略图。

添加文件到FilesPane：

（1）把一个或多个文件拖动到FilesPane中；

（2）或者点击Overview上的Add按钮，然后选择想要加载的文件。

把文件从FilesPane移除：

（1）右键点击文件缩略图，选择Remove命令；

（2）点击window’sActions按钮,选择ClearFilesList，移除所有文件。

重新排列缩略图：

点击拖动缩略图,对其进行重新排列。

使用FilesPane打开一个文件：

（1）点击文件的缩略图，在现在窗口中打开文件；

（2）右键点击缩略图，选择OpeninNewWindow，在新窗口中打开文件。

显示Slideshows和Animations

使用Viewspane，我们可以使用Filespane中的文件来展示Animatedslideshows.选用OverviewActions菜单。

HistoryPane

Crystalmaker会跟踪文件修改，并把它们显示在HistoryPane中.

HistoryPane左上侧的缩略图为用户最近打开的文件；

接下来的缩略图代表按时间顺序编辑过的文件。

点击缩略图，转到那个阶段的文件.

LogPane

Overviewwindow上的LogPane显示了状态信息和屏幕工具的操作结果和化学键搜索结果。

用户可以把LogPane中的信息拷贝到其他程序中.在OverviewActions菜单中，选择TextOptions可以对文本进行编辑。

工具面板（ToolsPalette）

工具面板中的屏幕工具，可以操作、测量和编辑结构。

测量工具加上旋转工具,可以对晶体进行精确位向操作。

用户可以在键盘上输入相应的字母来选择工具。

在工具面板的最上面，会显示晶体结构或单分子的彩色图片：

这是显示是否在分子模式的快捷方法.分子模式用来描述原子团以及其它没有长程对称的结构。

使用工具面板

选择Window>

Palettes显示工具面板。

所有窗口的大小和位置都在在上次退出程序时自动保存.

设定工作台

选择Window〉Workspace，在其子菜单中显示工作台。

全屏模式

Crystalmaker支持全屏模式，便于用户专注于结构。

全屏模式下，Graphicswindow会自动调整以适应全屏的尺寸。

通过把鼠标移至屏幕的上部，用户仍然可以使用菜单命令。

进入全屏模式：

点击windowtoolbar或者Toolspalette上的FullScreen按钮，或者快捷键F。

退出全屏模式:

（1）按Escape键；

（2）或者点击Toolspallete中的StandardScreen,快捷键F。

在线帮助系统

Crystalmaker的在线帮助可以通过以下途径获得:

（1）选择Help菜单；

（2）点击一些出口中左下角的Help；

（3）点击F1.

第二章软件预览

本章分为三个连续的部分，分别介绍Crystalmaler的不同功能.第一部分我们将建立一个新的晶体结构，包括对称性和化学键。

第二部分我们研究不同的显示选项，包括图形样式和不同的模型类型。

最后一部分我们将使用程序中的不同工具来测量结构、显示配位团，以及以文本文件和网页的方式输出数据。

第一节建立无机物晶体结构

本节我们介绍如何创建、显示和保存一个新的晶体结构.我们将以和其他无机物结构类似MgAl2O4为例。

结构数据

在Crystalmaker中，可以使用数据编辑器来编辑晶体常数、对称性以及位置坐标。

同时还可以编辑颜色、原子半径，定义化学键等。

使用以下结构数据：

输入结构数据

（1）选择File〉NewCrystal命令；

（2）出现以下EditCrystal对话框:

（3）在Spacegroup栏中输入以下字符：

Fd3m[origin2］

（字符间留空格）。

如果输入格式错误，Crystalmaker会提醒用户。

如果空间群符号输入正确，只有一个晶格常数会保留。

Crystalmaker识别出输入的空间群符号对应一个立方晶体，并且只需要a单胞参数。

（4）按Tab键移至a栏，输入8.08,对话框如下：

（5）现在我们需要考虑晶体的非对称基元中的三个位置,对于每个位置,Crystalmaker需要以下信息:

位置标注（最多六位字符,字符间不能有空格）;

一个或多个化学符号以及它们的占位率值（Crystalmaker使用元素符号来决定其原子半径和原子颜色;

元素符号可以是一个或两个字母）；

每个位置的xyz位置坐标.可以以分数（1/2）或小数（0.5）形式输入。

（6）点击Add按钮，或者按回车键开始编辑一个新的位置；

（7）窗口中会出现包括默认的标注、位置坐标和占位率的条目。

我们对这些设置进行编辑；

（8）加亮位置位置标注.输入一个新的标注（最多六位字符,不能包括空格）——我们选择Al

（1）。

按Tal键移至下一个编辑栏；

（9）假定这个晶体有序，我们只需要输入单一的占位率值。

此例中我们输入“Al1.0”;

（10）在x,y,z栏中输入0。

5，编辑窗口如下：

（11）按Return键完成编辑该位置；

（12）现在，按照结构数据表给出的信息，分别输入Mg和O位置的数据。

使用Add按钮添加新位置,或使用Remove删除一个位置;

（13）当完成晶体数据输入后，对话框如下：

显示晶体

现在，所有的结构数据都以输入，接下来我们要显示一个单胞内的所有原子：

（1）点击以上EditCrystal窗口的OK按钮;

（2）EditCrystal窗口消失，状态窗口出现.

在状态窗口中，使用输入数据建立的晶体就会出现。

这时，一个立方形外形，包括一组原子的结构就会出现。

改变原子的颜色和半径

如果用户输入的元素符号被Crystalmaker识别，就会自动赋予它一个颜色和半径。

如果用户想要在晶体中包括其他元素类型，并且改变Crystalmaker的默认设置，使用SiteBrowser可以对原子的颜色和半径进行定义，如下:

（1）选择Window>

ShowSidebar命令，出现SiteBrowser窗口.如果还是不能显示，选择Window〉Sidebar>

SiteBrowser命令；

（2）我们开始编辑原子颜色。

Colour栏多个可以改变单个位置颜色的按钮；

（3）点击一个颜色按钮，选择一个新的颜色；

（4）我们开始编辑原子半径。

需要注意的是原子半径的单位为埃;

（5）点击Mg的半径值；

（6