单晶结构解析技巧Word文件下载.docx

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342_ALERT_3_BLowBondPrecisiononC-Cbonds（x1000）Ang...　　　　49

B级提示当然得重视了。

建议你先把H撤消，精修到C的热椭球不太变形和键长趋正常。

如做不到就要看空间群？

衍射点变量比太小？

以至追查到原始数据的录取参数和处理等。

这些粗略意见仅供参考，如何？

3.

在XP中画图时，只有一部分，想长出另外的对称部分。

我是envi完了，然后sgen长出来的，可是和symm显示的对称信息不一样。

比如：

我根据envi的结果用sgenO14555得到的是O1A而不是O1D，这跟文献中标注的不一样啊，怎么统一呢？

很困扰，忘达人指教。

xp里是按顺序编号的，第一个sgen出的的统一为A,依次标号。

你如果想一开始就统一D的话，重新name一下

4.

高氯酸根怎么精修呀？

我用的SHETXL6.1版的，最好告诉我怎么用其中的XSHELL来做，我觉得他好用！

Method1è

DFIX

Dfix　1.420.02Cl1O1Cl1O2Cl1O3Cl1O4　　　　　

Dfix　1.420.02O1O2O1O3O1O4O2O3　O2O4　O3O4

Method2è

SADI

Sadi0.01Cl1O1Cl1O2Cl1O3Cl1O4

Sadi0.01O1O2O1O3O1O4O2O3O2O4O3O4

5.晶体的无序是怎么造成的呀，是晶体培养的问题吗？

如果无序太多，在解单晶的时候怎么办？

我指的是很多的点，没有结构，他们的峰值都大于了0.5

大于0.5没什么的，解完后都在1以下就可以了。

特殊的比较大的在重原子附近也没有关系

5.

比较确切的定义是单胞中你测定的或你设想的“化学式”的数目。

在分子晶体中，Z是分子数，在其它各类晶体中则为化学式个数。

例如有机物一般是分子数目，离子晶体像NaCL只好说化学式为4。

晶体结构常有无序和缺位等，但给出非化学计量式后Z都是确定的。

Z的数字决定于你的化学式。

三斜晶系的P-1空间群的Z多为2。

由于双聚等原因如将双聚体写成你的化学式，那么Z就变为1了。

但是就拿这个三斜晶系来说，出现Z为4或6的情况也是可能的。

这时分子形成双聚或者三聚，而你指定的分子式只是个单体罢了。

测定结构初期得到单胞以后，往往希望知道单胞中有几个"

分子"

如你知道了或提出了化学式，从我们介绍的范氏半径或原字体积即可毛估这个为整数的Z了，不必测密度就知道Z是很有意义的，因分子式有误Z将不会合理，你不愿试一试？

6.

其实现在水簇或者各种氢键越来越受到重视。

但是给水加氢总是遇到很多麻烦，大家都希望能有一些实际可以用的经验来指导一下大家。

您能给我们一些建议吗？

有时候键长不合理（但是又没有其他合适的参峰），键角合理，您说这样如何加氢？

　我仔细浏览了论坛的一些文章，您能给这些经验做一个评价吗？

哪位大侠清楚DFIX和AFIX的用法及格式，请详细指点一下。

Thanksalot还有，差值加氢的时候如果找不到q，可以用cent产生个点，然后命名为氢吗？

？

　把O原子改成C原子,然后再看Q有没有了;

如果没有放大Q值到100,不行放大到500个Q值我想你会加上去的!

固定H的温度因子为母原子的1.5倍,然后再把C改成O,计算,大功告成我非常关心这两条经验。

麻烦您！

从这个贴子了解到大家对H的指定问题非常热中，只好再谈谈我的看法仅供大家参考了。

我曾表白原则上X光衍射不能准确测定H的位置，现在我仍旧这样看而不太懂所谈经验。

即使是低温也很困除非是做低温的中子衍射工作，不过眼下我们没有条件且无法短平快！

在网上曾经提出过一些有助于寻找H位置的想法，因为水在晶体中必定与周边形成氢键。

可是如一位网友所说水处在对称中心的位置上时，那么可肯定H呈无序分布无法指定的。

反过来讲如果一个结构报告把H参数都准确列出，我们可以认定这是一篇高水平的研究。

理论加H是基于分子几何构型指定H的辅助方法，水和甲基等等都不是它可应付得来的。

看来是介绍能量优化理论计算来指定H的时候了，将请国武老师贴出两篇好文章供分享。

有关的计算程序已在论文中列出并可在网上下载，希望这种“理论加氢”方法得以推广。

参考文献

1.Z.Anorg.Allg.Chem.,2003,629:

666-672

2.ActaCryst.,2004,B60:

179-183

首先，x-ray衍射是不能准确确定H的真实位置的。

其次，对于N，O等上面的活性氢最好在dmap上找。

再次，H的位置的确定一定要考虑其化学合理性，即H和周围原子形成的氢键的键长键角要合理。

基于上述原则，具体的方法一般是：

1。

先在dmap上找到活性氢的位置，如果找不出，就给更大的Q值，然后用dfix固定，在ins文件里编辑。

2。

精修后，检查H的位置是否化学合理。

3。

在xp里面，用himp固定X-H的键长。

4。

在ins文件里，将dfix去掉，同时在新加的氢的前面加上afix03，并将其温度因子改为-1.

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处理水上H的一个小技巧

通常有机骨架上的C和N以及羟基（-OH）上的H都可以利用几何加氢的方法来处理，但是水分子上的氢却不能这样做。

在晶体学数据比较好的情况下，水分子的H原子在残余峰上还是有迹可循的。

通常需要考虑两方面的因素：

1）H-O-H的键长和键角（个人认为键长应在0.65-1.15之间，键角在95-115之间）；

2）氢键，水分子的H应位于能形成合适的氢键位置上，而不是随意的位置。

基于以上两点考虑，在用SHELXTL程序精修时，在主体骨架都确定之后把残余峰的数量改为50，甚至更大（PLAN50）,然后在O周围的残余峰中仔细辨认，把位置合适的残余峰定为H。

从残余峰中得到H原子，键长一般不是理想的键长，而且位置在经修过程可能会发生改变，为了解决这些问题，我们可以这样来做。

在精修以前打开*.ins文件，找到先前确定的H原子，如：

H1x1y1z111.00000.05

H2x2y2z211.00000.05

加入AFIX3的指令可以把找到的H固定，同时把H的温度因子固定为父原子的1.2倍。

改为如下：

AFIX3　

H1x1y1z111.0000　-1.2000

H2x2y2z211.0000　-1.2000

AFIX0

改完保存之后再做精修。

（解决H原子位置变化的问题）

H-O的键长，可以在xp界面下用himp指令来解决。

运行xp时，在file之前运行一次HIMP，就可以把H－O调整为理想的0.85A。

这样就基本上可以得到较好的水分子的H原子了。

此外还可以通过WinGX程序包中的CACL-OH来计算水上的H原子。

如果以上两种方法都得不到较好的H原子，建议放弃加氢，因为并不一定每个结构中的水分子的氢都能确定，虽然理论存在可能性。

欢迎大家讨论，共同进步！

1.呵呵,刚刚注册,很不错的网站.以后大家可以经常讨论一些结构解析的问题.

我有一个结构,游离水的氢通过差值傅里叶定位总出错（温度因子过高）,不知道各位大侠有什么高见

"

把氧原子改为氮原子，并把该氮原子和其他原子连起来，然后理论加氢，

把原子名称改回去，把氢原子的参数保留，加入命令

AFIX3

H1a.............................

H2a................................

就可以拉"

呵呵，能用差傅里叶峰投H已经是很好的情况了，楼上的法子不太好，那样得到的键角好象有偏差吧。

我们一般是限制键长和键角，固定温度因子，然后就一切OK了

2.求助空间群转换教程:

其实转换起来也比较容易

很多情况下，xprep程序提示的高低不同的空间群CFOM值差别并不是很大，如P1和P-1Cc与C2/c，但是直接按照高的空间群无法显示出分子，或只能看到一部分这时。

可以将空间群降低，先解出绝大部分的结构，加不加氢均可，然后点击platon中的addasym计算空间群，如果提示空间群需要升高，在原文件夹中出现一个platon.res文件，改名为您原来的文件名，用xshell或者xp打开,继续解析即可.

高的空间群无法解析的时候，被迫用低空间群解的例子还有一种情况：

程序建议采用低空间群，这时用地的空间群可以解出大部分的结构，但是配体的一部分怎么也连不上，grow后也无济于事，这是空间群错误的一个信号，这时我们就可以去升高空间群了.

据经验，升高空间群时我们只需要解析出主要骨架的结构就可以了，溶剂分子可以不处理，甚至有时只需把所有的原子都定成碳原子也可以（金属原子当然必须先确定了）

在转换后，经常出现参数溢出的情况,无法继续精修，据经验一般是以下原因造成的：

（1）存在Q峰，在对称性发生变化后，出现混乱）

（2）存在H原子无法抵消造成的混乱

以上两种情况提示我们在对称性转换前最好删掉所有H原子和Q峰。

（3）转换后通常会得到

FMAP0

的情况，只需将0改为2就可以了

（4）如果带着氢原子去转换，往往会出现一个碳原子上有很多氢的情况，这时建议删掉所有的氢原子，重新加氢

另外，需要说明的是：

空间群的转换经常会造成R之间的差异较大，这种情况经常出现，需要注意。

InXPmode,theinformationcanbeeasilyobtainedfromMATRcommand.Forexample,whenthechainalongthe（101）direction,Matr100000001,youwillfindthechainjustappearedasamotif.ThenyouROTA190,achainwillbeobserved.

晶体结构分析中H的指定

游离的水加氢时，我认为是有可能但危险！

所谓理论加氢的根据是几何构型的需要，对于水和甲基等的氢，我们很难说出它的取向，不过水多半形成氢键，这就提供了线索。

请参考请国武老师本周贴出有关氢键的两文献，根据可能的位置放上氢后最好放开精修。

不过原始数据不好时，氢参加精修可能无结果。

如不精修就要审查是否符合化学的原理.

不久前发表了一有机化合物C18H17FN3O4的X光单晶工作：

ActaCryst.2005,E61（7）:

o2235。