蛋白质数据库应用swissport和PPDWord文档下载推荐.docx
- 文档编号:14595873
- 上传时间:2022-10-23
- 格式:DOCX
- 页数:7
- 大小:391.70KB
蛋白质数据库应用swissport和PPDWord文档下载推荐.docx
《蛋白质数据库应用swissport和PPDWord文档下载推荐.docx》由会员分享,可在线阅读,更多相关《蛋白质数据库应用swissport和PPDWord文档下载推荐.docx(7页珍藏版)》请在冰豆网上搜索。
SWISS-PROTPDBdownload
摘要1
ABSTRACT2
一Swiss-Port的使用方法4
1.1网站简介4
1.2数据下载:
5
二PDB的使用方法5
2.1网站简介5
2.2数据下载9
一Swiss-Port的使用方法
SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库,由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。
数据库由蛋白质序列条目构成,每个条目包含蛋白质序列、引用文献信息、分类学信息、注释等,注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等信息。
SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列,并与其它30多个数据建立了交叉引用,其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。
利用序列提取系统(SRS)可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。
SWISS-PROT只接受直接测序获得的蛋白质序列,序列提交可以在其Web页面上完成。
Swiss-Port的网址为http:
//www.expasy.ch/sprot。
1.1网站简介
打开网站后可以找到如下所示部分:
在处可以查询序列。
点击后会有如下界面:
在输入区输入序列:
MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG,点击按钮可以进行查找(查找时还可以在其下方进行一系列的筛选条件控制)。
查询后会看到如下界面,在这里可以看到你进行查询的时间,查询所用时间,查找到的相关序列的数目以及相似度和其他相关信息。
没有找到数据下载的信息。
二PDB的使用方法
PDB是蛋白质结构数据库的英文简称。
PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)三维结构的数据库,是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。
随着晶体衍射技术的不断改进,结构测定的速度和精度也逐步提高。
90年代以来,随着多维核磁共振溶液构象测定方法的成熟,使那些难以结晶的蛋白质分子的结构测定成为可能。
蛋白质分子结构数据库的数据量迅速上升。
据2000年5月统计,PDB数据库中已经存放了1万2千多套原子坐标,其中大部分为蛋白质,包括多肽和病毒。
此外,还有核酸、蛋白和核酸复合物以及少量多糖分子。
近年来,核酸三维结构测定进展迅速。
PDB数据库中已经收集了800多套核酸结构数据。
PDB数据库允许用户用各种方式以及布尔逻辑组合(AND、OR和NOT)进行检索,可检索的字段包括功能类别、PDB代码、名称、作者、空间群、分辨率、来源、入库时间、分子式、参考文献、生物来源等项。
用户不仅可以得到生物大分子的各种注释、坐标、三维图形、VAML等,并能从一系列指针连接到与PDB有关的数据库,包括SCOP、CATH、Medline、ENZYME、SWISS-3DIMAGE等。
可通过FTP下载PDB数据。
所有的PDB文件均有压缩和非压缩版以适应用户传输需要。
PDB的电子公告版BBS和电子邮件兴趣小组(MailingList)为用户提供了交流经验和发布新闻的空间。
在PDB的服务器上还提供与结构生物学相关的多种免费软件如Rasmol、Mage、PDBBrowser、3DBBrower等。
其网址为http:
//www.rcsb.org/pdb/home/home.do。
2.1网站简介
打开主页后可以找到下图所示部位:
单击进入下图界面:
在“Sequence”出输入如下序列:
MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
单击可以再不查看结果得情况下知道有多少个相似序列。
单击进行搜索,查看结果。
找到结果中的一个序列如图,打开。
此时我们会看到下图的结果:
标题栏的内容依次为:
摘要、序列、注释、序列相似性、3D相似性、文献、生物及化学报告、方法、几何结构、链接。
(1)Summary
包含有PrimaryCitation(主引)、MolecularDescription(分子描述)、Source(来源)、ExternalDomainAnnotations(外部与注解,该部分只要在可以找到的情况下才会显示)几部分。
在右侧会看到下图,这是该序列的立体结构,点击图片可以查看详细信息。
在其上方会看到下面的下载项目,在此处可以进行下载。
(2)Sequence
包含有注解、偏好性、参考文献。
在注解上方可以一看到这样的部分:
点击FASTA可以下载该序列,点击Sequence&
DSSP可以查看二级结构与氨基酸序列的对应关系,点击Image可以查看二级结构图片。
(3)Annotation
包含有其他数据库的相关数据。
(4)Seq.Similaarity
序列的相似度。
(5)3DSimilarity
3D结构相似性。
(6)Literature
相关的文献信息在这里可以找到。
(7)Biol.&
Chem.
生物和化学报告。
(8)Methods
研究方法和一些相关的研究数据。
(9)Geometry
相关的几何分析数据。
(10)Links
到其他数据库的相关链接。
2.2数据下载
搜索到相关序列之后会有如下的界面:
在处可以进行单个或批量的下载。
(注:
可编辑下载,若有不当之处,请指正,谢谢!
)
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- 蛋白质 数据库 应用 swissport PPD