MEGA软件地使用文档格式.docx
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单击“OpenData〞选项,会弹出如下菜单:
浏览文件,选择要分析的数据打开,单击“打开〞按钮,会弹出如下操作界面:
此程序操作界面,提供了三种选择数据选择:
NucleotideSequences〔核苷酸序列〕、ProteinSequences〔蛋白质序列〕、PairwiseDistance〔遗传距离矩阵〕。
根据输入数据的类型,选择一种,点击“OK〞即可。
如果选择“PairwiseDistance〞,如此操作界面有所不同;
如如下图所示:
根据遗传距离矩阵的类型,如果是下三角矩阵,选择“LowerLeftMatrix〞即可;
如果是上三角矩阵,选择“UpperRightMatrix〞即可。
点击“OK〞按钮,即可导入数据。
如果是核苷酸数据,如此读完之后,会弹出如下对话框:
如上图,如果是编码蛋白质的核苷酸序列,如此选择“Yes〞按钮;
如果是不编码蛋白质的核苷酸序列,如此点击“No〞按钮。
之后,会弹出如下操作窗口:
此作界面的名称是“SequenceDataExplorer〞,在其最上方是工具栏“Data〞、“Display〞、“Highlight〞等,然后是一些数据处理方式的快捷按钮,在操作界面的左下方是每个序列的名称。
显示序列占了操作界面的绝大局部,与第一个序列一样的核苷酸用“.〞表示,发生变异的序列如此直接显示。
2、遗传距离的计算
点击Mega操作主界面的“Distances〞按钮,会弹出一个下拉菜单。
从上图易知,此菜单包括如下选项:
“ChooseModel〞〔选择模型,即选择计算遗传距离的模型〕、“putePairwise〞〔计算遗传配对差异〕、“puteOverallMean〞〔计算包括所有样本在内的平均遗传距离〕、“puteWithGroupMeans〞〔计算组内平均遗传距离〕、“puteBetweenGroupsMeans〞〔计算组间平均遗传距离〕、“puteNetBetweenGroupsMeans〞〔计算组间平均净遗传距离〕、“puteSequenceDiversity〞〔计算序列分歧度〕。
“puteSequenceDiversity〞选项包括四个子菜单:
“MeanDiversityWithinSubpopulations〞〔亚群体内部平均序列多态性〕、“MeanDiversityforEntirePopulation〞〔整个人群平均序列多态性〕、“MeanInterpopulaionalDiversity〞〔群体内部平均序列多态性〕、“CoefficientofDifferentiation〞〔遗传变异系数〕。
点击“ChooseModel〞选项,会弹出如下操作界面:
从上述操作界面可以看出,通过此对话框可以选择计算遗传距离的模型等。
“DataType〞显示数据的类型:
Nucleotide〔Coding〕〔编码蛋白质的DNA序列〕、Nucleotide〔不编码蛋白质的DNA序列〕、AminoAcid〔氨基酸序列〕。
通过“Model〞选项可以选择,计算遗传距离的距离模型。
点击“Model〞一行末端的按钮会弹出一选择栏。
如上图所示,对于非编码的核苷酸序列Mega程序提供了八种距离模型:
“NumberofDifference〞〔核苷酸差异数〕、“P-distance〞〔P距离模型〕、“Jukes-Cantor〞〔Jukes和Cantor距离模型〕、“Kimura2-Parameter〞〔Kimura双参数模型〕、“Tajima-Nei〞〔Tajima和Nei距离模型〕、“Tamura3-parameter〞〔Tamura三参数模型〕、“Tamura-Nei〞〔Tamura和Nei距离模型〕、“LogDet〔Tamurakumar〕〞〔对数行列式距离模型〕。
对于编码的核苷酸序列,其遗传距离模型如如下图所示:
如上图所示,对于编码蛋白质的DNA序列,Mega程序提供了一下几种模型:
“Nei-GojoboriMethod〞,“ModifiedNei-GojoboriMethoed〞、“Li-Wu-LuoMethod〞、“Pamilo-Bianchi-LiMethod〞、“KumarMethod〞。
其中Nei-Gojobori方法和修正的Nei-Gojobori方法都包含三种距离模型:
“NumberofDifferences〞、“P-distance〞、“Jukes-Cantor〞。
对于氨基酸序列,Mega所提供的遗传距离模型如如下图所示:
如上图所示,对于氨基酸序列,Mega程序提供了一下六种遗传距离模型:
“NumberofDifferences〞〔氨基酸差异数〕、“P-distance〞〔P距离模型〕、“PoissonCorrection〞〔泊松校正距离模型〕、“EqualInput〞〔等量输入距离模型〕、“PAMMatrix〔Dayhoff〕〞〔PAM距离矩阵模型〕、“JTTMatrix〔Jones-Taylor-Thornton〕〞〔JTT距离矩阵模型〕。
在“AnalysisPreference〞操作界面中,“PatternAmongLineages〞仅提供了一个选项:
“Same〔Homogenous〕〞“,也就是说样本之间是有一定同源性的。
“Ratesamongsites〞提供了两个选项:
“UniformRates〞和“Different〔GammaDistributed〕〞。
“UniformRates〞意味着所有序列的所有位点的进化速率是一样的。
选择“Different〔GammaDistributed〕〞,意味着序列位点之间的进化速率是不一样的,可以利用Gamma参数来校正,系统提供了四个数值可供选择:
2.0、1.0、0.5、0.25;
软件使用者也可以自行决定Gamma参数的大小。
设置完毕后,在此界面中点击“OK〞按钮,即可返回Mega操作主界面。
选择主操作界面“Distance〞中的“putePairwise〞选项,可以计算样本之间的遗传距离的大小,其操作界面如如下图所示:
“DataType〞显示数据的类型,图中为“Nucleotide〞。
“Analysis〞显示计算分分析的类型,图中为“PairwiseDistanceCalculation〞〔配对差异距离计算〕。
“pute〞显示所要运行的对象,又两个选项:
“Distanceonly〞〔仅计算遗传距离〕和“Distance&
Std.Err〞〔计算遗传距离和其标准误〕。
“IncludeSites〞显示利用哪些位点来计算,如果数据类型是不编码蛋白质的核苷酸序列,如此全部参与计算,如果是编码蛋白质的核苷酸序列,如此可以选择哪些位点〔如密码子的第2位等〕来参与运算。
“SubstitutionModel〞是替代的模型,在下边“Model〞中可以进展选择。
“SubstitutionstoInclued〞选择哪些替代类型〔如如下图所示〕被用于运算,d选项将转换和颠换全部包括在内,s选项仅包括转换,v选项仅包括颠换,R为转换和颠换的比值,L为所有有效的普通位点的个数。
“PatternamongLineages〞和“Ratesamongsites〞上文已有介绍,不再详述。
点击“pute〞按钮,即可开始计算。
其显示运算结果的界面如如下图所示:
上图是计算出的各个样本之间的遗传距离的矩阵。
在最下端的状态栏,显示的是所利用的遗传距离模型,如图中所示:
Nucleotide:
Kimura2-parameter。
“File〞按钮共有四个下拉菜单:
“ShowInputDataTitle〞〔显示输入数据的标题〕、“ShowAnalysisDescription〞〔显示分析信息的描述〕、“Export/PrintDistance〞〔输出或打印距离矩阵〕、“Quitviewer〞〔退出此操作界面〕。
“Display〞按钮共有四个下拉菜单:
“ShowPairName〞〔显示配对序列的名字〕、“SortSequence〞〔用何种方式对序列进展排序〕、“ShowNames〞〔显示序列的名字〕、“ChangeFont〞〔改变字体〕。
“SortSequence〞有两个选项:
“Original〞〔按原先输入的顺序〕和“ByName〞〔通过序列的名字〕。
点击“Average〞按钮可以计算平均的遗传距离,此按钮提供了四个下拉菜单:
“Overall〞〔所有样本之间的平均遗传距离〕、“WithinGroups〞〔组内平均遗传距离〕、“BetweenGroups〞〔组间平均遗传距离〕、“NetBetweenGroups〞〔组间平均净遗传距离〕。
在上述按钮下方还有六个按钮,如如下图所示。
点击第一个按钮可以使数据以下三角矩阵的方式显示;
点击第二个按钮可以使数据以上三角矩阵的方式显示;
选中第三个按钮可以显示配对的序列的名字,点击第四个按钮,可以减少数据小数点后的位数;
点击第五个按钮,可以增加数据小数点后的位数;
拖动第六个按钮中的小竖条可以改变数据显示的宽度。
点击“File〞下拉菜单中的“Export/PrintDistance〞选项,会弹出如如下图所示的对话框:
“OutputFormat〞选项可以确定输出数据的格式:
“Publication〞〔一般格式〕和“Mega〞〔Mega格式,把此数据保存可直接由Mega程序打开,进展构建系统发育书等遗传分析〕。
DecimalPlaces〔小数位的大小〕,“MaxEntriesperline〞〔每一行最多能显示的数据的个数〕。
通过“Matrix〞可以选择输出数据矩阵的方式:
“Lower-left〞〔下三角矩阵〕和“Upper-right〞〔上三角矩阵〕。
点击“Print/SaveMatrix〞按钮,可以输出数,会弹出如如下图所示的操作界面:
在上图中的数据和文字可以直接进展拷贝,粘贴到文本文档或MicrosoftWord文档中。
在此操作界面中,首先显示数据文件的一些信息,如数据文件的标题、总的样本个数、核苷酸替代的距离模型等。
然后是每个序列的名字,之后是序列之间的距离矩阵。
将此距离矩阵保存,可以用Mega或其他系统发育分析软件来做系统树。
点击Mega软件操作主界面的“Distances〞下拉菜单中的“puteOverallMean〞选项,可以计算所有序列的所有位点的平均遗传距离,其操作方法和界面同“putePairwise〞相仿。
其运算结果如如下图所示:
点击Mega软件操作主界面的“Distances〞下拉菜单中的“puteWithinGroupMeans〞选项,可
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