系统发育树的编辑文档格式.docx

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一、树的导入和选择

运行“Dendroscope”，点击“File→Open”，在弹出的“打开”对话框中指定要打开的树文件，点击“确定”按钮即可导入树文件。

如果一个文件中包含多棵树，可用“Tree→NextTree”和“Tree→PreviousTree”

菜单命令选择。

用“File→RecentFiles”可直接打开最近编辑过的树文件。

用“Windows→EnterTree”菜单命令可以在弹出的“Input”小窗口中直接用键盘输入一棵Newick格

式的树。

、树的编辑

1.分支的选择：

用“Select→⋯⋯”菜单命令可根据需要选择部分或全部分支。

“Select→SelectAll”：

选择全部分支和节点。

用“Select→DeselectAll”或将鼠标移到非树区域点击左键可取消全部选择。

“Select→SelectNodes”：

选择全部分支节点，包括末端分类单元；

按住“Shift”键点击鼠标左键可选

定任意数量的分支节点。

用“Select→DeselectNodes”可取消对节点的选择。

“Select→SelectEdges”：

选择全部分支；

按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支。

用“Select

→DeselectEdges”可取消对分支的选择。

“Select→SelectLabeledNodes”：

选择有标签的节点；

按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支节点。

用“Select→DeselectNodes”可取消对这些节点的选择。

“Select→SelectLabeledLeaves”：

选择树的分支末端（即树叶leaves），按住“Shift”键点击鼠标左键

可选定任意数量的分支末端。

用“Select→DeselectNodes”可取消对这些分支末端的选择。

“Select→SelectRoot”：

选择树根节点，用“Select→DeselectNodes”可取消对树根节点的选择。

“Select→SelectNon-terminal”：

选择不与分支末端相连的分支，按住“Shift”键点击鼠标左键可选定

任意数量的非末端分支。

用“Select→DeselectEdges”可取消对这些分支的选择。

“Select→InvertSelection”：

可选定与刚才的选定的对象相反的对象。

例如，先用“Select→SelectNodes”

命令选定分支节点，则用“Select→InvertSelection”命令可转而选定所有分支；

先用“Select→Select

Non-terminal”命令选定了不与分支末端相连的分支，则用“Select→InvertSelection”命令可转而选定所有

的与分支末端相连的分支；

先用“Select→SelectRoot”选定了树根节点，则用“Select→InvertSelection”命令可转而选定所有的非根节点和分支；

其余类推。

2.分支塌陷、提取子树及导入分类单元图像

“Option→Collapse”：

[Collapseselectednodes]可以使选定节点以后的分支塌陷，合并为一个关系不确定的分支群。

用“Option→Uncollapse”命令可以指定恢复塌陷的分支；

用“Option→UncollapseSubtree”

命令可以恢复选定节点以下的所有塌陷的子树。

“Option→CollapseComplement”：

[Collapsethecomplementofcurrentlyselectednodes]使当前选定节点的互补分支（即与选定节点构成单系的分支）塌陷。

用“Option→Uncollapse”命令可以指定恢复塌陷的分支；

用“Option→UncollapseSubtree”命令可以恢复选定节点以下的所有塌陷的子树。

Option→CollapseAtLevel”：

[Collapseallnodesatgivendepthintree]在指定的分支水平上使分支塌

陷；

分支水平的计算方法是从树根算起，第1个不与末端分支直接连接的分支为1级分支，1级分支之后

的不与末端分支直接连接的分支为2级分支，其余类推。

用“Option→Uncollapse”命令可以指定恢复塌陷

的分支；

“Option→ExtractSubtree”：

[Extractsthesubtreeinducedbythesetofselectednodes]提取由选定的节点集形成的子树。

“Option→LoadTaxonImages”：

[Loadtaxonimagesfromadirectory]，从指定路径导入分类单元图像（导入后若想删除，应该如何操作）。

“Option→SetImageSize”：

可设置导入的分类单元图像的高度。

“Option→ImagePosition”：

[Setlayoutofimagestothegivenpositionoflabel]调节分类单元图像在与分支末端标签（分类单元名称）的相对位置。

*在“Option→⋯⋯”菜单命令下还可生成不同要求的合一树，但一般用户不会使用该功能。

3.线条及分支末端标签（分类单元名称）的编辑

（1）一般特性的编辑

选定分支或分支末端标签，点击“Edit→Format”菜单命令（或将鼠标移到选定的对象上单击右键，

在弹出菜单中选择“EditEdgeLabel”选项），在弹出来的“Format”对话框中可编辑线条粗细（Edgewidth）、线条形状（Edgestyle）、节点大小（Nodesize）、节点形状（Nodeshape）、线条和末端标签的颜色（在调色板Swatches中调节，要选中“Linecolor”和“Labelcolor”才能调节，“Recent”小调色板记录了最近使用过的颜色，因此，只要小调色板中有需要的颜色，也可以从小调色板中选择调整）、标签的字体（Font）/字号（Size）/粗体（Bold）/斜体（Italic）甚至旋转标签（“rotatelabeleft”和“rotatelabelright”图标，要使标签恢复原来的位置，点击“View→Repositionlabels”菜单命令）。

（2）末端分支标签的查找与替换

用“Edit→Find/Replace”菜单命令可以查找指定的末端分支标签并用新的标签替换。

选定末端分支标签后单击右键，在弹出菜单中点击“EditNodeLabel”选项将弹出“Input”对话框，在“EditNodeLabel”栏内输入新的标签名称，点击“OK”按钮即可替换原来的标签。

4.系统发育树的图形布局编辑

使用“Tree→⋯⋯”菜单命令可以选择自己喜欢的或符合需要的图形布局。

5.图形的缩放与节点/线条标签的显示及隐藏。

（1）图形的放大与缩小：

点击“View→FullyContract”或“View→ZoomtoFit”菜单命令可以使树紧缩而在屏幕上显示整棵树的轮廓；

点击“View→FullyExpand”菜单命令可以使树的分类单元紧密排列

但又可以清楚浏览（程序默认的最佳显示比例）；

将鼠标移到树的区域内的任何位置，滚动鼠标滚轮可调节树的分类单元之间的间隔（即紧缩或扩展程度），以便浏览；

点击“View→UseMagnifier”菜单命令可以显示放大镜用于放大和缩小图的显示比例（放大镜以鱼眼方式显示树的分类单元之间的间隔，即屏幕中间的分类单元之间间隔最宽，两侧依次紧缩，一般情况下不必使用），再次点击该命令可以隐藏放大镜。

将鼠标移到窗口右侧的滚动条区域，滚动鼠标滚轮可以上下滚动浏览树的分支，也可直接用鼠标拖动滚动条或点击滚动条上下两端的“▲”和“▼”图标来滚动浏览。

（2）节点/线条标签的显示、隐藏及查找/替换

用“View→ShowNodeLabels”菜单命令可以显示节点标签，用“View→HideNodeLabels”可以隐藏

节点标签。

用“View→ShowEdgeWeights”或“View→ShowEdgeLabels”菜单命令可以显示线条标签，“View→HideEdgeLabels”可以隐藏线条标签。

“View→SparseLabels”：

Showsparsenon-overlappingsubsetofalllabels.

“View→RadialLabels”：

Rotatelabelstomatchdirectionsofedges.

“View→RepositionLabels”：

Resetthepositionsofalllabels.

三、树的输出

1.以文本形式保存树文件经过编辑后的树文件若想以文本形式保存，最好使用“File→SaveAs⋯”另存，以便保留系统发育分析

时生成的原始树文件供不同分析时使用。

保存时要注意选用合适的文件格式，可选“*.den”/“*.dendro”

格式或其它格式“AllFiles”。

若用“File→Export⋯”菜单命令，则可选择“Dendro”、“Newick”或“Nexus”格式。

2.以图形形式输出树文件发表论文时需要使用图形系统发育树，经过编辑后的树可通过“File→Exportimage⋯”菜单命令输出

为图形文件。

输出图形前可将鼠标移到系统发育树的区域内（见图形的缩放），通过滚动鼠标转轮将分支之间的间距调整到最佳状态，必须以矢量图格式（*.eps）输出图形，以便保证图形放大缩小时分辨率不发

生改变。

FigTree1.1.2使用说明

*该软件必须在J