Cazymes对比分析流程_精品文档Word下载.docx
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例如CHU_0868,是糖基转移酶相关的基因,但是没有显示具体的GT家族。
图4
进行BLAST,
图5
点击相关的结构域,进入另一个网页,
图6
可以看到,此基因属于GT1家族。
或是进行Pfam结构域搜索:
网址:
http:
//pfam.xfam.org/search,
输入相关基因,点击,
图7
可以看到,此基因具有GT1结构域,属于GT1家族。
分别统计glycosidehydrolase(GH)、glycosyltransferase(GT)、
polysaccharidelyase(PL)、carbohydrateEsterase(CE)。
对于glycosidehydrolase可以统计与纤维素降解和半纤维素降解相关的基因。
格式见下表。
注意:
表中标红的列为必填项目,“CharacterizedActivity”为图2中的“Descriprition”。
CAZy
Family
MYPLocus
CBMFamily
InSilicoPrediction
CharacterizedActivity
GH(74)
GH
MYP_0567
hypotheticalprotein
MYP_0581
MYP_0913
MYP_1026
MYP_1096
MYP_3811
endoglucanase
MYP_4017
xyloglucanase
MYP_4345
CBM9
beta-xylosidase/endoglucanase
MYP_4348
CBM4_9
glycerolkinase
GH1
MYP_2015
beta-galactosidase
GH2
MYP_3616
beta-mannosidase
GH3
MYP_0984
b-glucosidase
MYP_1602
MYP_1909
MYP_2588
xylosidase/arabinosidase
MYP_3067
glycosidehydrolase
MYP_4245
MYP_4961
b-N-acetylglucosaminidase
GH5
MYP_0458
Endoglucanase
MYP_2390
MYP_1753
beta-glycosidase
MYP_2157
endo-1,4-beta-mannosidase
MYP_2462
MYP_2666
MYP_3206
MYP_3455
putativecarbohydrate-activeenzyme
MYP_3567
GH8
MYP_0051
beta-glycosidase-likeprotein
MYP_1583
b-glycosidase
MYP_1794
chitinase
Chitinase
MYP_2076
MYP_2112
bifunctionalxylanase/esterase
MYP_2156
MYP_2756
chitosanase-glucanase
MYP_3325
MYP_3614
MYP_3786
MYP_4347
MYP_4354
GH9
MYP_0135
Endoglucanase-likeprotein
MYP_0327
MYP_1185
MYP_1436
MYP_1796
MYP_2099
MYP_3429
MYP_4968
MYP_2074
bifunctionalacetylxylanesterase/xylanase
MYP_2104
endoglucanase-likeprotein
MYP_3331
Xylanase
MYP_4086
GH11
MYP_2111
GH13
MYP_2299
alpha-amylase
GH15
MYP_0927
MYP_3689
glucoamylase
GH16
MYP_3454
CBM4
glycosidehydrolasefamilyprotein
MYP_4151
glycosidehydrolasefamily16
MYP_4349
Beta-glucanase
GH18
MYP_3548
GH26
MYP_4610
GH30
MYP_2082
carbohydrate-bindingfamily6protein
glucuronoxylanase
GH31
MYP_0331
a-glucosidase
GH39
MYP_0836
GH43
MYP_2103
beta-xylosidase/
alpha-L-arabinofuranosidase
alpha-L-arabinofuranosidase-likeprotein
MYP_2107
MYP_2166
multifunctionalacetylxylanesterase/b-xylosidase/a-L-arabinofuranosidase
MYP_3646
Arabinose
GH53
MYP_3037
GH57
MYP_0329
alpha-amylase
GH63
MYP_0745
MYP_2463
GH65
MYP_2960
trehalose6-phosphatephosphorylase
GH97
MYP_3104
alpha-glucosidase
GH108
MYP_0649
PL
(2)
PL3
MYP_4611
pectatelyase
MYP_4344
CE(10)
CE
MYP_1590
esterase/lipase
MYP_2110
esterase
MYP_2444
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