Circos-中文_精品文档Word文档下载推荐.doc
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learn.perl.org。
UNIXVSWINDOWS
要运行Circos,你需要Perl.Perl是一个解释性语言,这意味着你不需要去编译Circos来运行它。
Perl代码是可执行的,这涉及到解释、编译、运行。
Circos已经被设计成适合UNIX用户:
没有用户界面,文本配置和命令行工具。
Windows用户刚开始将发现有些不适应,但是相对来说很快就能熟悉。
这部分的教程包含安装,配置,和Perl模块讨论Circos使用在UNIX和Windows上的差异。
你不必去知道Perl怎么运行Circos,你只需要去熟悉:
l目录和文件的概念
l在命令行下切换目录
l在命令行下创建和删除目录
l相对路径和绝对路径的概念
不熟悉DOS命令行的Windows用户应该阅读下面的这些教程。
·
Windowscommandlinetutorial
Windowscommandlinepromptin15minutes
PERL安装
Windows用户应该不熟悉Perl。
这没什么好担心的,仅仅像是你安装过的其他应用程序一样。
你必须在DOS命令行下使用它,但是这很快就能学会。
UNIX默认是安装了Perl的,除非你的系统很古老(用perl–v去显示你的Perl版本,如果低于5.8,那么该更新了),那你已经拥有了一个最近的版本。
Windows用户应该安装
StrawberryPerl
或者
ActiveStatePerl。
两者都有包管理器它可以帮助你安装,更新和卸载模块。
如何可能的话,使用管理器去取代CPANshell来安装模块。
细节可以去用看
PerlandModulessection。
CIRCOS安装
UNIX用户可以用tar来解压Circos(比如tarxvfzcircos-0.54.tar.gz)。
Windows用户应该使用Windows内置的解压软件或者免费的工具像7-Zip或者其他的WinRAR或者WinZip来解压。
你将需要首先将文件解压成.tar,再抽取其中的文件。
Circos安装的细节在
DistributionandInstallation
部分。
在命令行中,你需要去想下面的参数来运行perl和使用circos脚本
perlbin\circos-conftutorials\2\2\circos.conf
Windows可能不知道该去如何处理bin\circos
文件
Circos教程在一个分开的包里你需要去另外下载。
路径分隔符
Windows使用
\
作为目录分隔符,但是UNIX使用
/。
在教程中将使用UNIX的习惯。
所以当你看到下面的格式:
tutorials/2/2/circos.conf
配置
因为UNIX和Windows的目录结构不一样,所以你可能需要去调整教程例子的输出路径。
例如,在UNIX上/tmp被用作一个临时目录(可以创建临时文件比如教程图片)。
在Windows上这种目录是不存在的。
你可以用-outputdir
和
-outputfile
参数来重新定义输出的目录和文件。
#在windows上可以这样执行
perlbin\circos-conftutorials\2\2\circos.conf-outputdir.-outputfiletutorial_image.png
细节可以看
RuntimeParameterssection。
批处理文件
在有些工具和教程的目录中你将发现UNIX批处理文件,比如下面的这样:
#tools/tableviewer/makeimage
#!
/bin/bash
...
catsamples/table-$n.txt|bin/parse-table-confsamples/parse-table-$n.conf|bin/make-conf-dirdata
这是使用BASHshell写的不能在Windows上运行。
你可以去安装个Cygwin来运行UNIXshell。
1.2DISTRIBUTIONDIRECTORYSTRUCTUREANDINSTALLATION
在UNIX上检查Perl
对于UNIX和MacOSX用户来说,Perl作为一个基本的安装程序在系统上已经安装好了。
去检查这个,你可以在终端运行下面的这个命令
>
whichperl
如果你安装了perl并且执行目录在PATH下,那么将返回这样的结果。
/usr/bin/perl
或者
/usr/local/bin/perl
或者其他位置,这依赖于你的安装。
如果which没有返回任何结果,那你可能没有安装likely
检查已经安装的perl的版本:
perl-v
Thisisperl,v5.10.0builtfor...
在WINDOWS上检查PERL
如果你运行windows,那么你可能没有安装perl,perl的安装在
PerlandModules
C:
安装perl模块
即使你已经有了Perl,你将需要一些额外的模块去运行Circos。
安装circos
要去大致了解安装过程和UNIX与Windows上的不同,请参考
UNIXvsWindowssection。
首先下载Circos(downloadCircos)。
内容描述如下:
在UNIX上安装CIRCOS
在UNIX系统上,用tar工具去抽取Circos文件。
tarxvfzcircos-x.xx.tgz
cdcircos-x.xx
到了这一步,你可以去运行Circos测试下
bin/circos-man
你应该得到一个帮助手册页面,另一方面,如果你得到像下面的错误:
-bash:
/bin/env:
Nosuchfileordirectory
在你系统上env这个二进制文件的位置不是一个标准的位置(例如MacOSX)。
到这里你需要在文件中或者系统中去做适当的调整。
首先检查你的env文件在哪。
whichenv
/usr/bin/env
现在要么把bin和tools/*/bin下面所有脚本的第一行改成
/usr/bin/envperl
或者更好的方法是做个链接
/usr/bin/env
到
/bin/env
sudosu
cd/bin
ln-s/usr/bin/envenv
在WINDOWS上安装CIRCOS
你不需要去移动或者编辑任何文件。
去运行Circos,你需要去调用perl和使用命令行将circos脚本作为参数传递给perl。
perlC:
\path\to\circos\bin\circos[anycommand-lineparameters]
任何时候你看到下面这种格式去运行脚本:
tools/bin/binlinks...
用这种方式代替
perltools\bin\binlinks...
同样要注意在UNIX文件路径用/最为文件分隔符(例如
/bin/env)在Windows上用\(像
\perl\bin\perl)。
circos内容
当你下载和解压了Circos,你将得到下面的目录结构:
circos-x.xx
CHANGES
README
TODO
bin/
etc/
fonts/
lib/
tiles/
tools/
教程内容如下:
data/
tutorials/
BIN/
Circos脚本就在这个目录。
Circos是用perl写的并且是作为一个单独的可执行程序(bin/circos)。
DATA/
这个路径包含大量的数据文件,这些是教程所需要的。
大部分这些数据文件是解析过的
UCSCGenomeViewerTableBrowser的输出。
下部分数据文件时包括一些随机产生的数据。
ETC/
Circos全局配置文件在这里,想colors.conf和fonts.conf。
这些文件是被导入到其他配置文件(像教程中的配置文件)。
颜色和字体配置文件在ConfigurationFilesection有描述。
教程配置文件在
tutorials/
。
FONTS/
Circos使用TTF。
这些字体在etc/fonts.conf中有描述。
Circos只支持TTF而不支持Postscript或者OTF。
LIB/
代码库,这个你不用去看它。
TILES/
磁贴填充。
在教程的8.15有讲解。
TOOLS/
各种帮助工具来为Circos进行操作(像连接的计数用binlinks)和解析data(想tab格式的可视化用)。
TUTORIALS/
教程是单独的作为Circos的文档。
每个教程都将图像和对应的配置文件关联起来。
教程是按组和章节组织的。
每个组展示了circos的一些特征,并且每个独立的章节展示了配置文件的语法与特别的特征集。
...
2/
1/
2/
circos.conf
ticks.conf
ideogram.conf
3/
...
不是所有的教程有
.conf
文件。
有些教程,像
Configuration描述一些内容(像关于circos的分布,配置语法,数据文件等),但是没有一些举例的图像所以也没用.conf文件
所有的教程配置文件将
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