OLEX高级使用教程拓扑螺旋轴画通道.ppt

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,OLEX软件使用小结,一般文件cif,res,cry的打开方法,mercury,OLEX,xp，wingx（Platon）等软件,用途一OLEX软件进行拓扑分析,打开res文件的软件mercury,OLEX,xp，wingx,要使整个结构进一步拓展的话，游离的客体分子可以删去，删减原子一定要在BS状态下。

根据a,b,c的轴长选择合适的数字,再点Fragments按钮下拉框,选generate钮,出现如上图勾上linkchangeAfrom最后边一个数可以选大点（如3or4）也可以选上removehydrogens-OK,再点network-constructnet出现如上图,再点structure-hidebond出现如上图,对软件得到的初步分析进行进一步化简。

进行拓扑分析时，要注意把给出的拓扑图不必要的键删除，使简化合理。

点击EvulateTopology。

建立一个新的文本文档或者Word文档，点击右键粘贴。

得到如上图所示的文件。

对于有穿插结构拓扑图都出来了,几重穿插呢?

再点showstructurenavigator（像一本摊开的书的形状的那个按钮）再看框里头atoms:

之后的数字,如果数字相近且都很大的,就都选上,数字小的不要选,选上几个就说明有几重穿插）,从结构里先选一个键再点fragments-properties-出现上图;再monochromatic处选一种自己喜欢的颜色,除了原来的红色还有粉红色的了-再从没有选过的键中再选一个键,如上方法,给其选另一种颜色,从上图中可以看出有三种颜色,就知道是三重穿插了。

对原子标注的修改方法,所得文件的保存类型（类型一软件打开模式：

cry，res等）（类型二图形文件：

jpg，bmp等）,文件保存类型（cry，res，ins）,文件输出类型（jpg，Bmp等）,用途二OLEX软件画螺旋轴及通道示意图,沿不同的轴向选择合适的片段,沿不同的轴向选择合适的片段,画图重点-添加中心记录中心原子坐标-转180,方法相同,双击添加的中心原子，进行命名。

不要与文件中原子重名。

保存文件-res,把res文件用记事本打开，添加原子名称，个数，及坐标。

原子坐标添加方法如下，完毕后保存。

用OLEX打开保存的res文件,修改分子间距，使添加的两个原子连接起来,结果如下图所示，通过改变原子和键的大小，得到合适的比例,结果保存为cry和jpg格式,如何添加通道？

方法与添加螺旋轴类似,记录添加原子坐标保存为res格式,把res文件用记事本打开，添加原子名称，个数，及坐标。

为了使构筑通道，我们必须添加多个原子，通过添加更多的均一的原子坐标，方法与前面类似，再调节原子大小，得到所需的图片。