中药色谱指纹图谱相似度评价系统A版系统帮助AWord文档下载推荐.docx
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中药色谱指纹图谱相似度评价系统A版系统帮助AWord文档下载推荐.docx
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(1).最低配置:
CPU主频533MHz以上,内存64M,硬盘剩余最小空间100M,操作系统Windows98以上,屏幕分辨率800×
600。
(2).推荐配置:
PVI以上CPU,内存128M,硬盘空间20G,操作系统Windows2000以上,屏幕分辨率1024×
768
二.安装方法
点击setup.exe后,进入安装程序,如果无其他特殊需要,可以直接点击下一步至安装结束。
图1
三.功能
本软件系统包括文件导入,数据库管理,谱图处理,分析检验和帮助等功能。
安装完本系统后,运行“中药色谱指纹图谱相似度评价系统”执行程序,进入登陆界面(图2),这时需要用户输入用户名和相应的密码(现暂无设置密码)。
点击确定进入启动界面(图3),三秒钟后自动进入本系统运行主界面。
若用户不想在启动界面等待三秒钟,可以直接点击启动界面(图3),这样可以快速进入系统主界面(图4)
图2
图3
图4系统主界面
系统主界面中(图4),文件信息区(即图谱列表)显示样本编号(如(S1))及文件的路径名称等信息,绘图区显示相应的色谱指纹图谱和样本的编号(如(S12))。
1文件打开
(1)打开文件(全谱导入)(图5):
图5
本系统支持三种格式文件的导入:
AIA(即*.cdf)文件,文本文件(*.txt)和Scp(*.Scp)格式文件的导入(图5)。
建议采用通用的AIA(*.cdf)格式文件导入。
注意AIA(*.cdf)文件中应包含样本图谱的峰面积信息,在色谱工作站导出AIA(*.cdf)文件前应现进行积分。
否则导出的AIA(*.cdf)文件可能因不包含峰面积信息而无法导入。
为了方便用户的使用,附录中给出了主要色谱工作站的(AGILENT,WATERS,和SHIMADZU)AIA(*.cdf)数据格式的文件导出介绍。
文本文件(*.txt)的导入需要采用特殊的格式,可以参考本系统导出的文本文件格式。
Scp(*.Scp,即StandardChromatographicProject的简写)是本系统为生成的对照图谱的导入提供的一种特殊的文件格式。
(2)导出文件(保存图谱)
本系统支持将导入的图谱数据文件以文本文件(*.txt)导出保存(图6)。
图6
(3)导出图象
将导入绘制的色谱图谱可以图象形式存放,文件格式为*.bmp(图7)。
图7
(4)图谱删除
本系统提供谱图删除功能(图8)。
可以选中某一图谱删除(“删除当前图谱”功能),也可将导入的图谱全部删除(“清除所有图谱数据”)。
在文件信息区选中某一样本图谱,然后在文件菜单栏中点击“删除当前图谱”,即可将选中的样本图谱删除。
若点击“清除所有图谱数据”,所有样本图谱全部删除。
图8
2数据库功能:
数据库管理包括药材信息建档(图9)、制剂信息建档(图10)和参照图谱建档功能(图11),便于用户信息管理。
图9
图10
图11
3谱图处理:
(1)数据剪切
数据剪切功能可使用户选择一定时间范围内的色谱数据进行匹配。
点击“谱图处理”中的“数据剪切”功能,系统会提示用户是否需要恢复原始数据,点击确定后进入“数据剪切”功能对话框,如图(12):
图12数据剪切功能对话框
通过该对话框用户可以剪切样本图谱起始阶段的溶剂峰,也可剪切样本图谱尾部阶段的“杂峰”。
在对话框中输入剪切溶剂峰的“终止时间”(系统默认为5分钟)和尾部剪切的“起始时间”(系统默认为60分钟),可以将所有样本在剪切溶剂峰的“终止时间”前和尾部剪切的“起始时间”后的图谱数据剪切掉。
(2)放大和缩小
本系统提供了两种图谱放大和缩小功能。
一种为“信号放大一倍和缩小一倍”(图13),另一种为信号的直接拖放放大。
这里只介绍“信号放大一倍和缩小一倍”功能。
“信号放大一倍和缩小一倍功能”使得当前显示图谱的沿y轴方向成比例放大和缩小一倍,便于用户观察图谱信号的整体概貌和细节部分。
连续点击“信号放大一倍”两次,即将原始图谱沿y轴方向放大四倍。
图13谱图处理包含的功能
(3)色谱峰匹配
色谱峰匹配包括指定参照峰,指定基准峰和自动匹配。
下面逐一介绍:
指定参照图谱:
用户可以任意选择一条色谱图谱作为指定参照图谱。
点击“谱图处理”“色谱峰匹配”中的“指定参照图谱”,弹出如图14所示的对话框,选择参照图谱编号“确定“后即可将该编号对应的图谱指定为参照图谱。
图谱颜色变为红色,以区别于其他图谱。
在此对话框中还提供了“对照图谱的生成方法”和“时间窗宽度”的参数设置。
“对照图谱的生成方法”(详见“3谱图处理中(4)生成对照图谱、单独显示对照图谱及导出对照图谱”),这里只介绍“时间窗宽度”的参数设置。
时间窗宽度是指相对于参照图谱峰位置的可选保留时间范围,其单位根据横坐标轴的单位而定(这里是分钟)。
时间窗宽度越大,可选的时间范围就越大。
在色谱峰匹配时,选择一个合适的时间窗宽度是非常重要的。
一般情况下,时间窗宽度在较小范围内变化(如0.1-0.5),自动匹配结果变化较大。
时间窗宽度在较大范围内变化(如0.5-1.5),自动匹配结果比较稳定。
建议:
先在一定范围内逐渐增加时间窗宽度(如0.1-1.0),然后观察匹配结果(可以通过相似度的计算结果确定)。
若时间窗宽度增加到一定数值后,匹配结果比较稳定(相似度计算结果稳定),这时对应的时间窗宽度参数较为适合。
图14参数设置对话框
多点校正(即设置匹配点或设置Mark峰):
系统支持“多点校正”功能。
点击“谱图处理”“色谱峰匹配”中的“多点校正”(或直接点击状态栏中的“多点校正”按钮),系统进入“多点校正”模式,这时鼠标变成“+”。
用户根据需要直接在图谱上设置匹配点(匹配点数不限,设置后的匹配点为红色点表示,详见图36和37)进行多点校正。
若设置结果不满意,可以再次点击设置的匹配点即可取消已设置的匹配点。
为了使用户尽快找到色谱峰的峰位置,进行匹配点的设置,可以点击“谱图处理”中的“显示色谱峰”(详见“3谱图处理中(5)显示色谱峰”,图20),这样所有样本图谱的所有色谱峰全部显示出来。
样本图谱数量较多时,有些峰面积较大峰的设置较为不变;
或者所有样本图谱匹配点设置完毕,但又觉得某些样本图谱匹配点的设置不够理想,这时可以采用“单谱显示”模式(详见工具栏中“单谱显示”按钮),逐个图谱进行设置和修正。
若对所有样本图谱设置的匹配点(Mark峰)不满意,希望重新设置,可以通过以下两种方法实现:
①直接点击右键,弹出对话框(图15)
图15
点击“确定”后即可取消所有样本图谱已经设置的匹配点,然后再重新设置。
②点击工具栏中“数据恢复”按钮(图16),
图16
点击“是”后,样本图谱恢复到匹配点设置以前的状态。
自动匹配:
本系统提供自动匹配功能,可实现色谱峰的自动匹配。
自动匹配时,需要用户设置时间窗宽度,系统默认值为0.1(图14)。
用户可以调节此参数以调整色谱峰的匹配结果。
图17自动匹配结果
匹配结果以蓝色虚线将匹配的色谱峰联接起来表示(见图17)。
用户也可点击工具栏中“匹配数据”按钮,直接观察样本图谱的匹配结果(详见6工具栏中的“匹配数据”按钮介绍)。
一般情况下,若导入的样本图谱视觉上排列整齐,较为相似,可以直接进行自动匹配。
(4)生成对照图谱、单独显示对照图谱及导出对照图谱
对照图谱的生成需要先进行谱峰匹配然后才能生成对照图谱。
其生成方法包括均值法和中位数法。
用户可以根据需要选择合适的方法生成对照图谱(可以在图14所示的对话框中选择方法。
生成对照图谱的编号为R见图18中图谱),并可单独显示(点击“谱图处理”中的“单独显示对照图谱”,见图19),便于用户观察。
生成的对照图谱以特殊格式导出(对照图谱不能在“文件”菜单中以“导出文件”导出,必须以图13所示菜单中“导出对照图谱”)。
对于注射剂建议采用均值法产生对照指纹图谱;
对于中药材,建议采用中位数法产生对照指纹图谱。
图18
图19对照图谱的单独显示
(5)显示色谱峰
“显示图谱峰”功能使绘图区的样本图谱的色谱峰以点标记的方式显示出来(如图20),便于用户设置匹配点和观察分析。
图20
(6)着色当前谱图和随机着色谱图:
用户根据需要可以选择某一图谱进行着色,也可对图谱进行随机着色(图13)。
4分析检验:
(1)相似度计算:
对照图谱生成后,用户通过“相似度计算”功能进行色谱图谱样本与对照图谱的相似度评价。
评价结果以表格形式显示,并可保存,或将结果拷贝到剪贴板上,再粘贴到Excel表格中以方便用户使用(图21和22)。
图21
图22相似度计算结果
(2)打印报告:
用户通过“打印报告”功能将分析结果打印出来(图21)。
打印报告中包括报表信息输入(图23)和分析报告两部分(图24和25)。
其中分析报告包括原始指纹图谱,匹配后图谱和相似度评价结果。
图23
图24
图25
5帮助
为方便用户使用,本系统提供简洁完整的联机帮助。
6工具栏按钮简介:
工具栏按钮如图所示(图26)。
其中大部分按钮的功能在前面已经介绍过,不再赘述。
这里将重点介绍“数据恢复”,“匹配数据”,“图谱间距”和“单谱显示”功能。
(1)数据恢复
“数据恢复”功能是使当前处理结果恢复到图谱数据刚刚导入的状态。
(2)匹配数据:
“匹配数据”按钮可使用户直接观察峰匹配的结果(图27)。
图27匹配数据结果
在匹配结果中,共有峰(白色)和非共有峰(灰色)以不同颜色表示,便于用户观察。
匹配结果也可保存为文本文件,或拷贝到剪贴板上,再粘贴到Excel表格中以方便用户使用(类似于“相似度计算”结果)。
(3)图谱间距
“图谱间距”可以调节绘制图谱间的距离,便于用户观察和分析。
点击工具栏上“图谱间距”按钮,弹出“设置谱图间距”对话框(图28),输入相应数值以调整谱图间距。
图28
(4)单峰显示
“单峰显示”可使选中的图谱单个显示,便于用户观察和分析单个样本图谱。
四卸载
可以采用本系统提供的卸载程序进行卸载。
也可在控制面板中,采用添加/删除程序卸载本程序。
五应用实例
为方便用户快速掌握本系统,我们以一例子加以介绍。
例:
对获取的色谱指纹图谱建立对照图谱,进行相似度评价,并打印报告。
基本流程图如下(图29):
图29
1样本图谱数据导入(AIA格式(*.cdf),图30和31)
图31
图32
2设参照图谱(图33)
图34
3自动匹配
图35自动匹配结果
4多点校正
图36多点校正设定
图37多点校正后自动匹配结果(图谱)
图38匹配数据结果
5对照图谱生成
图39
6相似度计算结果
图40
7打印报告
图41
图42
附录1:
常用色谱工作站AIA(*.cdf)格式文件的
- 配套讲稿:
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- 特殊限制:
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