最大简约法PAUP4 系统发育树Word文件下载.docx
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open>
chooseNEXUSfile3.Execute
如下图:
4.Analysis>
Heuristicsearch
5.StepwiseAddition>
random>
#reps:
100
6.BranchSwapping>
Stopsearchafter"
60seconds"
>
check"
Savemultipletrees"
7.Crick"
OK"
8.Howtofindthebesttreefromequallyparsimonioustrees
8.1Trees>
Treescores>
Likelihood
8.2.CrickTopologytest(SH,KH)
8.3.Choose“Kishino-Hasegawatest”>
Crick"
&
"
8.4.Treeno.1waschosenasthebesttree
9.Howtosavethebesttree9.1.Trees>
Print/Viewtrees
9.2.Choosethebesttree(Examplethefirsttree)>
Rooting"
9.3.DefineOutgroup
9.4.Chooseoutgrouptaxa>
OK
9.5."
SavethistreeasPDF"
9.6.Trees>
Savetreestofile9.7.Trees>
DescribeTreesCalculateCI,RI,RCvalues
9.8.Edit>
EditDisplayBufferFiles>
SaveDisplayBuffer9.9.ClosePAUP
B.Bootstrapanalysis
1.OpenPAUP>
Openthealignmentfile
Execute
2.Analysis>
Bootstrap/Jackknife
3.Crick"
Continue"
4.SetMaxTrees
SetMaxtreeno.as1000or100(Thisdependsonthesizeofalignment)
Crick"
Leaveunchanged,anddon'
tprompt
5.Crick"
Search"
Waituntilfinishingbootstrapanalysis
6.Trees>
Print/ViewBootstrapConsensus
7.Chooseoutgrouptaxa>
OK"
8.Edit>
EditDisplayBuffer9.Files>
SaveDisplayBuffer10.ClosePAUP
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