Checkcif所有检测内容汇总及解释Word文档下载推荐.doc
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警告详解:
精修中使用了DFIX等距离限制命令,可以在cif文件中_atom_site_refinement_flags_posn上读出,该位上是D则表示被限制。
解决方法:
一般无需解决,限制命令有合理解释即可。
去掉一些非必要的限制可以消除。
PLAT003Type_2Reportnumberofnon-HatomswithUisoorUijrestraints
003_ALERT_2_GNumberofUisoorUijRestrainednon-HAtoms
ThisALERTreportsthenumberofnon-HatomsthatareflaggedashandledwithUisoorUijrestraints(U-Flag).
警告原因:
精修中使用了DELU等温度因子限制命令,可以在cif文件中_atom_site_refinement_flags_adp上读出,该位上是U则表示被限制。
PLAT004Type_5ReportDimensionalityofpolymer
004_ALERT_5_GPolymericStructureFoundwithDimension
ThisALERTreportsonpolymericnetworksandtheirdimensionalityasfoundinthecrystalstructure.Note:
Polymericstructurescanbelegitimateorduetoanerroneousstructureanalysis.
结构中存在多维结构。
一般无需解决,有合理解释即可。
需要注意检查是否有不正确的成键。
PLAT005Type_5Checkforrefinementinstructionfile
005_ALERT_5_GNo_iucr_refine_instructions_detailsintheCIF
No'
refinementdetails'
recordwasfound.ActaCryst.requirestheinclusionofthelastshelxl.resfile(incaseofaSHELXLorXLrefinement)intheCIFembeddedbetweenrecordswithsemicolonsinposition1,precededbyan_iucr_refine_instructions_details'
record.Note:
SHELXL2014willautomaticallyincludethefinal.resasanembeddedcommentwiththedataname'
_shelx_res_file'
.
cif文件中缺少res文件。
使用ShelXL2014进行精修可以自动将res文件加入到cif文件中。
PLAT006Type_5CheckforExtinctionparameterrefinement
ThisALERTreportstherefinementofanextinctionparameter.SHELXLcorrectsFobsvaluesintheFCFforExtinction.JANAnot.
精修中采用了消光精修(EXTI)。
需要注意检查消光系数是否有意义,即值远大于误差。
PLAT007Type_5ReportonunrefinedD-Hatoms
007_ALERT_5_GNumberofUnrefinedDonor-HAtoms
ItisstandardpracticetorefineHydrogenatomsonheteroatomsasproofoftheircorrectassignment.
有氢键供体原子进行了限制性精修。
去掉AFIX命令,将供体原子上的氢坐标照自由变量精修。
PLAT011Type_1TestforanyATOMSfoundinCIF
NoatomcoordinatesweredetectedintheCIFpriortotheU(i,j)loop.
cif文件中没有任何原子的信息。
一般不会出现,除非是只拟合晶胞参数。
如果误操作删除了原子信息,只需要从新精修生成cif文件即可。
PLAT012Type_1Checkfor_shelx_res_checksum
TheCIFcontainsa_shelx_res_filerecordbutnotanassociate_shelx_res_checksumrecord.
cif文件中包含_shelx_res_file记录,即res文件的内容,但是缺少_shelx_res_checksum这一信息。
一般不会出现,如果误操作删除了checksum信息,只需要从新精修生成cif文件即可。
PLAT013Type_1Checkfor_shelx_hkl_checksum
TheCIFcontainsa_shelx_hkl_filerecordbutnotanassociate_shelx_hkl_checksumrecord.
cif文件中包含_shelx_hkl_file记录,即hkl文件的内容,但是缺少_shelx_hkl_checksum这一信息。
PLAT014Type_1Checkfor_shelxl_fab_checksum
TheCIFcontainsa_shelx_fab_filerecordbutnotanassociate_shelx_fab_checksumrecord.
cif文件中包含_shelx_fab_file记录,即fab文件的内容,但是缺少_shelx_hkl_checksum这一信息。
PLAT015Type_5Checkforrefinementreflectionsdetails(SHELXL20xy)
NoembeddedreflectionrecordwasfoundintheCIFfilethatwascreatedwithSHELXL20xy(orXL).SHELXL20xyautomaticallyincludesthe'
.hkl'
filethatwasusedintherefinement(alongwiththefinal'
.res'
file)asanembeddedcommentwiththedataname'
_shelx_hkl_file'
.Donotchangethisdatanamein_iucr_refine_reflections_details.Sucharecordisusefulforarchivalandfollow-upcalculations.
cif文件中未包含hkl和res文件信息,这些对审稿和后续修正是十分有用的,建议将hkl和res文件包含进cif文件中。
使用shelXL2014进行精修,程序会自动把hkl文件和ins文件加入到cif文件中。
(如果使用OLEX2的话,在Report里选择IgnoreHKL/RES即可)
PLAT016Type_5CheckforrefinementFABfile(SHELXL20xy)
Noembedded.fabrecordwasfoundintheCIFfilethatwascreatedwithSHELXL20xy(orXL).SHELXL20xyautomaticallyincludesthe'
.fab'
filethatwasusedintherefinement(alongwiththefinal'
&
'
files)asanembeddedcommentwiththedataname'
_shelx_fab_file'
.Donotchangethisdataname.Sucharecordisusefulforarchivalandfollow-upcalculations.
cif文件中未包含fab文件信息,这对审稿和后续修正是十分有用的,建议将fab文件包含进cif文件中。
(fab文件在SQUEEZE里使用较多)
PLAT017Type_1ChecktheConsistencyofScatteringType
Checkforthecorrectscatteringtypeassignmenttothisatom.
检查原子的散射类型是否正确。
一般不会出现,注意区分是中子衍射还是X射线衍射即可。
PLAT018Type_1Check_diffrn_measured_fraction_theta_maxandfullidentical
_diffrn_measured_fraction_theta_max.NE._full.Thereportedvalueof_diffrn_measured_fraction_theta_fullisnotequaltothereportedvalueof_diffrn_measured_frac
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