生物信息学实验核酸序列分析.docx
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生物信息学实验核酸序列分析
核酸序列分析
【实验目的】
1、掌握核酸序列检索的基本步骤;
2、熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析(内含子/外显子分析);
3、掌握使用DNAclub软件进行核酸序列的基本分析;
【实验内容】
1、使用Entrez信息查询系统检索人瘦素(leptin)的mRNA、基因组DNA、外显子等核酸序列,连接提取该序列内容,阅读序列格式的解释,理解其含义;
2、使用DNAclub对上述核酸序列进行分析’
3、使用DNAclub软件对人瘦素(leptin)的mRNA序列进行可读框架分析;
4、使用NCBI查询系统进行人瘦素(leptin)的基因组序列分析
【实验方法】
1、调用Internet浏览器,并在其地址栏输入Entrez网址:
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez;
2、在Search后的选择栏中选择nucleotide;
3、在输入栏输入homosapiensleptin;
4、点击go后显示与LEP相关的序列信息,
5、查找人leptin的mRNA或基因,点击序列接受号后显示序列详细信息;
6、将序列转为FASTA格式保存
7、将上述核酸序列输入DNAClub软件进行序列基本分析(反向或互补序列转换,开放阅读框寻找,序列翻译,酶切位点查找);
8、根据基因定位信息查找人瘦素的基因组DNA(Contig)的序列接受号及序列识别号,点击序列接受号显示序列详细信息;
9、分析人瘦素(leptin)的基因组序列;查找外显子与内含子序列。
【作业】
1、归纳对人瘦素(leptin)的核酸序列分析的结果,列出主要的分析结果;
2、写出人leptinmRNA序列酶切位点3个。
ORIGIN
1gtaggaatcgcagcgccagcggttgcaaggtaaggccccggcgcgctccttcctccttct
61ctgctggtctttcttggcaggccacagggccccacacaactctggatcccggggaaactg
121agtcaggagggatgcagggcggatggcttagttctggactatgatagctttgtaccgagt
......
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10741aatgcattggggaaccctgtgcggattcttgtggctttggccctatcttttctatgtcca
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10861caggatcaatgacatttcacacacggtaaggagagtatgcggggacaaagtagaactgca
10921gccagcccagcactggctcctagtggcactggacccagatagtccaagaaacatttattg
......
13021aggcagcccagagaatgaccctccatgcccacggggaaggcagagggctctgagagcgat
13081tcctcccacatgctgagcacttgttctccctcttcctcctgcatagcagtcagtctcctc
13141caaacagaaagtcaccggtttggacttcattcctgggctccaccccatcctgaccttatc
13201caagatggaccagacactggcagtctaccaacagatcctcaccagtatgccttccagaaa
13261cgtgatccaaatatccaacgacctggagaacctccgggatcttcttcacgtgctggcctt
13321ctctaagagctgccacttgccctgggccagtggcctggagaccttggacagcctgggggg
13381tgtcctggaagcttcaggctactccacagaggtggtggccctgagcaggctgcaggggtc
13441tctgcaggacatgctgtggcagctggacctcagccctgggtgctgaggccttgaaggtca
13501ctcttcctgcaaggactacgttaagggaaggaactctggcttccaggtatctccaggatt
......
16081cactagatggcgagcatcctggccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaacacaaa
16141agttagctgagcgtggtggcgggcgcctgtagtcccagccactcgggaggctgagacagg
16201agaatcgcttaaacctgggaggcggagagtacagtgagccaagatcgcgccactgcactc
16261cggcctgatgacagagcgagattccgtcttaaaaaaaaaaaaaaaaaagtttgtttttaa
16321aaaaatctaaataaaataactttgccccctgc
在genbank查询到有关leptin基因的资料,阅读资料回答以下问题:
在genbank的登录号是哪个?
属于leptin的哪一种分子类型?
来源于什么物种?
该基因在染色体上的定位情况?
Leptin基因有几个外显子,几个内含子?
哪一段是ORF区域,其编码的蛋白质检索号是哪个,编码的蛋白质包含多少氨基酸,信号肽、成熟肽序列分别为哪一段,
LOCUSNM_0002303444bpmRNAlinearPRI13-DEC-2009
DEFINITIONHomosapiensleptin(LEP),mRNA.
SOURCEHomosapiens(human)
source1..3444
/organism="Homosapiens"
/mol_type="mRNA"
/chromosome="7"
/map="7q31.3"
gene1..3444
/gene="LEP"
/db_xref="GeneID:
3952"
exon1..29
/number=1
exon30..201
/number=2
CDS58..561
/product="leptinprecursor"
/protein_id="NP_000221.1"
sig_peptide58..120
mat_peptide121..558
exon202..3427
/number=3
LOCUSNC_00000716352bpDNAlinearCON10-JUN-2009
DEFINITIONHomosapienschromosome7,GRCh37primaryreferenceassembly.
ACCESSIONNC_000007REGION:
127881331..127897682GPC_000000031
SOURCEHomosapiens(human)
FEATURESLocation/Qualifiers
source1..16352
/organism="Homosapiens"
/mol_type="genomicDNA"
/db_xref="taxon:
9606"
/chromosome="7"
gene1..16352
/gene="LEP"
/note="Derivedbyautomatedcomputationalanalysisusing
genepredictionmethod:
BestRefseq."
/db_xref="GeneID:
3952"
mRNAjoin(1..29,10714..10885,13127..16352)
/product="leptin"
/note="Derivedbyautomatedcomputationalanalysisusing
genepredictionmethod:
BestRefseq."
/transcript_id="NM_000230.2"
/db_xref="GeneID:
3952"
CDSjoin(10742..10885,13127..13486)
/note="Derivedbyautomatedcomputationalanalysisusing
genepredictionmethod:
BestRefseq."
/codon_start=1
/product="leptinprecursor"
/protein_id="NP_000221.1"
/db_xref="GeneID:
3952"
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