生物信息学.docx
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生物信息学
《生物信息学》
考核形式:
考查(2010-2011学年第一学期)
姓名:
王建磊学号:
2008128128成绩:
一、关于NCBI数据库使用(30分)
1.NCBI数据库检索查找序列编号accessionnumber为EF575641.1,EF575640.1,EF575639.1,EF575638.1,EF575637.1,EF575636.1,EF575635.1,EF575634.1,EF575633.1,EF575632.1,EF575630.1,EF575629.1,EF575628.1,EF575627.1,EF575626.1,EF575625.1,EF575624.1,的基因。
打开任何一个序列,另存为FASTA格式,过程截屏存为word文档。
(10分)
操作过程:
1.打开NCBI主页:
2.在搜索栏输入EF575637.1,并将上面的搜索下拉菜单调到Gene,点击search:
3.找到RelatedSequences,并找到mRNAEF575637.1单击打开,
4.点击send,开始下载并保存fasta格式:
5.结束。
2.将该序列提交GenBank进行BLAST完成序列在GenBank中的对比,将结果的每一部分以截屏的页面保存至word文档。
并注明每一部分说明什么(20分)。
操作过程:
1.在刚才的界面右侧直接单击RunBlast.
2.下拉找到BLAST,并选中showresultsinanewwindow:
3.单击BLAST:
4.点击各个项目可见一下结果:
5.
QueryID:
查询序列描述项Description;序列的描述,QueryLength:
查询序列的碱基数量,DatabaseName:
数据库种类,下面是数据库的描述,在下面则表示软件版本号。
6.
此结果说明在这个序列上面有629个BLAST位点。
7.
这是关于此结果的简单描述:
有总成绩,期望值还有匹配度以及来源等:
8.以下则是关于这段序列具体的Alignments:
9.下面针对一个BLAST进行说明:
Score表示序列对其分值,Identities两条序列一致性比例,Strand=Plus/Plus两条核酸序列对齐时的方向,Gaps两个序列对齐时插入空位的比例。
此段说明了基因的名称,来源以及于EF575637.1的匹配度,由结果可以看出,匹配度为100%,空缺为0%。
10.结束。
二、关于DNAMAN的使用(40分)
1.对第一题中的任意三个序列进行序列对比。
要求通过上机操作会使用基本的序列导入,双重及多重序列对比,序列分析,过程截屏。
(15分)
操作过程1.打开NCBI,另选取两个序列编号(EF575636.1,EF575638.1)查找并下载保存为BLAST格式:
2.打开DANMAN分别将三个序列导入1(EF575636.1)、2(EF575637.1)、3(EF575638.1)通道:
3.进行双重序列对比:
通道一和通道二对比:
4.通道二和通道三的对比:
5.通道一和通道三的对比:
6.三个序列的对比即多重序列的对比:
图中的深蓝色的表示三个序列的碱基一致,而浅蓝色的表示两个序列的碱基一致而另一个与之不一致,
由上面的identity可知序列的匹配度达到了99.8%。
7.结束。
2.选取第一题中任意序列进行,引物设计及分析,过程截屏(25分)
操作过程:
1.选取编号为EF575637.1的序列进行引物设计操作。
2.打开DNAMAN,打开文件EF575637.1.fasta。
并载入通道一:
3.选取图中的蓝色选中区域用PCR进行扩增:
4.按照引物设计的原则在上游取一段20bp左右的片段进行引物设计:
此种情况不合格,进行重新设计;
此引物交符合引物的设计原则可以使用,对此引物进行分析。
5.下游引物的设计,在原序列的下游选取20bp左右大小的片段。
并获得其反向互补序列:
6.对其反向互补序列进行引物分析:
由结果可知两个引物的TM值相差在5摄氏度以内,在进行两引物的互补分析;
有此结果可知,两个引物的氢键最多有三个,可以满足要求。
即对上述选中区域的序列进行扩增时,可以选取的引物是:
上游GTCATTACTCGCTGTCCTCT
下游TCTCTCTTGCTGGATTGCGG
三、关于生物信息学数据库使用(30分)
分别写出下列主要生物信息学数据库的网址,并打开其主页(截屏),存到word文档中。
1)核酸序列数据库(10分)
NCBI核酸序列数据库:
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/
EMBL:
由欧洲分子生物学实验室(EuropeanMolecularBiologyLaboratory)于1982年创建的,其名称也由此而来,目前由欧洲生物信息学研究所负责管理[Baker,2000]
http:
//www.ebi.ac.uk/embl/
DDBJ核酸数据库:
http:
//www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html
2)基因组数据库(10分)
NCBI基因组数据库:
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/
GeneCards基因组数据库:
http:
//www.genecards.org/
3)蛋白质序列及结构数据库(10分)
NCBI蛋白质数据库:
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/
蛋白质序列数据库:
SWISS-PROT:
http:
//www.expasy.ch/sprot/
蛋白质结构数据库:
PDB:
http:
//www.rcsb.org/pdb/home/home.do
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