原创r语言ggplot2误差棒图快速指南数据分析报告论文代码数据.docx

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原创r语言ggplot2误差棒图快速指南数据分析报告论文代码数据

r语言ggplot2误差棒图快速指南数据分析报告

来源：

给直方图和线图添加误差棒

准备数据

这里使用ToothGrowth数据集。

library（ggplot2）df<-ToothGrowthdf$dose<-as.factor（df$dose）head（df）##lensuppdose##14.2VC0.5##211.5VC0.5##37.3VC0.5##45.8VC0.5##56.4VC0.5##610.0VC0.5

len:

牙齿长度

dose:

剂量（0.5,1,2）单位是毫克

supp:

支持类型（VCorOJ）

在下面的例子中，我们将绘制每组中牙齿长度的均值。

标准差用来绘制图形中的误差棒。

首先，下面的帮助函数会用来计算每组中兴趣变量的均值和标准差：

#+++++++++++++++++++++++++#Functiontocalculatethemeanandthestandarddeviation#foreachgroup#+++++++++++++++++++++++++#data:

adataframe#varname:

thenameofacolumncontainingthevariable#tobesummariezed#groupnames:

vectorofcolumnnamestobeusedas#groupingvariablesdata_summary<-function（data,varname,groupnames）{require（plyr）summary_func<-function（x,col）{c（mean=mean（x[[col]],na.rm=TRUE）,sd=sd（x[[col]],na.rm=TRUE））}data_sum<-ddply（data,groupnames,.fun=summary_func,varname）data_sum<-rename（data_sum,c（"mean"=varname））return（data_sum）}

统计数据 

df2<-data_summary（ToothGrowth,varname="len",groupnames=c（"supp","dose"））#把剂量转换为因子变量df2$dose=as.factor（df2$dose）head（df2）##suppdoselensd##1OJ0.513.234.459709##2OJ122.703.910953##3OJ226.062.655058##4VC0.57.982.746634##5VC116.772.515309##6VC226.144.797731有误差棒的直方图

函数 geom_errorbar（）可以用来生成误差棒：

library（ggplot2）#Defaultbarplotp<-ggplot（df2,aes（x=dose,y=len,fill=supp））+geom_bar（stat="identity",color="black",position=position_dodge（））+geom_errorbar（aes（ymin=len-sd,ymax=len+sd）,width=.2,position=position_dodge（.9））print（p）#Finishedbarplotp+labs（title="Toothlengthperdose",x="Dose（mg）",y= "Length"）+theme_classic（）+scale_fill_manual（values=c（'#999999','#E69F00'））

​

你可以选择只保留上方的误差棒：

#Keeponlyuppererrorbarsggplot（df2,aes（x=dose,y=len,fill=supp））+geom_bar（stat="identity",color="black",position=position_dodge（））+geom_errorbar（aes（ymin=len,ymax=len+sd）,width=.2,position=position_dodge（.9））

1

有误差棒的线图#Defaultlineplotp<-ggplot（df2,aes（x=dose,y=len,group=supp,color=supp））+geom_line（）+geom_point（）+geom_errorbar（aes（ymin=len-sd,ymax=len+sd）,width=.2,position=position_dodge（0.05））print（p）#Finishedlineplotp+labs（title="Toothlengthperdose",x="Dose（mg）",y="Length"）+theme_classic（）+scale_color_manual（values=c（'#999999','#E69F00'））

​

你也可以使用函数 geom_pointrange（） 或 geom_linerange（） 替换 geom_errorbar（）

#Usegeom_pointrangeggplot（df2,aes（x=dose,y=len,group=supp,color=supp））+geom_pointrange（aes（ymin=len-sd,ymax=len+sd））#Usegeom_line（）+geom_pointrange（）ggplot（df2,aes（x=dose,y=len,group=supp,color=supp））+geom_line（）+geom_pointrange（aes（ymin=len-sd,ymax=len+sd））

​

​

有均值和误差棒的点图

使用函数 geom_dotplot（） and stat_summary（） ：

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​

Themean+/-SDcanbeadded as acrossbar,aerrorbarorapointrange:

p<-ggplot（df,aes（x=dose,y=len））+geom_dotplot（binaxis='y',stackdir='center'）#usegeom_crossbar（）p+stat_summary（fun.data="mean_sdl",fun.args=list（mult=1）,geom="crossbar",width=0.5）#Usegeom_errorbar（）p+stat_summary（fun.data=mean_sdl,fun.args=list（mult=1）,geom="errorbar",color="red",width=0.2）+stat_summary（fun.y=mean,geom="point",color="red"）#Usegeom_pointrange（）p+stat_summary（fun.data=mean_sdl,fun.args=list（mult=1）,geom="pointrange",color="red"）