分子试验报告.docx
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分子试验报告
分子生物学基础实验报告
[文档副标题]
姓名:
贺选
班级:
生信基地1101
学号:
U2
2013-9-3
分子生物学基础实验
分子生物学实验技术已成为生物化学及分子生物学以及相关学科院系教学科研不可缺少的一部分。
为提高学生在分子生物学技术方面的动手能力,生物技术综合实验室主要开设常用而基本的分子生物学实验技术。
它的内容包括质粒DNA的制备;DNA的重组;PCR基因扩增等等。
实验一质粒DNA的小量制备
一、实验原理
要把一个有用的外源基因通过基因工程手段,送进细胞中去进行繁殖和表达,需要运载工具,携带外源基因进入受体细胞的这种工具就叫载体(vector)。
载体的设计和应用是DNA体外重组的重要条件。
作为基因工程的载体必须具备下列条件:
(1)是一个复制子,载体有复制点才能使与它结合的外源基因复制繁殖;
(2)载体在受体细胞中能大量增殖,只有高复制率才能使外源基因在受体细胞中大量扩增;(3)载体DNA链上有1到几个限制性内切酶的单一识别与切割位点,便于外源基因的插入;(4)载体具有
选择性的遗传标记,如有抗四环素基因(Tcr),抗新霉素基因(Ner)等,以此知道它是否已进入受体细
胞,也可根据这个标记将受体细胞从其他细胞中分离筛选出来。
细菌质粒具备上述条件,它是基因工程中常用的载体之一。
质粒(plasmid)是一种染色体外的稳定遗传因子,大小在1〜120kb之间,具有双链闭合环状结构的DNA分子,主要发现于细菌、放线菌和真菌细胞中。
质粒具有自主复制和转录能力,能使子代细胞保持它们恒定的拷贝数,可表达它携带的遗传信息。
它可独立游离在细胞质内,也可以整合到细菌染色体中,它离开宿主的细胞就不能存活,而它控制的许多生物学功能也是对宿主细胞的补偿。
质粒在细胞内的复制,一般分为两种类型:
严密控制型(stringentcontrol)和松弛控制型(relaxed
control)。
前者只在细胞周期的一定阶段进行复制,染色体不复制时,它也不复制。
每个细胞内只含有1个或几个质粒分子。
后者的质粒在整个细胞周期中随时复制,在细胞里,它有许多拷贝,一般在20
个以上。
通常大的质粒如F因子等,拷贝数较少,复制受到严格控制。
小的质粒,女口ColEI质粒(含
有产生大肠杆菌素E1基因),拷贝数较多,复制不受严格控制。
在使用蛋白质合成抑制剂-氯霉素时,染色体DNA复制受阻,而松弛型ColEI质粒继续复制12—16h,由原来20多个拷贝可扩增至1000-3000个拷贝,此时质粒DNA占总DNA的含量由原来的2%增加到40%-50%。
本实验分离提纯化的质粒pBR322、pUC19就是由ColEI衍生的质粒。
所有分离质粒DNA的方法都包括三个基本步骤:
培养细菌使质粒扩增;收集和裂解细菌;分离和纯化质粒DNA。
采用溶菌酶可破坏菌体细胞壁,十二烷基硫酸钠(SDS)可使细胞壁解,经溶菌酶和阴离子去污剂(SDS)处理后,细菌染色体DNA缠绕附着在细胞壁碎片上,离心时易被沉淀出来,而质粒DNA则留在清液中。
用乙醇沉淀、洗涤,可得到质粒DNA。
质粒DNA的相对分子量一般在106-107范围内,如质粒pBR322的相对分子质量为2.8X106,6
质粒pUC19的相对分子质量为1.7X106。
在细胞内,共价闭环DNA(covalentlyclosedcircular
DNA,简称cccDNA)常以超螺旋形式存在。
如果两条链中有一条链发生一处或多处断裂,分子就能旋转而消除链的张力,这种松弛型的分子叫做开环DNA(opencircularDNA,简称ocDNA)。
在电泳
时,同一质粒如以cccDNA形式存在,它比其开环和线状DNA的泳动速度快,因此在本实验中,自制质粒DNA在电泳凝胶中呈现3条区带。
二、实验目的
1.掌握最常用的提取质粒DNA的方法和检测方法。
2.了解制备原理及各种试剂的作用。
三、实验材料和试剂
材料:
大肠杆菌E.coli,含pET-28质粒。
试剂:
1.LB培养基:
10g/L胰蛋白胨,5g/L酵母提取物,10g/LNaCl,用NaOH调pH至7.3左右。
如固体培养基则添加15g/L琼脂。
2.溶液1(mmol/L葡萄糖,25mmol/LTris-HCI,10mmol/LEDTA。
灭菌后存放。
3.溶液n(0.2mol/LNaOH(内含1%SDS)):
预先配制1%SDS母液,临用前一天晚上加入
0.2mol/LNaOH,4C保存。
(不要SDS和NaOH—起配,这样4C条件下SDS会析出使溶液浑浊)
4.溶液川(pH4.8乙酸钾溶液):
5mol/L乙酸钾60mL、冰乙酸11.5mL、双蒸馏水28.5mL。
(冰乙酸要在通风橱里面加,配好后要严格测定其pH值)
5.酚/氯仿液(V/V=1/1):
酚为重蒸酚,配制时,先将氯仿中加入异戊醇,使其体积比为24:
1,然后等量的加入重蒸酚,混匀,并用0.1mol/LTris-HCl(pH7.6)抽提几次以平衡这一混合物,于棕色
瓶中存放,并在上面覆盖等体积的0.01mol/LTris-HCI(pH7.6),4C保存。
(配制酚/氯仿时要小
心,不要洒出来,也不要溅到手上,用过的枪头要迅速的换掉,避免污染。
取用时,要取下层!
)
6.无水乙醇
7.70%乙醇
8.pH8.0TE缓冲液:
10mmol/LTris-HCl、1mmol/LEDTA,其中含RNA酶20卩g/mL。
仪器:
恒温培养箱、恒温摇床、超净工作台、高压蒸汽灭菌锅、台式高速离心机、台式小型振荡器、EP
管(1.5mL微量离心管)、加样器(20uL〜ImL)、吸头。
关于微量移液器的操作:
1)将微量移液器按钮轻轻压至第一停靠点;
2)垂直握持微量移液器,将吸嘴浸入液面下几毫米,不要插入到液体底部;
3)缓慢,平稳的松开控制按钮,吸上样液。
千万不要松的太快;
4)等一秒钟后将吸嘴提离液面;
5)平稳的把按钮压到第一停靠点,再把按钮压到第二停靠点以排出剩余的液体;
6)提起微量移液器,让吸嘴轻轻靠容器内壁,松开按钮;
7)剔除吸嘴。
四、操作步骤
(一)培养细菌
将带有质粒pET-28的大肠杆菌接种在含50卩g/mL卡那霉素(Kan)的LB液体培养基中,37C振
荡培养过夜。
注意:
添加Kan时,须待LB培养基冷却到50C左右方可加入。
接种操作:
1)首先准备好10ul量程的移液枪,枪架,70%酒精和棉球,镊子,枪头盒子(灭过菌的,含枪头)还有Ep管架,放到超净工作台,打开紫外灯灭菌20-30min.
2)关掉紫外灯,把装有10mlLB培养基的锥形瓶,菌液(菌种:
pET-28)和卡那霉素放到超净工作台上,点燃酒精灯。
3)用酒精棉球擦拭双手以及超净台面(若枪,枪架,枪头盒子等未在酒精灯下灭菌则使用前要用酒精棉球擦拭)。
4)拆掉装培养基的锥形瓶的棉线,打开棉塞,将瓶口和棉塞置于酒精灯上方作灭菌杀毒处理,迅速盖紧棉塞。
把移液枪的量程调到10ul,用酒精棉球轻轻擦拭枪管,甩干酒精,取枪头时,手侧面打开枪头盒子,迅速取出枪头并顺手关好盒子,注意手不能碰到枪头。
5)取10ul卡那霉素,注意取的时候,用大拇指顶开pE管的盖子,不要让手接触到管口内。
取完后,迅速加入到锥形瓶内,注意加的时候,拿枪的那只手的食指和中指的根部夹紧棉塞,并且棉塞和锥形瓶口不要离开火焰太远,枪头要始终朝下。
加完剃掉枪头。
6)调节枪的量程到2ul,按上述方法取2ul菌液,加入到锥形瓶内,剃掉枪头,枪归还到架子上,然后包好锥形瓶,做好标记。
7)清理好超净工作台。
把接种好的菌放在摇床上培养过夜。
(二)从菌落中快速提取制备质粒DNA
1.取1.4mL菌液置于1.5mLEp管中,10000rpm离心1min。
2•弃上清,加入150卩LGET缓冲液,在涡旋混合器上充分混匀,在室温下放置10min。
3.加入200X新配制的0.2mol/LNaOH(内含1%SDS),加盖,颠倒(不要振荡)2〜3次,使之混匀,冰上放置4min,最多不能超过5min。
4.加入150X冰冷的乙酸钾溶液。
加盖后,颠倒数次使之混匀,冰上放置15min。
5.在4C下,lOOOOrpm离心5min,上清液吸至另一干净的1.5mLEp中,如上清液浑浊则需重新离心一次。
6.于上清液中加等体积酚/氯仿液,振荡混匀,空,12000rpm离心2min,小心吸取上清液,转移
至另一1.5mLEp管中,注意勿将两液相中间的白色蛋白薄层吸出。
7.向上清液加入2倍体积无水乙醇,混匀,室温放置3min。
用离心机于12000rpm离心5min。
小
心吸去上清液,将离心管倒置于一张纸巾上,以使所有液体流出。
8.用0.5mL70%乙醇洗涤沉淀一次,lOOOOrpm离心3min,除尽乙醇,室温自然干燥(将离心管倒置于一张纸巾上),备用。
9.用25uL含无DNA酶的胰RNase(20ug/mL)的TE重新溶解DNA,置于4C保存,供下午电泳使用。
贮存于-20C备用,可长期保存。
5.质粒的检测
1.制琼脂糖凝胶(详细内容见下节);
2.取1ulloadingbuffer和9ul上述提取的质粒,混合均匀后加样;
3.在60V的电压下,跑胶50min(距胶板末端1~2cm处),关闭电源,取出胶块放到EB中染色20min;
4.取出后,在蒸馏水中清洗后,拿到凝胶成像仪下观测图谱;
5.图谱结果:
12345M78
1•翟天龙2•贺选
3•徐鸿琛4•程锦明
5•李墨6.Marker
7•胡慧8•张良春
质粒电泳图
由上图可以清楚的看到,位于marker的第三条带对应的位置有带存在,说明质粒提取成功。
六、注意事项
1.收集菌体提质粒前,培养基要去除干净,同时保证菌体在悬浮液中充分悬浮。
2•在添加溶液n与溶液川后溶液的混合一定要柔和,采用上下颠倒的方法,千万不能在旋转器上剧烈
振荡。
其中加入溶液n后,溶液变成澄清,并有黏性;加入溶液川后,出现絮状沉淀。
3.苯酚具有腐蚀性,能造成皮肤的严重烧伤及衣物损坏,使用时应注意。
如不小心皮肤上碰到苯酚则
应用碱性溶液、肥皂及大量的清水冲洗。
4•苯酚可以用于抽提纯化DNA,由于苯酚的氧化产物可以使核酸链发生断裂。
所使用的苯酚在使用前
必须经过重蒸,且都必须用0.1mol/LTris-HCl(pH7.6)进行平衡。
所以取酚/氯仿/异戊醇时应取下层溶液,因为上层是Tris-HCl液隔绝空气层。
5•酚/氯仿/异戊醇抽提时,应充分混匀。
经酚/氯仿/异戊醇抽提后,吸取上清液时注意不要把中间的白
色层吸入,其中含有蛋白质等杂质。
6.实验中,涉及酚/氯仿溶液的操作要格外小心,而且与之接触的吸头、Ep管,全部弃用,不回收。
7.有些质粒本身可能在某些菌种中稳定存在,但经过多次移接有可能造成质粒丢失。
因此不要频繁转接,每次接种时应挑单菌落。
七、思考题
1.裂解细菌时需注意的事项有哪些?
答:
要防止剧烈的震荡破坏质粒,并且防止细菌DNA裂解混入质粒。
2.质粒的基本性质有哪些?
答:
是一种能进行自主复制的双链环状DNA,可遗传给子代;常常携带有抗性基因;质粒融进细胞之后可以整合进细胞的染色体,随细胞一起复制翻译,也能从细胞中游离出来而成为独立的DNA分子。
3.碱裂解法提取质粒DNA中各溶液的作用是什么?
答:
溶液1(50mM葡萄糖/10mMEDTA/25mMTris-HCI,pH8.0)中,葡萄糖的作用是使悬浮的大
肠杆菌不会快速的沉积到管底;EDTA是用于抑制DNase的活性。
缓冲液则用于控制溶液的酸碱性和渗透压。
溶液n(0.2MNaOH/1%SDS)中,NaOH的作用是使细胞破裂,使细胞膜崩解。
SDS则
是用于共沉淀蛋白质和基因组DNA。
溶液川(3M醋酸钾/2M醋酸)中,醋酸钾是用于置换SDS中的Na,形成PDS沉淀,从而使蛋白质和基因组DNA沉淀而除去。
醋酸是用于维持溶液酸碱性避免溶液pH过高。
4.抽提质粒DNA的方法包括哪几个步骤?
答:
首先,用物理的或者化学的方法使细菌细胞破裂,加入蛋白酶,醋酸盐沉淀或者酚/氯仿抽提,除掉
蛋白质;其次,加入SDS和醋酸钾,也可除去蛋白质和基因组DNA;然后加入RNase酶除掉RNA。
5.如何提高质粒DNA的产量?
答:
增加菌液的量或浓度,多次离心一次收集
6•为什么质粒DNA不能反复在4C、-20C、室温中放置?
为达到这一目的,需要注意些什么?
答:
反复的冷冻融化,会降低质粒DNA的活性或者使其受到破坏,不利于后面的酶切实验。
实验二DNA的含量、纯度与分子量的电泳法测定
一、实验原理
测定核酸通常采用两种方法:
即紫外分光光度法与琼脂糖凝胶电泳法。
1紫外分光光度法
DNA或RNA定量时,应在260nm和280nm两个波长下读数。
根据计算在260nm波长下,每1ug/mLDNA钠盐的A值为0.20,即在A260=1时,双链DNA含量为50ug/mL,单链DNA与RNA含量为40ug/mL,单链寡核苷酸的含量为33ug/mL。
双链DNA含量=A260X50X稀释倍数(ug/mL)
RNA含量=A260X40X稀释倍数(ug/mL)
单链DNA含量=A260X33X稀释倍数(ug/mL)
此外还可以根据260nm和280nm的读数间的比值(A260/A280)估计核酸的纯度。
2•琼脂糖凝胶电泳法
根据DNA分子量不同,采用外加电场使其分开,用EB嵌入DNA分子后在紫外下显荧光。
而荧光强度正比于DNA的含量,如将已知浓度的标准样品表2—1作为电泳对照,就可以估计出待测样品的浓度。
电泳后的琼脂凝胶糖直接在紫外灯下拍照,只需要5—10ngDNA,就可以从照片上比较鉴别。
由于电泳时所用的样品量非常少,只要将浓度控制在几十纳克即可,所以在基因工程中经常被用做检测DNA样品。
表2—1入DNA/Hind川中DNA片断
片段
碱基对数目/kb
相对分子质量
DNA含量/%
DNA含量/(ng/mg)
1
23.130
6
15.0X10
47.7
476.9
2
9.419
6
6.12X10
19.4
194.1
3
6.557
6
4.26X10
13.5
135.2
4
4.371
6
2.84X10
9
89.9
5
2.322
1.51X106
4.8
47.9
6
2.028
1.32X106
4.2
41.8
7
0.564
0.37X106
1.1
11.6
8
0.125
6
0.08X10
0.3
2.6
二、实验目的
1.从以上实验中提取到的质粒DNA,为了能作下一步的酶切,连接及转化实验,必须测定DNA的纯
度、含量以及分子量大小。
2.本实验旨在学习水平式琼脂糖凝胶电泳,学习检测DNA、含量与相对分子质量大小。
三、实验材料和试剂
材料:
自制的质粒DNA、入DNA/Hind川、。
试剂:
1.标准DNAmarker(入DNA/Hind川)
2.限制性内切酶NotI和10XHBuffer
3.酶反应中止液:
0.25%溴酚蓝(含40%蔗糖),已配好。
4•溴化乙锭染液(EB):
使用前稀释1000倍,母液已配好。
注意:
EB是一种诱变剂,配制和使用时
应戴好手套,并且不能将该染液洒在桌面或地面上!
使用后立即用大量的水冲洗干净。
5.0.5XTBE缓冲液:
Tris2.18g、硼酸1.10g、EDTA-Na20.14g用蒸馏水定容至400mL。
可配成
5XTBE母液,使用时稀释10倍即可。
6.0.7%琼脂糖
仪器:
37C水浴锅、微波炉、稳压电泳仪、凝胶成像系统、电泳槽、Eppendorf架、恒温摇床、台式小
型振荡器、Ep管(1.5mL)、加样器(20uL〜ImL)、吸头。
四、实验操作
(一)琼脂糖凝胶板的制备
1.琼脂糖凝胶的制备
称取0.175g琼脂糖,置于锥形瓶中,加入25mLTBE缓冲液,瓶口倒扣一小烧杯,于电炉上加
热,注意:
防止溢出,由于琼脂糖较难溶解,如果水分损失较大,则补充一定量的蒸馏水,使其终浓度
为0.7%。
(TBE缓冲液是先配好的5X的,稀释10倍后为0.5X)
2.胶板的制备
将有机玻璃内槽洗净、晾干。
取胶带纸将有机玻璃内槽的两端边缘封好,形成一个边脚模子。
注意:
将橡皮膏紧贴在有机玻璃内槽两端边上,不能留空隙。
将有机玻璃内槽置于水平位置,放好样品槽模板(一般称之为梳子),将冷却至65C左右的琼脂糖凝
胶,小心地倒在内槽上,控制灌胶速度,使胶液缓慢地展开,直到整个有机玻璃板表面形成均匀的胶层。
室温下静置1h左右,待凝固完全后,轻轻拔出样品槽模板,撕去胶带纸,胶板上即形成相互隔开的样品槽。
(胶板有黑色线条的一侧为加样的一侧,电泳时连负极。
)
将有机玻璃内槽放入电泳槽中,加入0.5XTBE电泳缓冲液,以盖过胶板为宜。
胶板内的样品小槽
质粒DNA的酶解:
1)新提的质粒,在20uL的体系中用单一酶NotI进行处理,即:
后再加!
试剂的加入量甚微,所以要确保试剂加入到了体系中。
2)37C,保温3-4小时。
3•加样
用微量加样器将上述样品分别加入胶板的样品小槽内,每次加完一个样品为了避免交叉污染,各样
品用不同的吸头,以免造成限制酶被污染。
加样时,吸头不要插入胶板内,防止碰坏样品槽周围的凝胶
面,每个样品槽的加样量不宜过多,本实验加样量为:
18ul样品+2ulLoadingBuffer。
(每块胶板需
点一个Marker,这里即为入DNA/Hind川)
加样要注意加样器不要戳胶,尽量不要有气泡,如果有气泡可以用加样器轻轻的吸出。
4.电泳
加完样品后应立即通电,进行恒压电泳。
在低压条件下,线形DNA片段的迁移速度与电压成比例
关系,为了获得电泳分离DNA片段的最大分辨率,电场强度不应高于5V/cm。
此实验中用到的电压为80V,电流26mA.
当溴酚蓝染料(蓝色)移动到距离胶板下沿约1〜2cm处,停止电泳。
5.染色
将电泳后的凝胶浸入EB染液中,进行染色以观察在琼脂糖凝胶中的DNA带。
染色20min后,用
大量水冲洗。
注意要带手套,防止EB污染和毒害作用,凝胶放入染液中时动作要轻,不要把胶弄破,
也不要让染液溅出。
6.观察
DNA存在处显示出红色荧光条带。
在波长为254nm的紫外灯下,观察染色后的电泳凝胶。
用凝胶自动成像仪处理代替。
7.
成像结果:
NotI酶切结果
1•姚雨竹2.王远馨3•甘广丽4.Marker5.李墨6•贺选7•胡慧8•徐鸿琛9严安(10I)
10曾雪(10卩l)11对照
由上图可以看到,对应于marker和质粒对照的图谱,在第四条带处有很明显的条带出现,说明环状的质粒DNA被切成线性的DNA链。
五、注意事项
1•基因工程是微量操作技术,DNA羊品与限制性内切酶的用量都极少,必须严格注意吸样量的正确性,
确认样品确实被加入反应体系。
2•酶应在-20C冰箱中保存,取酶的操作必须严格在冰浴条件下进行,用完后立即放回-20C冰箱,不
要将酶在冰浴中放置过久,或放在高于0C以上的环境中,以防止酶失活。
3•酶切加样次序为水、缓冲液和DNA然后混匀。
酶永远是最后加入的,如将酶直接加入浓缩的缓冲液中会引起严重的失水。
酶切反应体系的溶液加完后,用手指轻弹管壁使溶液混匀,也可用微量离心机甩一下,使溶液集中在管底,不要用振荡器。
此步操作是整个实验成败的关键,注意防止错加、漏加。
4•为了避免交叉污染,各样品用不同的吸头,且每次取酶时务必换吸头,以免造成限制酶被污染。
5•溴化乙锭是一种强烈的诱变剂,有毒性,使用含有这种染料的溶液时,应戴手套进行操作。
勿将溶液滴洒在台面或地面上,用后用水彻底冲洗干净。
六、思考题
1.简述EB显色的原理。
答:
EB含有一个可以嵌入DNA堆积碱基之间的一个三环平面基团,它与DNA结合几乎没有碱基序列特异性,在高离子强度的饱和溶液中,大约每2.5个碱基插入一个EB分子,当染料分子插入后,其平面基团与DNA螺旋的轴线垂直并通过范德华力与上下碱基相互作用,该基团的固定位置以及与碱基的密切接近,导致与DNA结合的染料呈现荧光,并且荧光产率比游离的染料有所增加。
2.使用溴化乙锭时应注意什么?
答:
溴化乙锭具有高致癌性,使用时不能沾在手上或身体上,也不能溅在实验台上,要小心使用,带戴上手套。
3.说明不同电压对电泳结果的影响是什么答:
电压越大,跑胶越快,条带之间就难于分辨;电压越小,跑胶越慢,条带分开的距离就越大越清晰。
4.如何判断DNA的纯度?
答:
测定260nm处的吸光值,并与280nm处的吸光值进行比较,根据比值大小判断纯度。
实验三感受态细胞的制备及转化
一、实验原理感受态就是细菌吸收转化因子的生理状态,只有发展为感受态的细胞才能稳定摄取外来的DNA分子。
转化是将外源DNA分子引入受体细胞,使之获得新的遗传性状的一种手段。
转化的基本原理是细胞处于0C,CaCl2低渗溶液中,细胞膨胀成球形,转化混合物中的DNA形成抗DNase的羟基—钙磷
酸混合物粘附于细胞表面,经42C短时间热冲击处理,促使细胞吸收DNA复合物,在选择性培养基平
板上培养,可选出所需的转化子。
二、实验目的
1.学习和理解影响细胞感受态的因素,掌握感受态细胞的制备方法。
2.掌握质粒的转化方法。
把体外DNA引入受体细胞,使受体菌具有新遗传性,并从中选择出转化子。
三、实验材料和用具
材料:
自制的质粒DNA、大肠杆菌(E.coli)菌种(DH5a菌株)。
试剂:
LB琼脂平板(无抗生素)、
LB琼脂平板(含50卩g/L氨苄青霉素)、
LB液体培养基5mL(无抗生素)、
LB液体培养基100mL(无抗生素)、
LB液体培养基5mL(含50卩g/L氨苄青霉素)、
O.lmol/LCaCI2溶液(灭菌备用)。
仪器:
恒温培养箱、恒温摇床、接种环、涂布器、冷冻离心机、离心管、超净工作台、高压蒸汽灭菌锅。
四、操作步骤
(一)大肠杆菌感受态细胞的制备
1.从新活化的E.coliDH5a菌平板上挑取一单菌落,接种于5mL液体培养基中,37C振荡培养过夜,
直至对数生长期。
将该菌悬液以1:
50接种于50mLLB液体培养基中,37C快速振荡培养3〜4h。
2.取1.4ml上述培养的菌液放入离心管中,在冰上放置10min
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