Clustal的使用.docx

Clustal的使用.docx

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Clustal的使用

Clustal的使用

 1.Clustalx

 2.Clustalw

序列同源性分析：

    是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。

这是理论分析方法中最关键的一步。

完成这一工作必须使用多序列比较算法。

常用的程序包有CLUSTAL等；

Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由HigginsD.G.等开发。

有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。

CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权；然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。

Clustalx的工作界面（多序列比对模式）

Clustalx的工作界面（剖面（profile）比对模式）

Clustal的工作原理

Clustal输入多个序列>>>快速的序列两两比对，计算序列间的距离，获得一个距离矩阵。

>>>邻接法（NJ）构建一个树（引导树）>>>根据引导树，渐进比对多个序列。

Clustal的应用

1.输入输出格式。

输入序列的格式比较灵活，可以是前面介绍过的FASTA格式，还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。

输出格式也可以选择，有ALN、GCG、PHYLIP和NEXUS等，用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。

2.两种工作模式。

  a.多序列比对模式。

  b.剖面（profile）比对模式。

3.一个实际的例子。

输入文件的格式（fasta）：

>KCC2_YEAST

 NYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN……

>DMK_HUMAN

 DFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYAMKIMNK…….

>KPRO_MAIZE

 TRKFKVELGRGESGTVYKGVLEDDRHVAVKKLEN……

>DAF1_CAEEL

QIRLTGRVGSGRFGNVSRGDYRGEAVAVKVFNALD……

>1CSN

 HYKVGRRIGEGSFGVIFEGTNLLNN……

来源：

（-多序列比对与Clustal的使用

（一）_雪地里的稻草人_新浪博客

第一步：

输入序列文件。

第二步：

设定比对的一些参数。

参数设定窗口。

 第三步：

开始序列比对。

 第四步：

比对完成，选择保存结果文件的格式

Clustalw的使用

（一）

来源：

（-多序列比对与Clustal的使用

（二）_雪地里的稻草人_新浪博客

Clustalw还提供了命令调用形式的使用方式，方便于批处理过程，下面是一个典型的执行多序列比对的clustalw命令：

$./clustalw–infile=dna.fa–type=dna–gapopen=10–gapext=2–output=gcg–outfile=align.gcg-align

EBI提供的在线clustalw服务

http:

//www.ebi.ac.uk/clustalw/

可以在这里得到更多关于clustal的帮助：

http:

//www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html