4介面之标准 3D 功能.docx

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4介面之标准3D功能

這節我們要介紹介面之標準3D功能，我們將以Si來做為示範的材料

然後我們直接ImportSi這個結構進來

先將cell轉成primitivecell，以節省計算時間

然後直接進行CASTEP計算，這裡先不做任何設定，直接以預設值來算。

算完後，我們可以在3Dmodel視窗中按下右鍵，會出現如下選項

先選擇Label，這個選項的細部功能有很多，我們可以為我們的模型中的原子，其各種相關數值，如電量、質量、原子名稱、座標..........

有許多的項目可以選擇

而且，除了全部的原子都可顯示外，也可選取單顆或某幾顆原子來顯示。

方法是先選擇快捷列上的選取鍵

然後按住Ctrl鍵，並用滑鼠選取想顯示的原子，再用相同的方式來顯示Label

上圖這選項是可以自訂名稱的，可以讓我們標出我們想要的名稱。

如下設定

其他項目也是相同原理，各位可以自行練習。

接下來是DisplayStyle的應用，一樣在在3Dmodel視窗中按下右鍵，選擇DisplayStyle選項

我們先選擇Atom選單，這裡可以秀出我們想顯示原子或是鍵的方式，當然這選項和我們所用的機器顯示效能有關，要是我們使用的機器效能並不是很好的話，我們就可以選擇不要太多貼圖的顯示方式，這裡我選擇了Ballandstick的顯示方式。

然後右邊的Ballradius可以控制顯示原子的半徑大小，Stickradius則是控制鍵的粗細

接下來我以NaCl為例，我選擇了CPK的顯示方式。

然後右邊的CPKscale可以控制顯示原子的大小，Linewidth則是控制鍵的粗細

我再以SiO2_quartz為例，我選擇了Polyhedron的顯示方式

這些不同的顯示方式，可以使我們更容易瞭解不同晶體的特性，使我們更能藉此瞭解這些結構。

另外，Bondtype的選項可讓我們在顯示像是苯環等有π鍵的結構，都可以顯現出來。

當然，我們也可自訂原子的顯示顏色。

接下來介紹的是Lattice的標籤選單，左邊有各DisplayRange，這是可以將我們的結構顯示範圍變大的功能，這是在Cerius2中所沒有的功能，這裡要注意的是，他只是將顯示範圍變大，和supercell並不相同。

這功能在觀看範圍窄小的primitivecell更是有極大的幫助。

例如，我們將Min調成-0.5Max調成1.5（可以非整數），並且將複雜的Lattice關掉（選擇None），則畫面會變成下圖。

左邊的Littice可以選Littice的呈現方式及顏色。

接下來延續這一小段，我們繼續介紹isosurface，將CASTEPAnalysis功能打開，直接分析電荷密度。

由於我們將整個Litticerange放大了，所以呈現出來的也是大範圍的區域。

比起小小的primitivecell是不是更顯的漂亮呢。

我們按下VolumeticSelection這個快捷圖示，便可以將已載入的的元件顯現出來。

將Isosurface這勾選的項目，取消就可以讓它隱藏不要顯示出來，若是想要真的從3D_model中完全刪去的話，則只要將Isosurface顯現出來，然後在畫面中選取它，按下Delete即可。

在VolumeticSelection中，我們也可選擇顯示totalelectrondensity，預設是會將場給顯現出來。

這個場是電子在空間中的分佈，Isosurface則是顯示出等位面。

在Analysis的項目中，我們再選擇Potentials這個項目，並且不要勾選Viewisosurfaceonimport這個項目，然後Import進來，這時看起來並不會發生任何改變，那是因為我們先不勾選Viewisosurfaceonimport這個項目的關係。

然後我們可以在VolumeticSelection視窗中看到新載入的Poetntial，將它勾選起來，這時所看到的就是在等電位密度中做出電位高低的貼圖，這可以讓我們知道極性。

這張圖還不是相當的清楚，我們可以在DisplayStyle中做些修改。

將Field的ShowBox選項先勾除，讓畫面變的較簡單，順便在這裡介紹一下，這選單中還可以讓我們決定場要如何表現，像是用點（Dots）或是用Volume，Volume還可以選擇要求的精細度還有透明度（Transparency），顏色也可自訂，這裡因為之前的Litticerange的設定關係，這裡的range也已經跟著改變了。

按下ColorMaps

這裡是將電位以顏色來區別其高低（Legend的光譜顏色----Spectrum選項，也有不少可以選擇，各位可以自行試試），我們將最低的Band遮蔽掉，這樣會使畫面乾淨許多。

這裡也可以選擇Band的數目要多少，選的越多，其範圍就越細。

在Legend中，我們還可讓Legend顯示在畫面中

最後，我們再進入DisplayStyle的Isosurface來做調整，我在這裡將透明度調高，讓我們可以透過isosurface看到potential，並且將isosurface值調整到較佳的值。

最後變成了下圖

在Isosurface的選項介面中，我們也可以將右邊的Mappedfield開出來

最後要介紹的是Sice

我們先將potential給刪除，方法也很簡單，選擇到VolumeticSelection這個視窗，然後點選勾選框旁邊的小圖示，再按Delete就可以將所選的項目刪除。

然後先將Isosurface先關掉。

再來我們在快捷圖示中，選擇CreatSlice，這個選項預設是BestFit，在右邊的箭號中，還可以選其他的切割方向，BestFit所選的的切割面是通過電荷密度最強的地方，所以不會切到空無一物的真空層，雖然這樣是很不錯，但是我們並不一定想要切這個面，所以還有其他的選項。

當然啦，若是可以由我們自己決定要切哪個面，那才是最好的。

MaterialsStudio也是有這樣的功能，只要我們按住Shift然後再按滑鼠右鍵，畫面中的箭頭會變成手的圖示，此時就可以任意轉動這個切割面，若是Shift+中鍵，則是將切割面平行移動。

在DisplayStyle的Slice中，也是有細部的調整可以使用，像是Slice的呈現方式或是透明度等等......，就請各位自行練習吧。