电气工程学院生物医学工程专业生物信息学 生物信息学数据库资源的应用.docx
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电气工程学院生物医学工程专业生物信息学生物信息学数据库资源的应用
生物信息学实验报告
实验二、生物信息学数据库资源的应用
一、实验目的:
1、了解生物信息学常用数据库的结构
2、掌握利用网络进行资源搜索的多种方法
3、掌握序列检索的操作方法
2、实验设备:
PC机,Matlab实验环境,Internet网络
3、实验内容:
1、如何AccessPDB记录:
①进入http:
//www.rcsb.org/pdb,在页面上选择“AdvancedSearch”
②窗口如下:
③选择搜索类型
④单击计算结果(“ResultCount”)可得到该搜索条件下可以得到的结果数量,检查无误后单机下方提交按钮(“SubmitQuery”)得到下图所示结果:
⑤找到第一个搜索结果的下载链接,下载该序列的pdb文件,留作后续实验用.
2、如何获取GenBank中的序列:
①进入网站http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov,可以看到有如下搜索规则框
②查找蛋白质的序列:
③查找EST序列:
:
④查找Structure:
⑤查找Unigene:
(Human[organism]ANDSNARE)
3、现有基因:
LRP16,请重复上述步骤,将实验结果写在实验报告
上。
①进入http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov
②进入http:
//www.rcsb.org/pdb
四、思考题:
1、下列数据库分别是什么类型的数据库?
并简要分析其结构(利用网络或图书馆资源搜索答案)。
GenBank,PIR,DDBJ,SWISS-PROT,PDB,EMBL,TrEMBL
答:
①序列数据库
核酸序列数据库(EMBL、GenBank、DDBJ)
常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR,TrEMBL)
②结构数据库
蛋白质结构数据库(PDB)
以上数据库都属于一级数据库(一次数据库):
基因组数据库来自基因组作图,序列数据库来自序列测定,结构数据库来自X射线衍射和核磁共振等结构测定。
这些数据库是分子生物学的基本数据资源,通常称为基本数据库、初始数据库,也称一次数据库。
序列数据库是分子生物信息数据库中最基本的数据库,包括核酸和蛋白质两类,以核苷酸碱基顺序或氨基酸残基顺序为基本内容,并附有注释信息。
2、简述文献检索的规则。
答:
1.分析待查项目,明确主题概念
首先应分析待查项目的内容实质、所涉及的学科范围及其相互关系,明确要查证的文献内容、性质等,根据要查证的要点抽提出主题概念,明确哪些是主要概念,哪些是次要概念,并初步定出逻辑组配。
2、选择检索工具,确定检索策略
选择恰当的检索工具,是成功实施检索的关键。
选择检索工具一定要根据待查项目的内容、性质来确定,选择的检索工具要注意其所报道的学科专业范围、所包括的语种及其所收录的文献类型等,在选择中,要以专业性检索工具为主,再通过综合型检索工具相配合。
如果一种检索工具同时具有机读数据库和刊物两种形式,应以检索数据库为主,这样不仅可以提高检索效率,而且还能提高查准率和查全率。
为了避免检索工具在编辑出版过程中的滞后性,还应该在必要时补充查找若干主要相关期刊的现刊,以防止漏检。
3.确定检索途径和检索标识
一般的检索工具都根据文献的内容特征和外部特征提供多种检索途径,除主要利用主题途径外,还应充分利用分类途径、著者途径等多方位进行补充检索,以避免单一种途径不足所造成的漏检。
4.查找文献线索,索取原文
应用检索工具实施检索后,获得的检索结果即为文献线索,对文献线索进行整理,分析其相关程度,根据需要,可利用文献线索中提供的文献出处,索取原文。
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