分子生物学数据库.docx
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分子生物学数据库.docx
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分子生物学数据库
陈成
1、国内的一些有针对性的数据库
BIOSINO
我国的核酸序列公共数据库
更像是一个论坛,有一些提问,互动等功能,信息的筛选也不是特别的严格。
但是规模较小
1条记录可以看出网站的维护和使用都不怎么频繁。
其他许多网站也没有明显的巨大差距。
2、国内的一些大型数据库
中国知网
大部分高校已经购买了它的资源,是国内较权威、全面的数据库。
主要是文献下载,不针对我们实验过程中对数据遇到问题时的解答。
冀鼎觉SciFinder
SciFinder使用简介
SciFinderScholar是美国化学学会(ACS)旗下的化学文摘服务社CAS(ChemicalAbstractService)所出版的《ChemicalAbstract》化学文摘的在线版数据库学术版。
其内容涵盖应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多领域。
http:
//www.cas.org/products/scifinder/
SciFinder是可以与交大图书馆相连的,在找到文献时,可以直接连接到交大图书馆进行检索帮助。
下面以检索MolecularDynamics为例简单解释其使用。
在登进SciFinder之后会进入检索界面。
上图即为SciFinder的文献检索界面,可以对文件类型,语言,作者等信息作初步筛选。
除此之外也可以看到左面可以选择对作者,公司,杂志,专利进行直接检索。
在搜索之后会出现题目和内容相关两种文献分类,如我们选择内容相关Moleculardynamics,点进GetReference。
这是检索完成的结果。
我们可以看到,在Reference字样之后又Getsubstances等字样,我们可以通过这些选项获取选定文献中相关的物质、反应、相关的引用及被引用等。
在右侧可以看到Analysis以及Refine选项。
现在显示的是Analysis中的JournalName选项,可以看到对于MD来说,JCP,JPC,Biochemistry,JACS等杂志具有较多的信息。
除此之外,还有对作者,公司的分析,为我们对相关内容的行业情况的了解提供了方便。
Refine即对相关文献进行提炼,即对标题,语言等选项进行选择。
如图为对选中的文献进行refine,选择出是中文的文献。
ExploreReference模块大致就是如此。
除此之外的对物质及反应的搜索模块ExploreSubstances和ExploreReactions的界面类似,同样十分友好,大家可以自行探索。
刘士毅UCSCGenomeBioinformatics
UCSCGenomeBioinformaticshttp:
//genome.ucsc.edu/
5100809083刘士毅
这是一个非常常用的基因搜索工具,包含了许许多多实验室最新的测序结果。
这是基因搜索界面,可以定位想要搜索的基因的位置
进到如上界面时我们可以通过界面看到所有不同结果(左列)在基因区域的分布
而在这里我们可以选择想要在界面显示的序列,每个父项都可以展开,每个父项都有许多的子项供选择
彭思杰IntAct
链接:
http:
//www.ebi.ac.uk/intact/
介绍:
EBI下的一个蛋白质互作信息数据库,里面包含了模式生物以及常见生物的蛋白质互作信息。
除了通过搜索查找蛋白质互作的信息,IntAct还提供了一些tools:
Proviz和Validator,前者用于图形可视化,后者未使用过,所以不是很清楚。
这两个软件以及数据库的资料都可以免费在ftp中进行下载。
如上图就是IntAct的一个搜索结果界面。
里面包括了参与反应的两个分子以及反应类型等信息,左上角也提供了各种格式的结果下载,可以进行批量下载。
沈方舟InterPro
InterPro:
http:
//www.ebi.ac.uk/interpro/
简介:
InterPro
是大型综合生物信息学数据库EMBL-EBI下属的一个数据库,该
数据库的功能是蛋白质序列分析与分类,该数据库通过多种特征将蛋白质按家族
分类并且预测域(domain)和功能性位点。
InterPro可以提供域、蛋白质家族
及位点的相关信息。
数据库使用:
1.网页搜索:
如下图所示,直接搜索ID可以得到ID的相关信息,包括综述、相关蛋白质、
域组织、通路与相互作用、物种、结构、文献和交叉引用。
InterPro支持搜索的
ID除了其自身数据库的ID,还可以用pfam(蛋白质域数据库)或GO(基因注
释)的ID进行搜索。
除此之外,InterPro还支持关键字搜索,如下图所示,搜索关键字的结果一
般会有许多结果。
从图中左侧可以看出InterPro所包含的信息有四种,包括蛋
白质家族、域、蛋白质重复和位点。
另外右上的show
more
data可以链接到EMBL
-EBI以获取更多的相关信息。
最后,作为作为蛋白质序列分析的数据库,InterPro也支持直接分析蛋白质
序列,下图是序列搜索结果的页面。
2.数据下载
除了在网页上搜索外,要获得更多的数据可以登陆其FTP进行下载。
石逸飞Manet数据库
Manet数据库的介绍
Manet数据库很小,它的的特点是提供定性和定量的生物系统中分子相互作用的网络。
而且,这个数据库对蛋白结构的进化非常感兴趣,事实上,这正是这个数据库一开始建立的目的,那就是查找某个代谢的酶的祖先和代谢本身的进化途径。
而现在,这个网站和多个知名的生物代谢网络网站都有合作,比如KEGG和SCOP,对于文献中每一个蛋白或者酶,都提供KEGG的具体说明。
目前它的引用文献只有九篇。
其网址是www.manet.uiuc.edu。
张少博CAZY数据库
全称:
Carbohydrate-ActiveenZYmesdatabases
链接:
http:
//www.cazy.org/
是一个专门用来收集,研究碳水化合物活性酶的基因组,结构生化信息的数据库。
是一个专门领域研究的人比较常用的数据库。
目前,有5个大的家族在数据库中。
使用比较简单。
对每一个大家族的信息很详细,而且分类做的很好。
每一个大的家族下的一个小的家族为例,对这些分类也很做的很详细,分为了细菌,真菌,有结构的酶。
而且每个酶都提供了基因,结构的链接(到genbank,uniprot,pdb等数据库)
这个数据库虽然只是专门针对一个大类的酶做的,但是,分类很详细,而且包含的信息也更多,而且对于研究同一家族的酶的研究者来说会很有帮助。
杨佳蓓Proteinlounge
这是一个涵盖了代谢途径,蛋白质,siRNA等的数据库。
部分代谢途径数据还是对外开放的。
这个数据库的特色在于他提供了相关的图片和视频,让用户更清晰地看到代谢途径的过程。
图片如下:
(可能详细信息需要注册)
视频如下:
(开放免费)
视频的相关介绍以及其他链接。
姚翔宇OMIM
1.Databaseintroductionwhichisnotincludedintheclass
OMIMistheabbreviationofOnlineMendelianInheritanceinManhttp:
//omim.org/
e.genterthedisorderofhumanorillnessofyourinterestsuchasalzheimer
youget338hitsaroundthistopic
choosesearchresultid#104300asanexampletoillustratewhatthedatabasehas
PhenotypeGeneRelationships
4p14-p13isthelocationofthegeneandphenotypeislate-onsetAlzheimerdisease
ClinicalSynopsis
AnumberofsignisusedwiththisentrybecauseofevidencethatfamilialAlzheimerdisease-1iscausedbymutationinthegeneencodingtheamyloidprecursorprotein(APP,104760)onchromosome21q.
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