并行安装vasp步骤.docx

并行安装vasp步骤.docx

《并行安装vasp步骤.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《并行安装vasp步骤.docx（28页珍藏版）》请在冰豆网上搜索。

并行安装vasp步骤

intelfortran9.1.036安装过程

IntelFortranCompiler这个编译器性能极佳，它在x86和Itanium级Linux主机上会有光明的未来，因为Intel的编译器组整合了曾在DEC、Compaq和HP确立声誉的工程团队。

它的发行版有Windows和Linux两种，这2种都分别提供Non-Commercial版免费下载，但不提供技术支持。

而性能则与商业版相同。

其中Windows版需要VisualStudio的支持才可以使用。

以下是整个的安装过程。

1、登陆intel网站下载Non-commercial版。

登陆，选择Intel?

FortranCompilerforLinux*下的第二项Non-CommercialUnsupportedVersion点击进入。

或者直接登陆

剩下的工作是收取邮件，然后根据邮件中提供的地址下载软件即可。

我这里下载的软件是l_fc_p_9.1.036.tar.gz，大约130M，另外把邮件中的附件另存在刚才下载的软件的同一目录下，我这里的文件名是l_for_******.lic，每个人的文件名可能不同，它是一个协议文件。

下来以root用户进行以下的安装工作，假设前面的2个文件存放在/usr/src/intel目录下，这也是我们的工作目录：

2、解压安装文件

tarxzvfl_fc_p_9.1.036.tar.gz

3、安装并指定协议，我们这里编译器的是安装在/opt/intel_fc_91目录下，协议则在该目录下的*s文件夹中。

最后还要指定*s的位置。

mkdir–p/opt/intel_fc_91/*s

cp/usr/src/intel/*.lic/opt/intel_fc_91/*s

exportINTEL_LICENSE_FILE=opt/intel_fc_91/*s

4、装程序进行安装

cd/usr/src/intel/l_fc_p_9.1.036

./install.sh

正确的话，会看到下面的提示：

ThefollowingIntel（R）productsandrelatedproductsare

installed.

Intel（R）FortranCompilerfor32-bitapplications,Version8.0

LinuxApplicationDebuggerfor32-bitapplications,Version7.3.1

Whichofthefollowingwouldyouliketoinstall?

1.Intel（R）FortranCompilerfor32-bitapplications,Version8.0

2.LinuxApplicationDebuggerfor32-bitapplications,Version7.3.1

x.Exit

先选择1安装IntelFortranCompiler，默认安装即可，默认目录就是/opt/intel_fc_91。

安装编译器完成之后，继续可以安装LinuxApplicationDebuggerfor32-bitapplications,Version7.3.1，选择2即可，它默认安装在/opt/intel_idb_73下。

最后选择x退出安装程序。

5、现在安装完成，可以删掉安装文件l

cd/usr/src

rm–rfintel

6、退出root用户的登陆，然后以一个个人用户登陆，登陆以后修改用户根目录下的.bash_profile文件，在最后一行加入这么一行：

./opt/intel/fc/bin/ifortvars.sh

注：

其中点号之后有空格。

然后重新登陆或者：

source.bash_profile

这样一切安装与配置就完成了，可以简单的测试一下。

编辑一个简单的源文件first.f90。

（在终端输入vifirst.f90编辑源代码esc键，shift:

wq保存退出）

programfirst

print*,“HelloWorld!

print*,sin（123.4）

endprogramfirst

下来编译，编译命令与以前版本的IntelFortranCompiler不同，以前采用的是ifc命令，从这个版本开始将使用ifort命令

ifortfirst.f90–ofirst

运行./first

将显示

HelloWorld!

-0.7693915

这说明一切OK，可以正常使用该编译器了。

ifort的具体使用可以用ifort–help获得详细帮助，一般用法类似于g77和gcc。

在/opt/intel_fc_91/doc下有详细的使用文档，有pdf格式文档也有htm格式网页文档。

标题:

ifc和mpich并行编译vasp（个人经验）

（interfortran10.1.018,mpich-2,fftw3.1.12，GOTOBlas1/24,vasp4.6并行编译（parralcomplice））

我是在Redhat7.3和8.0的机器上，用ifc

6.01版本，mpich-1.2.5.2，编译vasp4.6版本。

BLAS:

采用libgoto_p4_512-r0.94.so

LAPACK:

采用vasp.4.lib中的lapack_double.o

大致步骤如下：

这里不再讲述ifc的安装，假设ifc已经安装好了。

1、下载mpich-1.2.5.2，并安装。

从http:

//www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich/downloads/mpich.tar.gz下载。

使用命令tarxzvfmpich.tar.gz来解压它。

得到mpich-1.2.5.2目录。

进入该目录，以此使用下面的命令：

a）./configure--prefix=/usr/local/mpich-rsh=ssh--with-cflags=-O\

-f90="ifc-FR-lowercase"--with-f77flags=-O--without-romio-fc=ifc

还是：

-f90="ifort-FR-lowercase"--with-f77flags=-O--without-romio-fc=ifort

b）make

c）改用root帐号，进入改目录进行安装。

makeinstall

则把mpich安装到/usr/local/mpich目录。

2、设置与mpich有关的环境变量

在主目录下把下面的几行加入.bash_profile文件中

exportPATH=$PATH:

/usr/local/mpich/bin

exportMPI_USEP4SSPORT=yes

exportMPI_P4SSPORT=22

exportP4_RSHCOMMAND=ssh

然后采用下面的命令更新该文件

..bash_profile或source.bash_profile

3、采用mpif90来编译vasp

这里假设把libgoto_p4_512-r0.94.so放在/usr/local/lib目录中。

a）进入vasp.4.lib目录中，

1.编辑gotoblas（GotoBLAS的安裝過程（Core2Duo）與如何加入VASP進行編譯）

把/usr/local/gotoblas/include/libgoto.alibgoto_core2p-r1.14.alibgoto_core2p-r1.14.so系統會自動依你的CPU型式來取名

將所得到的3個重要函式庫其中之一，丟進vasp.4.lib內

2.把makefile.linux_ifc_P4拷贝成makefile

修改makefile中FC=ifort

键入make命令，开始编译得到libdmy.a

b）进入vasp.4.6目录中，

1.并行编译fftw3（详见fftw安装指南）

并行编译./configure--prefix=/home/tlu--with-gcc--disable-fortran--enable-mpi

拷贝/usr/local/fftw/include/fftw3.f（fftw3.hfftw3.mpi）

把makefile.linux_ifc_P4拷贝成makefile

把第50行的FC=ifc前加上注释号，也就是#

第80行至82行的CPP有关内容加上注释号，改成下面的

#CPP=$（CPP_）-DHOST=\"LinuxIFC\"\

#-Dkind8-DNGXhalf-DCACHE_SIZE=12000-DPGF90-Davoidalloc\

#-DRPROMU_DGEMV-DRACCMU_DGEMV

把第136行的BLAS

BLAS=/opt/libs/libgoto/libgoto_p4_512-r0.6.so

该成如下的内容：

BLAS=/usr/local/lib/libgoto_p4_512-r0.94.so

我的为：

BLAS=/vasp/src/vasp.4.lib/libgoto_core2p-r1.14.so

把第166行和167行有关FFT3D的行前加上注释号，如下面的

#FFT3D=fft3dfurth.offt3dlib.o

#FFT3D=fftw3d.offt3dlib.o/opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a

把202行和203行的FC等改为如下的内容：

FC=mpif90

FCL=$（FC）

把212行有关CPP的行前的注释号去掉，改成如下的内容：

CPP=$（CPP_）-DMPI-DHOST=\"LinuxIFC\"-DIFC\

-Dkind8-DNGZhalf-DCACHE_SIZE=4000-DPGF90-Davoidalloc\

-DMPI_BLOCK=500\

-DRPROMU_DGEMV-DRACCMU_DGEMV

把226和227行有关SCA的行，加上注释号，改成如下的

#SCA=$（SCA_）/libscalapack.a\

#$（BLACS）/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a

$（BLACS）/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a

$（BLACS）/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a

表示不用scalapack库。

把239和243行有关FFT3D的行，改成如下的内容：

#FFT:

fftmpi.owithfft3dlibofJuergenFurthmueller

FFT3D=fftmpi.offtmpi_map.offt3dlib.o

#fftw.3.0.1isslighlyfasterandshouldbeusedifavailable

#FFT3D=fftmpiw.offtmpi_map.offt3dlib.o

/opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a

我的为

#FFT:

fftmpi.owithfft3dlibofJuergenFurthmueller

#FFT3D=fftmpi.offtmpi_map.offt3dlib.o

#fftw.3.0.1isslighlyfasterandshouldbeusedifavailable

FFT3D=fftmpi.o（原软件为：

fftmpiw.o因vasp此处报错所以修改）fftmpi_map.offt3dlib.o/opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a

把这些都修改后，保存。

再make。

就好了。

GotoBLAS的安裝過程（Core2Duo）與如何加入VASP進行編譯

下載位置：

http:

//www.tacc.utexas.edu/resources/software/software.php?

免費登記註冊，即可下載

現在最新版本是2007.03.21釋出的GotoBLAS-1.14.tar.gz，已完全支援Core2Duo係列

其中新版安裝方式非常人性化，與在Linux的sourcecode使用configure方式略有不同

對Linux底下使用x86和x86_64CPU者，提供一個快速安裝的script，可快速簡測你的SMP和編譯器種類，至於支援的編譯器種類依此順序為依據PathScale→PGI→Intel→gfortran→g95→g77

Step1：

解壓縮

tar–zxvfGotoBLAS-1.14.tar.gz

Step2：

安裝GotoBLAS，在32bit和64bit的安裝分別如下

For32bit安裝：

./quickbuild.32bit

For64bit安裝：

./quickbuild.64bit

安裝完後，即會把函式庫建在剛剛解壓縮後的資料夾內

以Core2Duo為例，會主要產生3個檔案

libgoto.a

libgoto_core2p-r1.14.a系統會自動依你的CPU型式來取名

libgoto_core2p-r1.14.so

若為特殊機器，則需藉由改寫getarch.c和Makefile.rule，將符合本身機器的參數前面註釋拿掉，並重新編譯即可產生函式庫，主要安裝過程請詳閱Quickinstallat.txt

------------------------------------------------------

Note:

（安装完后的提示如下）

Done.Thislibraryiscompiledwithfollowingconditions.

Binary...64bit

Fortran...INTEL

SMP...Enabled.Youhavetolinklibrarywith-lpthreadoption.

-------------------------------------------------------

裝設GotoBLAS無非就是想讓vasp的執行速度加快，如何修改Makefile？

步驟如下

Step1：

將所得到的3個重要函式庫其中之一，丟進vasp.4.lib內，或另設資料夾將其置入

/vasp/src/vasp.4.lib/libgoto_core2p-r1.14.so

Step2：

修改Makefile的BLAS路徑，先將全部舊有的BLAS路徑以#符號注釋起來，而後加入新的BLAS路徑

BLAS=../vasp.4.lib/libgoto_core2p-r1.14.so

可參考量化網頁相關文章：

/Experience/CommonSoftwares/VASP/CompileInstallation/200512/27.html

Step3：

重新編譯Makefile即可

By阿達仔國立成功大學

FFTW安装指南

FFTW（theFastestFourierTransformintheWest）库是由MIT（MassachusettsInstituteofTechnology）的MatteoFrigo和StevenG.Johnson开发的，用于一维和多维实数或复数的离散傅里叶

变换。

1.下载fftw-2_1_3_tar.gz（www.fftw.org,or）

2.tarzxvffftw-2_1_3_tar.gz

展开压缩文件

3.在Linux中安装FFTW:

a../configure--enable-type-prefix--prefix=/usr/local/fftw--with-gcc--disable-fortran--enable-i386-hacks

并行编译./configure--prefix=/home/tlu--with-gcc--disable-fortran--enable-mpi

其中，--enable-type-prefix参数是为了同时使用singleprecision（单精度）和doubleprecision（双精度），如果不使用它，最后只有以rfftw开头的文件被安装（realfftw）；

--prefix=参数是设定安装目录；--with-gcc使用gcc编译器；

--disable-fortran参数为了不包含Fortran调用的机制；--enable-i386-hacks为Pentium和

x86以后的CPU优化gcc的编译速度。

b.make

编译

c.makeinstall

安装，这一次安装完后，在安装目录中存在以dfftw和drfftw开头文件，但没有sfftw开头的文件

d.makeclean

还需要安装一次，先清除

e../configure--enable-float--enable-type-prefix--prefix=/usr/local/fftw--with-gcc--disable-fortran--enable-i386-hacks

其中，--enable-float为了生成单精度计算的头文件和库文件，即以sfftw开头的文件。

f.make

重新编译

g.makeinstall

再一次安装，安装完后，目录中便会同时存在sfftw和dfftw开头的文件（用于复数函数/complexfunction的FFT变换）和srfftw与drfftw开头的文件（用于实数函数的FFT变换）

例如，如果需要用到双精度的实数FFT变换/FFTs，那么在编译的链接命令中需要按如下顺序加入

-ldrfftw-ldfftw参数

VASP4.4.6编译过程

1、所需文件和程序

VASP源代码：

vasp.4.4.6.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz

数学库：

ATLAS（http:

//math-

Fortran编译器：

ifc_9.1.036fortran可以从网站下载到免费的版本。

2、这里已经安装好了fortran编译器，所有文件都放在/home/xxx/VASP目录下，机器

的操作系统是Linux:

Redhat9.0。

a）用如下命令解压vasp.4.6.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz：

tarxzvfvasp.4.6.tar.gz

tarxzvfvasp.4.lib.tar.gz

解压后分别得到目录vasp.4.6和vasp.4.lib，目录vasp.4.6中文件是vasp的主要源代码，

vasp.4.lib是编译vasp时需要的一些特定的数学库程序，在这两个目录中都有编译时所用的

makefile文件，针对机器和fortran编译器，选择相应的makefile。

b）从http:

//math-

如下命令解压：

tarxzvfatlas3.6.0_Linux_P4SSE2.tar.gz

解压后得到一个目录Linux_P4SSE2，在此目录下有个lib子目录，该lib子目录中的文件为

libatlas.a,libcblas.a,libf77blas.a,liblapack.a,

这些就是编译vasp时所需要的数学库文件之一,将lib复制到vasp目录下，并将其中的四个文件复制到vasp.4.lib目录下

我这里安装了fftw-3.1.2.tar这个东西，（见FFTW安装指南）

完毕后，将/usr/local/fftw/include/下的fftw3.f复制到vasp/vasp4.6.

c）进入vasp.4.lib目录，选择makefile.linux_ifc_P4，并把它拷贝成makefile，然后键入

make命令开始编译。

整个命令如下：

cdvasp.4.lib

cpmakefile.linux_ifc_P4makefile

make

编译成功后，得到libdmy.a文件。

先到安装的ifc9.1的安装目录中，找到lib目录，里面有个libsvml.a的库文件。

1、比如你的ifc9.1装在/opt/intel/fc/9.1.036的目录下。

则在.bash_profile文件中加入下面的：

exportLD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/fc/9.1.036/lib:

$LD_LIBRARY_PATH:

/usr/local/lib:

/usr/lib:

/lib

2、source.bash_profile

3、在vasp的makefile中，对BLAS或LAPACK后面加上-lvml。

比如:

BLAS=.......-lsvml

其中的.....是你用libgoto库的路径

d）

退出vasp.4.lib目录，进入vasp.4.6目录，选择makefile.linux_ifc_P4，并把它拷贝成

makefile，编辑makefile文件，通过修改LIB变量的赋值而采用基于ATLAS的数学库文件，修

改其中：

ATLASHOME=../lib

BLAS=-L$（ATLASHOME）-lf77blas-latlas-lsvml

LAPACK=../vasp.4.lib/lapack_double.o

修改后保存makefile文件，键入make命令开始编译vasp。

整个命令为：

cd..

cdvasp.4.6

cpmakefile.linux_ifc_P4makefile

编辑修改makefile文件

make

编译成功后，就可以得到VASP的可执行文件vasp。

e）

以root帐号登录机器，把成功编译VASP后得到的vasp放到/bin目录下，则