小木虫 Diamond 软件问题集锦.docx
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小木虫 Diamond 软件问题集锦.docx
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小木虫Diamond软件问题集锦
小木虫 Diamond 软件问题集锦
1.Diamond出图时怎么设置dpi数目
我在使用Diamond出图时分辨率并不算小,可是编辑说我的图只有96dpi,但杂志要求至少600dpi,请问我该怎么设置?
答:
在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap,然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以.如果是JPG格式,还是96dpi.答:
呵呵,发现在tools下拉菜单的option里.
2. Diamond椭球图阴影画图如图中所示,怎么画出每个椭球中的阴影部分?
我用的是3.1d版本.
答:
这个是在 diamond 中的'原子设置中'中选的,具体如下:
picture-------atomsdesign-------styleandcolors-------style中选择octant即可.
3.怎样建立氢键我这儿有一个cif文件,一个tab文件和两个已经用 diamond 作好的图,但不知道这两个图是怎么画出来的,想知道作图过程,请 diamond 高手用word或pdf写出作图过程.
答:
没什么技术含量的吧,堆积一下,删掉多余的原子,创建氢键就好.
4.怎样建立单个分子
diamond 一打开cif,就是堆积图,怎么才能显示一个分子.
答:
好像最新的更新包已经改过这个bug了.但是因为没有对应的破解程序,所以俺还是用以前的3.0,经常遇到这个问题.如果你的分子间没有作用,即:
没有乱七八糟的键连在一起,选中一个原子,然后,ctrol+M,选中一个分子,然后,反选,即选中除该分子之外的所有分子,然后一键delete,就ok了.如果分子连成片,就删吧.对于非中心分子,即含反离子的分子结构要小心,不要把反离子漏掉了.当然,如果不用画就没问题了.以上拙见,仅供参考.答:
diamond 打开cif时选"建立单个分子",然后点完成,不要点下一步.请教diamond画C60遇到的问题
(1)我这个C60在画多面体的时候,中间inset的atom的半径在每个面上都要自己一个一个去设定radium,有没有同类原子半径一起设置的?
里面没有找到.
(2)当我把中间的dummy原子(就是为了画多面体的时候新加入的)的半径设为0后,如果想改C60的每个面的颜色的画,这个怎么改的?
(3)最后问一下,我保存的图片中背景的 diamond demonstrator如何去掉.另献上我第一幅 diamond 图,如下.6.7.答:
1.可以在atom设置里找到假原子直接设置2.以假原子为中心画多面体3.你用的应该是未破解版本. diamond中如何在螺旋链中插入一根棒 diamond 中如何在螺旋链中插入一根棒,以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构,如何画出单,双螺旋结构?
答:
插入几个哑原子,然后连键,进行一些设置就可以了.前段时间有人传了一些 Diamond 的说明,其中有一个文件就是详细说明这个棒怎么画的.找到了这个文件,感谢原作者Crystalsnet,我把它上传到纳米盘,你自己下载下来看看就知道怎么做了.答:
在孔道两侧虚拟两个原子,然后在这两个原子间成建,设置一下键参数就可以了!
答:
具体说,选择两端的几个院子,再找这几个的中心位置,分别insertatoms,再连接心连接,insertbond,在按你的意思editthebond.如何去掉M-C,M-H连接打开一个晶体数据后,在connectivity中把M-C,M-H去掉后.再点completefragments第3页共13页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 8.9.10.11.12.13.后,这些M-C,M-H又连上了,求助高手.答:
点下connectnow再确定试试. diamond里面如何定义元素化合价怎么样定义元素的化合价,然后使半径比例随之改变?
?
默认设置好像都是原子半径.答:
问题解决了,在atomicparameter里面. diamond画配位环境时到一定程度原子就长不出来了,是怎么回事今天用 diamond 画配位环境时画到一定程度(配位环境没画完)原子就长不出来了,不知是怎么回事?
请高手指点,谢谢!
答:
试试在"Typeofsphere"中把Rmax值设大一些.答:
或者试试用小太阳符号"Fillcoordinationdirectly".修改 Diamond 的默认单胞数我不知道动了什么参数让 Diamond的默认单胞数为2了,也就是说每次一打开就是两个单胞里的不对称结构单元,在哪改回去吖?
答:
菜单栏的picture-->guidance-->picturecreationassistant-->destroyallatoms,bonds项选勾,下一步-->在fillcellrangewith项里选择需要的单胞数,按完成.OK!
每次用 diamond 打开cif文件时,在引导项中注意选择单胞数,就可以控制显示的单胞数了.在 diamond 里怎么让所有一定键长的原子连起来呢如题.我怎么选connectivity,设上DMAX,按OK,不管用呢?
答:
我这么做也不管用,后来就在读入cif之后先不生成图,先在connectivity里设定要的健长范围就可以了.答:
那是没有设上,该了之后要再点一下需设原子才行.答:
管用的,应该是你操作有问题.怎么取消透视图我用的是3.0读完cif之后出现的直接是透视图,怎么取消啊?
答:
应该是用RepresentationSettings.答:
用centralprojection命令!
绘制黄色和蓝色矩形请高手帮忙看一下图中的黄色和蓝色矩形区域如何画?
通过原子建立平面时,所得的矩形太大,不知道如何调整到所要的大小.答:
好像Diamond 里没法加这样的矩形框,这个图好像中的矩形框应该是在其它软件中加的,或者不是用 Diamond 绘制的,比如,可以在Word里加矩形框,然后设置透明度或许可以.答:
在 Diamond 里加平面是很大,因为平面是无限延伸的,像这种有限的平面实际是些多面体,通过共面的点建立的,像拓扑图里经常出现一些表示两个面夹角的情况,就是这么做出来的,你可以尝试一下.答:
不错,用加多面体的方法,借助哑原子可以做的.第4页共13页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 14. Diamond 结构图寻求完美的颜色对比见识一下各位高手所作的MS或 Diamond 做晶体的结构图,主要想参照一下颜色搭配!
答:
在polyhedradesigns和atomdesigns里面改成你想要的颜色就行了呀.第5页共13页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 15.如何去掉 Diamond 中画的图Diamond 背景字样求助Diamond 中画的图copy到word中总有Diamond 背景字样,如何去掉呀?
答:
你用的那个版本没有破解.16.溶剂水没加氢如何画氢键我最近想画个氢键堆积图,可是溶剂水没加氢, diamond 画时溶剂水和羧酸氧上的氢用键显示不出来,求助高手我应该怎么办啊?
答:
先加上氢了,或者你把所有的氢都删掉,直接把O-O之间用虚线连起来就可以了.答:
不加H直接连接O..O键容易被审稿人质疑的.最好还是想办法加加H..答:
给溶剂水加氢,先要从残余峰里面找到和氧的距离比较合适的,然后再去固定住一般就可以的.答:
我都是参照文献的氢键数值,直接在 Diamond 里设定D...A距离然后连接.实在想做的完美,可以在解析结构时,使用enviX2,找出原子X周围较为合理的H,然后将其固定,后者先在 Diamond 里找出形成氢键D...A的原子对,然后在解析结构时在这两个原子之间加入Dummy,并将Dummy定义为H,然后对H进行固定,这样可能就合适了.答:
具体的情况很复杂,加H的技巧很多,实在一言难尽.17. diamond 中怎么画堆积图 diamond中怎么画堆积图啊?
有机配体要怎么删除啊?
答:
啥样的堆积图?
把原子半径改大一点不行吗?
答:
估计是你填充单胞不够.18.原子坐标图中的错误是怎么回事?
怎样避免?
谢谢.答:
你那个弹出的错误提示正好把后面的挡住了,不能移开一点再贴上来吗?
只能帮你猜谜了,估计是原子坐标没给,因为其它地方不会提示这个错误的.答:
他好像不是从文件读入的结构信息,而是自己手动输入的,一般绘图软件都可以手动输入的.19.如想构造多面体请问如想构造多面体,中心原子有两个如CeVO4,中心原子为Ce和V以配位原子为第6页共13页
小木虫Diamond 软件问题集锦 O来构造两套多面体用什么办法?
答:
先选中中心原子,然后在object里选polyhedra,然后选ligand做边,如此重复两次就能得到两个多面体.答:
一般XP都是画配位环境图,基本上所有的图都能用 Diamond 做.答:
CeVO4多面体骨架图:
20.怎样美化 diamond 图实在没办法,自己对照着说明第一次画图,是LiYF4晶体.白钨矿型四方晶系,空间点群C64h-I41/a,晶胞参数a=5.167,c=10.794我自己画得不知道是什么,求哪位帮帮忙啊.第7页共13页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 21.22.23.24.25.26.答:
原子比例不太合适,原子小些棍粗些会比较美观;还有坐标上的箭头最好去掉然后把abc字体改大点,不然这样的图放到文章上字会看不清楚.画拓扑重在选择节点,看你选择什么作为结构单元,如果是选某种原子那很方便,在 diamond 菜单中改变这种原子之间的默认键长;如果选择的是两个原子的中心或者多个原子的中心,那就需要在shelx程序中添加原子(cent/x命令),然后再在 diamond 中改变默认键长.首先自己要了解清楚你的结构,然后选择合适的节点,有的时候从不同角度理解结构,可能会选择不同的节点.答:
画拓扑的话,做好用一下olex,可以自动简化节点. diamond保存图片时可以设置分辨率吗用 diamond 画图,保存图片选择tif格式直接保存后,像素很低,感觉不清楚.diamond 里可以设置,像素,分辨率,再保存吗?
答:
当然可以.在layout里设置一下,600最好.答:
一般300就可以了.答:
"当然可以.在layout里设置一下,600最好."这个好象是对bmp起作用.关于diamond中氢键粗线设置问题如题,在 diamond 中,由build-createh-bond产生的氢键为较细的虚线,如何把氢键设置得粗一点我试了一下,如果在picture-bonddesign设置粗细,则氢键也会变成实线,与其他的化学键分不开.麻烦大家指导如何把氢键设粗又还是保持虚线的形式?
答:
首先进入edit,选editbonds,然后选中你要设置的氢键类型,比如NO键,选中design,通过调节radius可以调节键的粗细,然后在fragmentation里输入大于1的数字线就成虚线了,我一般选4,你可以自己调节.答:
你可以全选键然后加粗,点应用,不点确定.控制晶体的层状结构数目 Diamond 画单晶的结构图,把CIF文件导入后,用grow命令的话,晶体的层状结构会一下长很多层,用什么命令才能实现我让它长两层就长两层?
我想让它长三层就长三层?
答:
用对称操作一个一个加,对称操作码在platon里面.答;structure/fill/cellrange里面可以控制大小.使用 diamond 生成氢键在使用 diamond 画图时,craeteH-bonds总是不成功,没有氢键产生;实际上存在氢键,有哪位虫友也遇到过类似问题,帮小弟一把!
答:
你设置供体和受体之间的距离了吗?
先设置好氢键的距离.答:
必须有氢,否则无法craeteH-bonds. Diamond里面如何选择一个分子请问在 Diamond 里面有没有简单的方法直接选择一个分子?
(除了destroy的时候选中分子中的一个原子就可以删除全部之外)就像xp里面的uniq命令那样,谢谢.答:
右键有一个"selectmolecule".如何用 diamond 画C-H……pai和pai……pai堆积如何用 diamond 画C-H……pai和pai……pai堆积,请多指教.答:
用假原子,可以完成.答:
picture中的bonddesigns,用出现复选框,Atomgroups中选择对象,style在在andcolors中有一个fragmetation选项,在它的旁边有一个可供选择的小箭头,按向上的箭头,选择你想要的虚线度,数字越大,虚线的长度越小.先选定原子,在 Diamond(一般是左下角)的picture工具栏里有一个图标,中间是个第8页共13页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 27.28.29.30.31.棕黄色的小圆球,外面有一圈虚线,按一下那个图标试试看,应该可以.或者在build中的fixspere即可.或者clickbuilt---fill----Rectangular---Area.怎么插入假原子请教 DIAMOND 里,怎么在两原子中心插入一个假原子.谢谢!
答:
选定两个原子insert就好啦,呵呵.如何看两个原子间的距离请问用 DIAMOND 画图时,如何看两个原子间的距离.期待高手指点.答:
在build功能里,连及INSERT--bond两个原子,右键点击即可察看.答:
tool-----measuredistance,然后在分别点击你所测的两个原子,将鼠标放到一个原子上就会出现距离.怎样在diamond里测面与面之间的距离想通过测面面之间的距离来说明π-π堆积,可是在 diamond 里面怎样测啊?
答:
Diamond 的帮助文件里都有详细说明,自己查一下.平行平面之间的距离实际上就是点到面的距离.Diamond 可以非常方便的测出,用Tools/MeasurePlanesetc命令.答:
先选中一个平面中所需原子,Objects->planes->creatplanefromatoms;同样建立第二个平面.;tools->calculate->distancefromplanes.Diamond里面原子符号的上标怎么弄想标原子名称,而且有对称符号,如i,ii,iii之类的,请问在Diamond里面怎么把他们弄成上标啊?
谢谢!
答:
可object--->text然后打i,加入后移动到某原子那,比如Cd1i(i为上标).答:
要标某原子,点到那原子,rightclick,add--->label.答:
画完图后在photoshop中处理就行.答:
点右键add:
atomlabel;点右键editatomlabel中content的下拉菜单,找到(individualtype);然后在下面ndividual对话中输入你要表达的内容,点OK就行了.答:
我一般在微软的画图工具中进行标记.如何用diamond画纳米空心管最近看到了一篇关于纳米管的文献,很好奇里面的空心管是如何画出来的,我用diamond 画出了那种圆柱管,但不知道怎样把它弄成空心的,因此在这里请教一下高手了.答:
可以参考,photoshop画空心圆第9页共13页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 32.33.34.35.36.用椭圆选择工具画圆,然后"描边",选择好描边的宽度,颜色,位置就可以了.其中,描边的位置有居内,居中,局外三种,我们把描边宽度设的宽点就可以清楚的看到这三种位置有什么区别.但是描边的宽度大到一定像素(比如30)就不圆了.这时候的方法是,新建图层上做圆形选区,填充一个颜色,然后变换选区,删掉多余的.具体做法:
Alt+Delete填充前景色——右键"变换选区"——Shift+Alt+鼠标拖动角部控制块,以中心为固定点等比缩小合适大小——按下Enter键确定——按下Delete键删除移动后的选区内容.变换选区也可以通过按键"Alt+s+t"(Alt+s是键盘打开"选择"菜单的方式,T是选择菜单下的"变换选区")实现.如果使用快捷键"Ctrl+T",这是"自由变换"快捷键.它是对被选中的对象进行变换,不针对选区自身.如果使用"Ctrl+Alt+T",则是对选中对象的复制并进行自由变换.这个当它出现和变换选区一样的手柄框时,可以用鼠标拖动来看到是复制了一个出来了,而且是对复制的对象进行变换,也不是对该选区进行变换.怎样去掉不合理的键有些键是不合理的键连,怎样才能去掉这些键?
答:
build--->connectivity可以改吧.答:
如果你要删除的是一类键,可以在右侧下拉框找到tableofbondgroup,上面会有键的列表,找到你要删的一类键,右键selectbygroup,发现图片上所有的这类键的会被选中.然后再图片上对准选中的其中一个键,右键选删除便可.答:
在buil——connectivity里,上面是键的类型,下面的框是键长,在上面把你不想要的键的类型前面的框里的对勾去掉,下面的键长可以输入你认为合适的范围.怎样在grow的时候添加上非键的原子我在用diamond 的时候,在使用grow的时候不知道为什么非键的原子未被增加,请问这个问题怎么解决啊?
答:
grow只会将已经存在的并且成键的原子向外延伸,非键的原子当然就不会增加了.如果要非键原子一同产生的话可以用fill功能.diamond画图如何只长几个分子我用diamond画图,是多核的配合物,我想只长出几个分子,怎样可以实现呢,如果把一个晶胞都填充了再删好像很麻烦啊.答:
用GETMOLECULES命令就可以做到.答:
你的如果不是多核应该很好画的,选中任意一个原子,按住ctrl+alt+S就可以长出该原子附件的所有原子,叙述不大清楚,楼主试试就可以吧.答:
选中一原子--build---fixedspheres--设置数值.如何改变背景颜色背景色是黑色怎么变成白色啊?
答:
在picture-layout-background里,也可以刚进去软件时设置.用diamond输出黑白图因为投稿彩图收费的问题,所以我打算用黑白图画晶体,可是我只会画彩图,不知道怎么弄成黑白的,请高手指点,不胜感激!
答:
这个问题很好解决.你将 Diamond 图片贴到Word里后,在设置对象格式里将图片颜色设为灰度就可以了.答:
你也可以在用 Diamond 绘图时就把它绘成灰白的,因为原子的颜色等在 Diamond 第10页共13页
小木虫Diamond 软件问题集锦 里是可以调整的.37.用diamond计算MOF微孔得到一个MOF,但不知道怎么算孔有多大?
答:
孔隙率还是孔直径?
孔隙率的话用PLATON算,孔直径的话就直接量距离再减范德华半径.38.diamond的legend问题在diamond中如何把右下角legend中图中没有的原子隐藏起来而只显示图中有的原子.答:
这个没法隐藏的,不过你可以在Structure/AtomicParameters对话框里将你不需要的原子删除,然后再绘图就可以了.还有一个办法就是做好图后在Build/AtomGroups对话框中将你计划要隐藏的原子Assign给其它原子就可以了.答:
可以隐藏,在编辑legend里面最下面的Select里,将需要隐藏的原子勾掉就可以了.答:
把鼠标放在legend上面.点右键,弹出对话框,在display前的筐子里的钩子去掉即可.第11页共13页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 39.请问怎样在diamond里面看配位数我的理解是这样的,把某目标原子的配位多面体做出来,查顶点个数就行了.但是在 diamond 里面,做配位多面体的自由度很大,我可以设定配位多面体顶点与目标原子的最大距离,这样一来配位多面体就很主观了,我不知道这个问题怎么办?
答:
你应该现在Build/Connectivity调整键长,然后再做多面体就可以了.答:
这就要依据你的金属原子和配位原子之间的键长了,一般的金属(如主族金属,过渡金属,稀土金属)与常见的配位原子(O和N)之间的键长都不超过3.0.有的文章即使报道超过3.0的也不称之为键长,而是叫做弱作用.这种弱作用也可以参与多面体的形成.个人意见,仅供参考.40. Diamond 3里面如何画示意箭头 Diamond 3里面如何画示意箭头答:
我都是先画好图再在PPT里加的.答:
画好后,转为.tif文件后用画图软件添加.41. Diamond 中晶胞的白线如何去除 Diamond 中晶胞的白线如何去除答:
Build/Destroy/AllCellEdges.答:
可以在快截菜单栏点那个X,然后选择celledge.42.求助-如何在diamond中画C-H...π相互作用图急求助高手指点,如何在diamond中画C-H...π相互作用图啊,非常感谢!
答:
你先找到芳香环的中心并给出一个dummy,然后连接H与dummy,再把dummy设置为invisible就行了.43. diamond和XP画图及处理图片问题用diamond和Xp画图画完图后,大家用什么方法处理成符合发表要求的图片的?
我们是画完图后存成.bmp格式(diamond 画图时),然后用HyperSnap-DX5(一种截图软件)将图片截出来,再直接复制到word文档中,可是这样处理的图像虽然看起来很清楚,但是打印出来的图像质量很不好(虚),请教一下高手,怎么处理才能使打印出来的图像不虚?
答:
diamond可以调分辨率的同时我们一般保存为tif不要bmp不知道别人如何.答:
直接在pdf中截图贴进word也可以啊.要看杂志的,有的杂志要求你提供pdf,有的是ps,tif,bmp等不同的.44. diamond 里面的坐标我的 diamond 里面的坐标看不见了,我设置好的为什么看不见呢,objects——coordinationsystem,但是还是看不见无论是在边上还是在中心,都看不见,郁闷.答:
在objects-coordinationsystem里面将X,Y的值改一下,可能会找到.第12页共13页
小木虫Diamond 软件问题集锦 45.讨论一下Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的 Diamond ,XP以及Mercur
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