NTI使用手册中文版.docx
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NTI使用手册中文版.docx
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NTI使用手册中文版
第一章安装和执行程序第一章 安装和执行程序 VectorNTI目前为网络版本,需要连到主机确认用户权力后才能运作。
厂商并没有针对授权时间进行限制,因此只要设定好LicenseServer的相关设定即可使用,不需要额外进行申请。
但用户IP位置必须位于海洋大学校内,方可与授权服务器联机。
请下载下面这个档案进行安装http:
//vectornti.cs.ntou.edu.tw/VectorNTIAdvance10.exe以下将说明如何设定的过程,变更为自服务器取得授权的方式:
1.选取开始→程序集→Invitrogen→VectorNTIAdvance10→LicenseManager(图1.1)。
图1.1授权设定2.在Applications页面中(图1.2),点选下面的Dynamic按钮,上面四个字段请填上使用者的姓名,系所单位,电话和电子邮件位置,最下面一栏URLofDLS请入以下字符串:
http:
//vectornti.cs.ntou.edu.tw:
8080/vntidls.cgi。
DLSServerrequiresauthentication目前不需要勾选。
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti1VectorNTI教育训练手册图1.2授权设定窗体3.在InternetSettings(图1.3)里面建议选取DirectConnection,这样当IE设定Proxy之后,才不会导致VectorNTI因为IP不在校内而不能联机。
图1.3VectorNTI授权网络设定 4.设定之后可以点选TestConnection,程序会自动联机测试,如果在右边的联机结果显示ConnectionOK(图1.4),就表示设定成功;如果显示Connectionerror,则表示联机不成功,如果有开启防火墙/防病毒软件,请关闭或调整设定后再试一次。
图1.4VectorNTI授权网络设定,成功右下角会显示ConnectOKhttp:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti2第一章安装和执行程序5.设定成功后,在Dynamiclicense的页面记得按下Apply,最后在Applications(图1.5)把所有项目的Demomode改成Dynamiclicense。
图1.5授权设定,将所有的Demomode改为Dynamiclicense 6.依上述流程开启VectorNTI应该都可以正常用户许可证运作,如果发生联机问题请与本中心的人员联络。
联机设定完成后就可以开始执行程序来操作了,首先NTI的文件夹有许多项目可供选择:
其中一个为主程序(VectorNTI),而其他的功能项目是附加在主程序底下,可以各别开启操作,也可以在主程序下面执行(图1.6)。
图1.6VectorNTI主程序及附属程序各别开启主程序开启http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti3VectorNTI教育训练手册首次进入主程序后系统将提示是否允许将新数据填入VectorNTI数据库中,点选OK。
这样DNAmolecules,proteins,enzymes,oligos,andgelmarkers将组成NTI的数据库,并出现下列三个窗口(图1.7)。
图1.7左边为文字窗口,右边为图谱窗口,下方为序列窗口图谱窗口文字窗口序列窗口 这三个窗口为文字窗口、图谱窗口和序列窗口。
文字窗口会将分析结果,作简单的文字叙述,并且可以自动做注记;图谱窗口会将序列以一个卡通图形进行说明,同时具有绘图的功能;序列窗口会将分析结果,标定在序列上面,以序列呈现出来。
接下来就是将序列加载程序中,我们可以将实验或是搜寻所获得的序列数据放进程序,本文将以一个针对斑马鱼基因筛选实验所得到的序列作为范例。
加载序列最直接的方式是从程序的左上角点选File→Open将序列档案开启,但是注意档案必须为GenBank/GenPept,EMBL/SWISS-PROT或FASTA、ASCII等格式,要在符合格式的情况下才能顺利开启序列。
另一种方式是用剪贴的方式将序列贴入程序中,将在第二章介绍。
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti4第二章数据库建立和储存序列第二章 数据库建立和储存序列 在了解主程序的样子之后,接下来必须要先了解NTI的数据是如何储存和读取,并且建立自己的序列数据库。
NTI的程序中会有一个内建好的数据库,在同时把存盘的路径预先设定在数据库的位置之中。
我们自身主机的数据库叫做LocalDatabase,同时NTI提供了数据库分享的功能,可以透过网络和其他主机交换或分享序列数据。
如何建立自己的数据库?
首先在主程序下点选数据库,图示(图2.1):
图2.1使用LocalDatabase开启数据库(LocalDatabase)开启为分享和交换数据库的指令。
LocalDatabase开启后会看到下面 进入数据库后会先看到右手边的窗口有一大堆数据,那是程序事先内建好的序列数据,可以直接点选开启。
数据库会因为序列的性质不同而有不同的归类,想要看不同的类别可以在左上角选择。
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti5VectorNTI教育及训练手册图2.2建立数据库 接下来要建立属于自己的数据库了,以斑马鱼的基因序列为例,第一步在后会在Invitrogenvectors下方出现,会跳DNA/RNAMolecules(图2.2)的项目下点选一个Group1的文件夹,可以自己改名。
在新的文件夹项目下再点选出一个窗口(图2.3):
图2.3新建数据库 旁边的字段可以输入名称,接着点选DNA/RNAMolecule(图2.4):
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti6第二章数据库建立和储存序列图2.4新的DNA/RNA模块 在此项目下可以选择序列的特性,这些项目的选择会影响到主程序的分析和图谱形状,可以依照序列的特性设定。
接着再点选SequencesandMaps:
图2.5编辑斑马鱼海大基因的序列 在此窗口(图2.5)下,我们就将要加载的序列先全选后再按复制,之后在这窗口下点选Paste后就可以贴入序列。
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti7VectorNTI教育及训练手册图2.6贴上斑马鱼海大基因序列 接着按OK后再按确定(图2.6),如此便建立好我们的序列数据了。
之后要开启此数据时,只要进入LocalDatabase后,在自己建立的文件夹下连续点两下该文件名就可以直接开启。
NOTE:
上一章提到剪贴方式加载序列的方法和上面相同,只是要从主程序中左上角的File→CreateNewSequence→UsingSequenceEditor(DNA/RNA)orUsingSequenceEditor(Protein)。
从这条路径一样可以建立序列资料,但是存盘时会存在内建好的Database中。
存档:
我们把序列加载主程序后要如何储存?
NTI已经默认档案储存路径是指向LocalDatabase,只要按下就可以存盘。
除此之外,当我们把程序关闭时,程序也会自动帮我们进行自动储存的动作,可以避免我们忘记储存的疏忽。
一般来说档案存在LocalDatabase的文件夹内是很安全,但是为了以防万一,在此强烈建议再存一个备份文件:
在File项目下选择Saveas后就可以选择我们想要储存的文件夹位置。
欲开启储存的档案只要连续点两下就可以直接打开。
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti8第三章接口基本操作第三章 接口基本操作本章介绍序列窗口和文字窗口的基本操作指令。
现在我们已经将斑马鱼的基因序列加载主程序中,接下来要如何处理文字和序列的编辑呢?
汇入序列后将出现如图3.1画面:
图3.1一般接口操作指令 注意在红色框线的那一排是窗口的一般操作指令,随着光标所在位置的不这三个指令,分别代表着三同,窗口所出现的指令也会不同。
先看个不同的窗口,依序是文字、图谱和序列窗口。
若要在不同的窗口下进行检视或编辑,可以按这三个按钮或是直接将鼠标点击该窗口。
在这三个指令后面的按钮则是该窗口可执行的功能,此图则是位于检视图谱窗口。
文字窗口会把我们所执行的分析指令作一个简单的描述整理,以文件夹的型态显示,可以打开文件夹看个别的描述;其他叙述和说明则是在我们上一章所提到,剪贴序列时操作窗口中可以设定的部分。
我们在加载序列的时候会看到图谱被程序标上限制酶的切位,若不需此信息可以在文字窗口下按 序列窗口的编辑点:
点选去除。
或者是将鼠标点击序列窗口,所出现的指令有,其中http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti9VectorNTI教育训练手册是和office系统一样的文字编辑指令,我们只要将欲编辑的序列用鼠标反白后,点选这些指令就可以修改字型、大小和颜色等文字编辑的功能,以下是将序列背景颜色和文字颜色进行编辑过后的样子(图3.2),我们可以依个人喜好来掌握文字的编辑。
图3.2修改序列背景、字号和颜色 图3.2是将其中一段的文字背景改成紫色,另一段的文字颜色改成红色。
学会了文字编辑后,接下来我们发现序列的排列似乎不是很美观,想要改变序列的排列方式可以在序列窗口状态下点鼠标右键进入Displaysetup,或是点这时会出现下面指令(图3.3):
图3.3检视工具按钮 点选Sequencesetup项目后会出现:
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti10第三章接口基本操作图3.4序列检视工具 我们可以在这个序列检视工具(图3.4)之下设定各种的排列方式,底下的序列窗口为一个预览窗口,会依我们的设定而变动,将设定调整好后按OK就可以了,如此一来就可以有一个整齐美观的序列呈现在我们面前。
这些序列排列的设定可以在Displaysetup的窗口内点选Savesettingsas储存,之后只要开启主程序就会依照我们的设定来排列(图3.5)。
图3.5编排斑马鱼海大基因序列,让画面更加清晰 指令:
的指令可以用来显示序列的互补股,主程序会自动帮我们执行此功能,如果不想让序列显示互补股,只要单击该按钮就可以将此功能解除,序列就只会显示单股序列。
指令:
这个指令可以直接将基因序列转译成胺基酸序列,转译出的胺基http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti11VectorNTI教育训练手册酸序列会显示在基因序列上方(图3.6);指令可以将胺基酸的序列反转录回基因序列(序列必须为氨基酸),我们想要看基因转译的氨基酸序列时,只要用鼠标选取欲分析的片段后再按下击析:
图3.6蓝色区块上方为斑马鱼海大基因序列进行转译后的结果就可以了,若要消除转译分析的结果,可以单按钮就可以消除,下面的例子是选取一段斑马鱼的基因序列进行转录分 在序列编辑好以后,如何将编辑好的序列输出呢?
我们只要点选或是开启鼠标右键点选Camera后会出现一个窗口(图3.7):
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti12第三章接口基本操作图3.7用Camera,来储存序列 我们可以选择复制完整或部分的序列片段,若点选file可以直接将序列转存为文本文件;若是点选Clipboard我们就可以复制序列到其他的档案下面,例如Word、PowerPoint等文件,选择好格式后点选Copy,之后,在其他的程序中按贴上就可以输出序列了,以下是输出至Word档的例子(图3.8):
图3.8将序列复制到Word中NOTE:
由于NTI的序列文字格式和Word的默认字形格式不同,所以贴到Word后会有序列不整齐的现象。
这时候可以将Word的字型和格式进行修改就可以修正。
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti13VectorNTI教育训练手册 指令:
点选可以搜寻我们想要寻找序列中的特定片段(图3.9):
图3.9Findsequence用来搜寻特定序列片段 在Findwhat的字段中输入欲搜寻的片段,按下FindNext就可以进行搜寻。
在Options可以调整我们想要搜寻的条件。
除此之外,我们可以在鼠标右键出现的指令中点选Reverseselection可以将我们选取的序列转变成为此序列的互补股(图3.10):
图3.10点选ReverseSelection产生序列的互补股 VectorNTI还有在原有的序列中删除或是插入另一段序列的功能,想要在原来的序列中插入另一段序列时,先将光标移动到想要插入的位置后,在上方Edit项目中选择New→InsertSequenceat*bp,*表示插入的位置,图3.11中是以第14个bp的位置进行说明:
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti14第三章接口基本操作图3.11在序列中删除或插入片段序列 此时我们就可以插入新的序列,并可以用手动输入或是复制贴上的方式进行序列编辑(图3.12):
图3.12编辑插入的新序列 按下OK就可以把序列插入(图3.13):
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti15VectorNTI教育训练手册图3.13插入新序列的结果若要删去序列中某一区段可以用相同的方法,选取该区段后按下图3.14选取所要删除的序列片段部份按钮:
按下确定就可以将该区段删除(图3.14)。
在主程序Edit项目下Cut和Delete这两个指令也可以执行删除序列,操作方法同上。
NOTE:
利用或是Cut指令可以把删去的序列贴回原处或是序列的其他位置,但是Delete指令不行。
要把删去的序列贴回只要再把光标移动到默认的位置上方按下,或是Edit→PasteSequenceat*bp就可以贴回序列。
旁边的按钮可以将我们选取的序列直接复制(和Edit→CopySequence一样)无论是Cut或是Copy的部分,都可以贴到序列的其他位置或是其他档案(Word、记事本…)中。
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti16第三章接口基本操作若要改变主程序中三个窗口位置,可以进入上方View选项(图3.15):
图3.15使用View选项,改变主程序中窗口的位置 最下面的三个指令(Changepaneslayout,MaximizePane,Switchtostandardlayout)(图3.16)可依个人喜好更改窗口的位置和排列方式。
图3.16重新排列后的窗口位置http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti17第四章图谱的编辑与输出第四章 图谱的编辑与输出 VectorNTI主程序中的图谱窗口有内建作图和图形编辑功能,我们可以依照自身的需求进行绘图,图形可以进行输出成为个人的美术作品。
将光标点击图谱窗口之后可以见到下列指令:
这些指令中有一些和上一章序列窗口有类似的功能,在此便不加以重述。
视图谱大小和形状:
可以检能够改变图形的形状,把序列变成圆形或是直线,圆形的图形适用于表现质体序列的形状;直线适用于表现单一股序列形状。
图谱大小用来放大缩小图片,可以依照个人喜好调整。
图谱被程序标上限制酶的切位必须要移除。
在上方Analysis→RestrictionAnalysis→Restrictionsites中点选RemoveALL再按OK就可以了。
接着就可开始编辑图形了。
我们要在序列标示特定标记时,先将光标移至图谱窗口,接着按下指令会出现图4.1:
图4.1编辑图形设定http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti19VectorNTI教育训练手册 在窗口中左边是程序已经内建好的图形,每一个图形代表着序列种种不同的生物功能;右边我们可以编辑图形的范围和命名,设定好以后按OK就可以了。
图4.2选择所要编辑的图形 接着编辑的图形就会出现在图谱窗口:
图4.3选择斑马鱼海大基因,所出现的图形画面http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti20第四章图谱的编辑与输出 若要修改内建的图形显示方式,可以点选按钮(图4.4),针对个人喜好进行设定:
图4.4GraphicsDisplaySetup,为修改图形显示的工具 按下OK就可已更改为欲设定的图形(图4.5):
图4.5修改后的结果http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti21VectorNTI教育训练手册 关于图形的大小和文字的更变,我们可以按住Ctrl后按下图4.6调整图形的大小及文字的变更按钮,接着就可以调整图形和文字(图4.6):
我们还可以更进一步进行完整的编辑,按下按钮可以点选图谱窗口中任何的图形或文字进行编辑(图4.7):
图4.7更进一步的对图形进行编辑 点选图形或文本块后可以进行上下拖移和改变形状的功能;按下鼠标右键可以更改格式,点选Properties后可选择许多不同表示方法(图4.8):
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti22第四章图谱的编辑与输出图4.8点选Properties进行格式的编辑按下确定就可以完成编辑(图4.9)。
图4.9利用Properties进行编辑后的结果如果是在文本块下按鼠标右键,并点选Properties可以进行对文字的编辑(图4.10):
图4.10利用Properties进行文字的编辑http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti23VectorNTI教育训练手册按下确定就可以完成编辑(图4.11)。
图4.11Properties文字编辑的结果 在最旁边有个回形针的按钮(图4.12),点选之后可以输入相关的文字作为批注。
所输入的文字也可以进行相关的调整:
图4.12为图形增加文字批注http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti24第四章图谱的编辑与输出 按下OK就会显示在图谱窗口上(图4.13),所输入的文字批注也会在文字窗口中出现。
图4.13图形的批注结果NOTE:
想要删除图形或是文字的话可以点选欲删除的区块,按下鼠标右键或是进入Edit内选择DeleteFeatureFormFMap,再按确定就可以了。
图形的输出:
在画好图片后,要如何从VectorNTI中输出呢?
我们只要执行指令(图4.14)就可以将图形复制,操作方式同上一章所述。
图4.14将编辑好的图形输出http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti25VectorNTI教育训练手册 图形输出后可以进行再编辑,以复制到PowerPoint为例子(图4.15),输出的图4.15输出到PowerPoint的图形结果图形为群组图案,我们只要取消群组图案后就可以编辑图形和文字了。
如此一来我们就有一张漂亮的序列图形,可以应用在报告或论文写作上了。
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti26第五章序列转译第五章 序列转译 用户可以将DNA序列藉由VectorNTI软件转译成为胺基酸序列,第一个方按钮(图5.1):
式如前一章所介绍的在主程序下直接用图5.1将DNA序列转成胺基酸 如果想要取消这项功能,只要按下就可以了(图5.2)。
图5.2取消DNA序列转成胺基酸http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti27VectorNTI教育训练手册序列输出时需留意VectorNTI的字型和格式与Office有所不同,输出后必须要再调整字型跟格式。
另一种作法是将欲转译的序列选取后,进入上方Analyses→Translation(图5.3)功能进行转译:
图5.3利用Analyses→Translation,将DNA序列转成胺基酸 在进行转译之前,使用者可以针对特定的物种设定转译的密码,主程序的密码设定为一般标准的密码,我可以进入SetGeneticCode(图5.4)来更改密码:
图5.4利用Geneticcode更改转译密码http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti28第五章序列转译此窗口的上方可以选取特定物种,用户若要进行密码编辑时(图5.5),可以按下NEW这个按钮进行编辑:
图5.5选取海大斑马鱼密码进行编辑 决定好密码后,用户即可使用Analyses→Translation→IntoNewProtein来进行图5.6利用DirectStrand来进行序列正股转译序列转译的功能:
http:
//gbl.cs.ntou.edu.tw/CMBB_REFIX/main/nti29VectorNTI教育训练手册 其中DirectStrand(图5.6)是将DNA序列进行正股转译;ComplementaryStrand是将序列的互补股进行转译;而6FrameTranslation是将正股和互补股各从起使第一、第二和第三的位置进行转译,所以会有六个胺基酸序列数据产生(图5.7):
图5.7进行DNA序列正股转译后的结果 执行这三个指令后程序会产生一个新的窗口(若采用6FrameTranslation功能则会产生六个),在程序执行转译功能前会跳出一个建立序列的窗口(图5.8),用户可以在此窗口命名和进行相关的批注,也可以将此序
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